问题 基因型文件里面包含了snp和indel，怎么Indel和表型进行关联分析，是需要把vcf文件转换一下格式嘛，具体代码是什么，期待老师的解答

问题 老师，请问在做结构变异分析的时候找到了与VCF文件相似的多个EXCL文件，请问这种情况怎么办？将excel文件后缀改成VCF文件？

问题 质控

我用命令质控的时候，vcfutils.pl varFilter -w 5 -W 10 "gzip -dc all.raw.gatked.vcf.gz|" |gzip - >all.varFilter.vcf.gz 运行完这个命令还有几千万个位点，之后运行vcftools --gzvcf CP162209.1.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05 --max-missing 0.7 ...

问题 共线性分析画圈图的时候出现报错Width (0) and height (0) cannot be

Reading control file error: For input string: "1000    //plot width and height (in pixels)"Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Width (0) and height (0) cannot be <= 0    at java.desktop/java.awt.image.DirectColorModel.createCompatibleWritableRaster(DirectColorMode...

问题 WGCNA hub gene的解读

...么表达量没有变化的基因会对转移这个临床性状有影响？不应该是表达量变化，才导致功能异常，才会对性状造成影响吗？这些都不变化，为什么会是跟转移相关的hub gene。怎么解释呀？

问题 hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

...t结果有交集且结果基本一致。请问这个--cut_tc参数设置和不设置有什么区别，什么时候设置，什么时候不设置这个参数呢？麻烦各位老师帮忙解答。

问题 老师，我分析的物种是小众物种，没有蛋白和cds序列，进行提取cds和pep时出现了下面的报错，是必须符合ensemble格式才能使用吗？

问题 请问我们测序结果已经经过了质控，所以只用fast那个压缩包里的数据进行分析就行了？那个fast的试验表格怎么做有具体的方法吗？

文章 主成分分析（PCA）如何计算方差解释率

我们常看到的PCA图（如下）中，每个成分都对应了每个特征方差贡献率。通常，求得了PCA降维后的特征向量，我们就可以绘图，但各个维度的方差解释率没有得到，就无法获得PC坐标的百分比。 （文章链接：https://doi.org/10.1038/...

问题 单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码：Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds  $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \  --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  后报错：Error...

问题 WGCNA分析中cluster dendrogram图上的module colors只能显示一种颜色，但在代码中table(moduleColors)显示已分19个模块19种颜色，想问下是哪里出现问题了，谢谢！

做WGCNA分析，数据量比较大，有45783个基因，但样本数只有12个。运行后得到的cluster dendrogram图中的module colors的颜色只能显示出蓝色，但我table(moduleColors)后得到的颜色模块还是很多的。想问下我这个操作是哪里出现问题了呢？万...

问题 老师你好，在家族分析中，用tiquxulie.pl脚本提取序列时，总是报错，看了前面他们做的，我拆成每条染色体进行提取，但还是不行

这是我提取的基因信息 这是tiquxulie.pl脚本 运行的脚本

问题 泛基因家族分析cds提取出现killed

[root@c4bf00d21ba0  09:33:02 /work]# cd 01.cotton_data_prepare [root@c4bf00d21ba0  09:33:29 /work/01.cotton_data_prepare]# ll total 1.8G -rw-r--r-- 1 root root  23M Dec 20 15:55 AD4_JGI.annotation.gff3.gz -rw-r--r-- 1 root root 1.3G Dec 20 15:55 AD4_JGI.genome.fa.gz -rw-r--r-- 1 root root 46...

文章 singularity使用基础

...gt; /etc/profile source /etc/profile # 安装singularity，这里的安装版本为3.2.0 export VERSION=3.2.0 wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz cd singularity ./mconfig cd builddir/ make &...

问题 老师您好，我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件并且出现list index out of range报错,请问一下是什么原因？

所选的基因组是线粒体基因组测序的结果。