问题 提供感兴趣基因进行分支分析时，出现Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected报错

运行代码 Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2_branch_analysis.r -i monocle2.CelldataSet.qs \   --branch_point 2 -o branch2 --gene.list monocle2.selected.Gene.tsv --qval 1e-2 \   --interest.genes Cc11G1053 Cc10G0497 Cc02G1594 Cc02G2288 Cc06G0565 --interest.genes.color.group mycellty...

问题 扩增子测序分析，qiime1的assign_taxonomy.py命令中，如果用blast方法比对序列，可否修改比对的相似度阈值（比如identity或者similarity）？

如题，请教。如何修改assign命令下blast的比对阈值？ qiime1的assign_taxonomy.py命令可以用uclust, blast, sortmerna, rdp等方法比对，同时可以通过修改一些比对的阈值来设置比对的‘门槛’。 但我发现，使用blast方法比对时的阈值，官网...

问题 老师，通过蛋白保守相似序列分析，推测了葡萄园有孢汉逊酵母中与酿酒酵母相似的功能基因，并编号gxxxx.t1，请问老师，如何可以获得这条基因序列，NCBI中仅有葡萄园有孢汉逊酵母的全基因组信息，谢谢老师

问题 我做有参转录组数据分析，一共有30个样，每个样有3个重复。在做比对这一步时，我发现30个样中，有两个样，它们各有一个重复的比对率只有50％，而其他的样比对率均有80％以上，请问这样会对实验结果有影响吗？

问题 各位老师好，我在用R做生存分析时，读取了下载好的临床数据后（TCGA的)，提取病人编号，死亡时间等信息时报错“Can't find columns”，我对R的掌握实在过于疏浅，想请教老师们是否曾遇见过类似问题，如何解决呢？以下是问题截图

问题 测序公司返回的DNA序列，在序列比对时是不是要删除首尾的一些序列？计算保守位点变异位点是不是根据比对后的序列算？多条DNA序列，比如ITS，MatK两条序列怎么拼接起来作为一个组合DNA序列片段来分析？有没有软件和教程，谢谢

问题 老师您好，我要进行基因蛋白互作网络分析，用小麦与拟南芥找到8对同源基因，后来用Cytoscape进行美化时，要用所找到拟南芥映射小麦，这个映射用VLOOKUP比对是用的之前找到的8对同源基因即下载的ortho-orthologs文件吗？

问题 老师您帮忙看一下 就是我在做cafe分析的时候 这个我删掉一个 他又出来一个 这个怎么一次性删除啊 这个他不是一次性出现所有的基因 而是找到一个他就退出来了，我也看啦您在上面的回答 按照那个方法来还是一样的解决不了

问题 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

如题：python3.7 环境，Orthofinder最新版本，运行demo数据没问题 需要比对的序列长度不一，psi-blast比对是可以比上的。拿到这些数据单独再去比较就出现了报错。请问出现这个报错是不是说明没有找到 再用 MCL 聚类 得到 Orthogroups...

问题 。

在做水稻家族的基因分析的时候，提取domain序列出现问题，提取出来的domain为空。经过查证，是id格式不同导致的，但是应该怎么修改呢，希望各位老师能够答疑一下，附图片。 第二张图片是下载下来的pep.all.fa的文件。 第一...

文章 命令行 光标移动技巧

一个熟悉linux的人，基本不太会为了移动光标而使用较远的方向键，更不会使用鼠标，那这是怎么做到的呢，我们来简单介绍一下 基础移动光标 Ctrl – a ：移到行首Ctrl – e ：移到行尾Ctrl – b ：往回(左)移动一个字符Ctrl – f ...

问题 关于mcscan问题

为什么分析基因组内基因家族加倍时，我们选用蛋白序列进行比对，而进行比较基因组分析时，我们选择cds序列进行比对呢？

文章 3分钟学会画venn图（维恩图、韦恩图）

...找出各比较组之间共有和特有的基因，是最常用的转录组分析手段之一。但往往测序公司只给了几个固定组合的venn图，后期让公司补图，要加钱不说，两天给一副图的速度更是要命。 现在小编给大家讲一个在Windows下就能操作...

问题 老师您好，我在网易云课堂上学习了您关于TCGA的诸多课程，现在在生存分析这一块使用您的代码实操，在运行到clin_info←datClin（）这一步后一直报错，提示不能发现病人代码，死亡日期等列，具体报错截图如下，还请指教

问题 在基因家族分析的课程里，提取结构域序列，WRKY基因家族当时以提取第一个结构域序列为例，两个结构域都是WRKY DNA -binding domain，为什么要提取第一个结构域呢，我想知道怎末确定自己要提取哪个结构域序列？希望老师解疑惑