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问题 运行ggtree.r报错permission denied!

在gwas的docker中运行进化树作图脚本ggtree.r报错-Permission denied

问题 sqlite数据库 配置

老师好，如果使用sqlite数据库，一开始进入注释容器的时候，怎么配置呢？  需要 link 吗 docker run -it --rm --name annotation -v /home/super/Desktop/:/work --link "mysql_pasa:mysql" omicsclass/genome-annotation

问题 想要bsa分析和绘图的脚本

两个亲本两个子代，我想自己从vcf文件开始分析，之前报了那个49.9的bsa课程，但主要是从docker中操作，我想用R进行分析，我想咨询怎么才能得到那个脚本，很喜欢做出来的那个图。。。。

问题 xpclr 软件不能运行

...s002@omicsclass-a02  12:28:21 ~/work/pop_cucu_demo/05.select_sweep/xpclr]$docker imagesREPOSITORY                          TAG         IMAGE ID      CREATED        SIZElocalhost/omicsclass/pop-evol-gwas  v2.0        efcdf45e89d0  7 months ago ...

问题 动植物基因组组装

...序列的组装，sh中设定scripts的目录在/work/scripts/中，但我docker pull的基因组组装镜像中没有这个目录，目录结构如下/shar/work/biosoft.  没有scripts这个目录。导致流程中提到的很多脚本无法找到，请您们确认下，谢谢！

问题 重复序列注释的问题

求助老师，在用docker镜像进行重复序列注释中，出现如下错误，请问老师该怎么解决： Reading liftover chains Couldn't open /work/data/genome.chain , No such file or directory 另：在一次全部运行 01.Repeat.sh时，如果中间出现报错，是要重新运...

文章 runc 与 containerd.io 冲突安装不上runc

是因为与/etc/yum.repos.d/docker-ce.repo有关，删除这个文件，然后运行yum update -y更新缓存

问题 老师您好，下载镜像失败显示这个该怎么解决？

Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": net/http: request canceled while waiting for connection (Client.Timeout exceeded while awaiting headers)

问题 fasttree 建树时没有找到这个软件

在用你们的docker建树时fasttree软件没有运行，报错如下： [us002@omicsclass-a02  16:47:41 ~/pop/pop_cucu_demo/01.phylo_tree]$fasttree -nt -gtr  supergene.phy   >  fasttree.nwk-bash: fasttree: command not found

文章 Bugbase表型预测

...DY_SITE），提交数据即可。 2、本地使用 下载QIIME1镜像：docker pull omicsclass/ampliseq-q1:v1.2（镜像里安装好运行所需的所有R包） 在本地文件夹 D:\project\bugbase 中放入号准备的文件： 进入镜像：docker run --rm -v D:\project\bugbase:/work -i...

问题 MYSQL做pasa_update的时候报错

老师您好，我用的docker，做基因组注释到pasa_update 的时候报错了，请问怎么解决呢？麻烦老师了

问题 想做GWAS练习,但进入不了助学大讲堂的镜像

打开Putty,使用组学账号(us082)登陆后想做GWAS,但是到docker run命令那执行不了,进不去了

问题 在进行物种累积丰度曲线时提醒没有该命令

 species_accumulation_curve.r  -i $workdir/4.export_data/feature_table_tax_rare.txt  \         -n species_accumulation_curve 是docker·镜像里没有装r吗

问题 关于终端使用过程中显示光标移动的问题

如图，上次docker desktop使用失败后，我卸载重下了一遍，但这次在我使用终端的过程，却总是出现光标向上一个命令行移动的情况，而且我也没有办法移动它 ，就像是卡住了，但是这个光标却能够继续打字？请问这会是什么原因...

问题 gene-family:v2.0中的blast软件版本

老师好，使用docker镜像gene-family:v2.0进行blastp比对，请问写文章时blast软件应标注哪个版本呢？谢谢