在GeneMark-ET.stdout文件中最后报错:
error, file not found /share/work/biosoft/GeneMark-ES/GeneMark-ES-v4.69/gmes_linux_64_4/parse_ET.pl: set.out
error on call: /share/work/biosoft/GeneMark-ES/GeneMark-ES-v4.69/gmes_linux_64_4/parse_ET.pl --section ET_A --cfg /work/genome/annotation/output/docker/test/03.Braker/braker/GeneMark-ET/run.cfg --v
可是parse_ET.pl文件是可以找到的,是权限问题吗?
老师好,我用以下代码运行:braker.pl --species=$species \--genome=$contig \ --softmasking \ --bam=rnaseq.bam \--gff3 --skip_fixing_broken_genes --fungus。前面没有问题,braker.log 停止在perl /share/work/biosoft/GeneMark-ES/latest/gmes_linux_64_4//gmes_petap.pl 。没有报错信息,在GeneMark-ET文件夹下的gmes.log有显示error,但是没提醒具体的问题。请问如何解决?是用的docker运行genomic-annotation这个镜像
