问题 老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

第一步pi多样性生成的数据（pi.wild.windowed.pi） 第二步：pi多样性绘图输出时，pi_manhattan_plot.r -i pi.wild.windowed.pi -F $FAI -f 42350435 -n pi.JR.wild，我是根据自己的参考基因组中染色体的最小值来进行筛选的最小值：42350435。 但是这...

问题 多序列比对构树

请问一下，多序列比对之后的结果可以直接用于构树，不进行gap删除吗？因为我的序列比较多（几百条），用gblocks提取的保守序列很短，不到10bp，太短了构不了树。

问题 有参转录组比对

进行有参比对时，输入文件不为空，但是比对后的sam文件为空，这是啥原因。另外测序为单端测序，是否链式未知（公共数据库）。

问题 老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

问题 RSEM定量的问题

老师您好！ 学生在视基因表达水平分析的学习中，对RSEM定量中的TPM和FPKM不大懂，特来请教各位老师： 以上图为例，请问老师： ①TPM和FPKM值有些等于0、有些等于1.65，1.74，请问老师代表什么意思，是表达量的意思吗？ ②假...

文章 TCGA数据中如何区分样本是癌症还是癌旁

...A数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

文章 华科研究生跳楼自杀！导师的压榨有多可怕？

...文如下：大致意思是这样的：陈同学的导师徐某平时基本不管他的学业，并且让他到某公司去上班，一个月只有300元，相当于让他免费做苦力，自然而然，他的学业也受到影响。然后，在毕业季的时候，导师怕影响自己的招生名...

问题 请问老师密度图绘制出来为什么是这样？

还有后续步骤中分析B与A组的差异 求解，谢谢老师们 经过测试，用视频讲解里的GSE完全没问题，用我自己要分析的数据就会出现这种缺失值，请问该如何处理这种？如何继续分析下去

文章 细胞转染效率低怎么破？攻略在这里......

...生命过程，如何将目的基因导入细胞内是科学实验过程中不可缺少的实验技术，而细胞转染是完成这一过程的必需步骤。 在实验当中，我们经常遇到的一种情况就是转染完细胞，去跑qpcr验证，结果显示转染效率太低以至于无...

问题 TSS转录起始位点确定。

请问除了在数据库里找到注释的方式外，还有其他方式能够找到TSS位点或什么实验能验证TSS位点不?

文章 什么是GSEA?

GSEA的定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集 (可以是GO注...

问题 GWAS中gapit分析没有结果，命令行输入与屏幕输出如下

Rscript ./gapit_gwas.r -i ../00.filter/hapmap.txt.gz -t ../trait.tsv  -m GLM  -n hd.GLM.GWAS.Results  WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R langua...

文章 2020国自然热点预测：2019最火的7大方向解读！

...的项目，这不就有方向了吗? 今天学霸姐姐就来给大家分析解读一下2019国自然医学部的热门方向，2020年的风向标这就来了! 今年医学科学部共批资助10138项(不含杰出青年基金项目)，批准资助金额共计44.13亿元，单项平均资助...

问题 circos图的名字显示问题

如何书写配置文件让基因名字显示在一起且不重叠呀，改成这个样子的呢

问题 保留蛋白编码基因代码出错——2

最后出现这个警告他就不运行了，之后跳出去之后会出现空的文件