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文章 有参转录组数据分析镜像升级v2.0

...级：支持一个分组文件做所有差异分析 使用方法： docker pull omicsclass/rnaseq:v2.0docker run -it -v ~/rnaseq:/work omicsclass/rnaseq:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像，老用户重新下载示例数据压缩包   ...

文章 tripal搭建基因组数据库网站

下载tripal官方镜像： docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest 下载tripal模块: git clone https://github.com/tripal/t4d8 启动镜像运行网站: docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/trip...

问题 16S课程 03.asv_taxonomy

我个人的设备：CPU 2*40， 内存64G.   docker设置 CPU40，内存54G docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 然后跑 ### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库：  qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifi...

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本，挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下，之前听docker blast那里挺顺利的，在基因家族分析课这里卡住了

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的（如下），但是如果用singularity启动，相关的命令参数如何更改？我能查到的是-v对应singularity中的-B，其它-p  --name  -e  -d 该如何修改？ mysql_server.sh脚本文件中： #启动镜像 docker run -p 3399:3306...

文章 泛基因组可视化

...-s /work/ara_pangenome/pangenome* .#启动服务可视化。记得启动docker时加上端口映射 -p 3000:3000 cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap  npm run serve  #启动服务启动服务之后，打开电脑网页，输入运行这个服务的IP地址加端口号：h...

问题 泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

...做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时，用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像，而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/...

文章 EggNOG基因序列批量注释

...ggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 2）利用docker工具搭建EggNOG-mapper注释分析环境，以拟南芥为例： #下载安装eggnog的docker镜像 docker pull omicsclass/eggnog:latest #启动镜像 #注意这里的 -v 使用了两次 docker run --rm --cpus 8...

问题 TCGA下载

用docker镜像下载TCGA数据，只得到临床信息， 代码报错

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pic...

问题 SRA数据下载

我用了omics docker 里SARtools下载数据，但是发现容器无法联网

问题 成功安装WGCNA包后，调用时报错

...p indices converting help for package 'GO.db' finding HTML links ... ºÃÁË GOBASE html GOBPANCESTOR html GOBPCHILDREN html GOBPOFFSPRING html GOBPPARE...

文章 微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0

...se，PICRUSt2等）绘图脚本美化更新升级等 镜像更新v2.0: docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0docker run -it -v ~/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 视频课程链接如下： https://bdtcd.xet.tech/s/qZRiF

问题 怎么下载公共镜像？

我照网上的教程来，搜索不到这个公共镜像，怎么办，Docker里面的

问题 基因家族分析

在操作界面利用docker search omicsclass命令搜索不到镜像了？原来加的QQ群全部解散了，有问题怎么咨询呢？