老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-10-06 10:38

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

read counts是测序之后每个基因测到的reads数量，可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads数；例如DESeq2等等；

FPKM和TMP，RSEM等都是对reads进行标准化，只是计算方法不一样：https://www.omicsclass.com/article/615，方便比较；

因为一个基因测到的reads数量与他的基因长度，表达量，测序数据量有关。

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