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问题 New state of 'nil' is invalid

...基因家族分析的视频学习中，设置好所有步骤并成功安装Docker Desktop后，根据老师的教程输入命令进入虚拟机时一直报这个“New state of 'nil' is invalid”。尝试卸载Docker Desktop后重启电脑重新安装还是这样。这种情况应该怎么办呢？

问题 老师您好，请问我mac电脑如何启动镜像

docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 这是您的代码。我的存放的文件地址是/Users/wuzhengyuan/Desktop/1/qiime1

问题 老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

本地镜像导入：系统运行时

文章 bugbase指定表型预测

...。 准备好文件之后，运行代码即可。 运行代码 1. 打开DOCKER虚拟机，进入镜像(注意：运行成功需要至少25G的内存，所以需要给docker更多的内存) docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 2.生成指定表...

问题 基因家族分析环境变量

请问： 1.通过docker进行基因家族分析，是不是每次退出终端都要exit。然后再次进入终端后，先要设置环境变量workdir=/work/my_gene_family scriptsdir=$workdir/scripts/。 2. docker image ls 查看后台镜像显示有“omicsclass/gene-family v2.0”是不是...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...，这里我们组学大讲堂发布了专门用于微生物扩增子分析docker镜像，里面内置了几乎所有要用到的关于多样性分析的相关软件，方便大家使用，只需安装docker并下载该镜像即可，避免繁琐的软件安装问题； 扩增子分析流程介绍 ...

文章 linux系统使用-初学Linux推荐课程

...约学习成本。 识别以下二维码直达课程： 如果安装过docker，可不用安装vbox的bioLinux； docker的学习链接：https://zzw.xet.tech/s/3Rcvt0   延伸阅读 R语言基础绘图 | R语言快速入门与提高 | 学基因家族分析 |  基因家族分析...

文章 群体遗传进化与GWAS分析镜像更新2.0

...图报错：https://www.omicsclass.com/question/6010 使用方法： docker pull omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0docker run -it -v ~/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像， 这个已经更新到百度云盘中...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

下载tripal官方镜像： docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest 下载tripal模块: git clone https://github.com/tripal/t4d8 启动镜像运行网站: docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/trip...

文章 有参转录组数据分析镜像升级v2.0

...级：支持一个分组文件做所有差异分析 使用方法： docker pull omicsclass/rnaseq:v2.0docker run -it -v ~/rnaseq:/work omicsclass/rnaseq:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像，老用户重新下载示例数据压缩包   ...

问题 可能是路径出了问题，无法找到脚本，请问老师

...iqtree2这样的工具都会显示command not found，我的启动命令是docker run -it -v D:/work:/work -w /work gene_family，w.sh教程中的路径docker run -it -v D:/Work:/workdir -w /workdir gene_family在使用过程中工作路径无法同步于是修改了，不知道和我现在发生的...

问题 16S课程 03.asv_taxonomy

我个人的设备：CPU 2*40， 内存64G.   docker设置 CPU40，内存54G docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 然后跑 ### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库：  qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifi...

文章 SCP 安装成功的单细胞转录组 docker镜像使用 single-cell-v5

# 使用 seuratV4 .libPaths(c("/share/biosoft/R/Seurat4lib/", .libPaths()))library(Seurat)#library(velocyto.R)#library(SeuratWrappers)library(qs)# 加载 SCP之前设置python Sys.setenv(RETICULATE_AUTOCONFIGURE = "FALSE")library(reticulate)use_python("/share/biosoft/python/Python-v3.10.10/bin/p...

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本，挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下，之前听docker blast那里挺顺利的，在基因家族分析课这里卡住了

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的（如下），但是如果用singularity启动，相关的命令参数如何更改？我能查到的是-v对应singularity中的-B，其它-p  --name  -e  -d 该如何修改？ mysql_server.sh脚本文件中： #启动镜像 docker run -p 3399:3306...