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问题 plink怎么设置样本的PPID,MID,Sex信息?

我的家系信息和性别信息在.ped文件中都是缺省值,但我实际的数据是有家系和性别的,保存在一个txt中,可以把他放.ped文件中吗?

文章 R中数据框之间的合并dplyr

...y,.id="name")# 为了区别数据是分别来自于两个其他数据库,可以用id进行区别## name A B C D ## 1 1 a t 1 NA ## 2 1 b u 2 NA ## 3 1 c v 3 NA ## 4 2 a t NA 2 ## 5 2 b u NA 3 ## 6 2 d v NA 4bind_cols(x, y) #列合并,## A...1 B...2 C A...4 B...5 D #...

问题 泛基因家族分析之基因家族成员选择压力分析

...ps://cloud.r-project.org/', dependencies=TRUE) " 一直安装不成功,这个分析之前做过很多次(由于反复修改数据),都没有出过问题,请问是什么问题呢,该怎么解决?

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...如 V$CDPCR3_01,利用一些在线服务器(如 MSigDB)能够查询这个 motif 能够被哪些转录因子识别;Score 是该结合位点的保守分值 genomicSuperDups:检测该变异位点是否位于重复片段(segmental duplication)中。重复区域中检测的遗传变异...

问题 关于操作中遇的Perl脚本。

...写出一个相应的脚本。   因为我最近在入门python,如果可以的话我将会注重这方面的东西。   麻烦老师了,莫笑一个入门学生的幼稚问题。                                                                        ...

问题 meme中motif site和scanned site

我用meme分析motif时,部分蛋白在TBtool中显示没有motif,但网页版中motif location中显示motifsites➕scanned sites时可以比较矮的motif,那么怎么能在用TBtool做图时显示每个蛋白都有motif呢?

文章 Adobe Illustrator 无法加载次应用程序的本地化资源文件

Adobe Illustrator 无法加载次应用程序的本地化资源文件 可以通过右键选择“管理员身份运行” 后能正常使用

文章 机器学习预测的混淆矩阵

...算法的优劣,需要从多方面进行比较。以分类问题为例,可以基于预测结果和实际结果间的差异,构建一个混淆矩阵: True positive (TP):真实值为Positive,预测正确(预测值为Positive) True negative (TN):真实值为Negative,预测正确...

文章 Perl读写Excel

生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件,是可以被Perl读取的,但遇真的excel文件时,就不行了,这时候就需要使用模块 使用的模块为: Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::WriteExcel 这里有两个读写Excel的代码,有需要的可...

问题 GO富集二级分类柱状图和显著性气泡图的问题

...以分类柱状图来体现时,就相当于没有考虑P值的情况,这个时候您觉得是柱状图还是气泡图更能说明GO富集情况代表性?

文章 bedtools 对bed 文件进行排序

bedtools sort 命令可以按照染色体或者其他标准进行排序,默认情况下,bedtools sort 命令首先按照染色体进行升序排列,然后按照起始位置再进行升序排列。 用法如下: #cat  a.bedchr1    1       100chr1    200     400chr2    1   ...

问题 pocketmatch进行蛋白质靶点相似性比较

...fpocket计算出来的蛋白质靶点不能使用pocketmatch比较,它报这个错误Step0-cabbage-core: malloc.c:2401: sysmalloc: Assertion `(old_top == initial_top (av) && old_size == 0) || ((unsigned long) (old_size) >= MINSIZE && prev_inuse (old_top) && ((unsigned lo...

问题 请问老师,泛基因家族鉴定开始做自己的物种时,怎么在docker 里上传自己需要做的物种的数据

这个指令进入docker work里面 data一直是教学时玉米的数据 曾经尝试过在FZ里pangene里的data上传自己的数据

问题 做WGCNA,转录组数据必须要表达数据文件和性状数据文件吗?

问题如上,但是我的转录组只能找表达数据文件,请问老师这样还可以做吗?

问题 求助WGCNA Hub基因选择问题

...MM>0.8的基因,然后将其中的连通性高的基因选做hub gene可以吗? 2. MM大于0.8是指在自身所在的模块MM值吗?那此基因在其他模块中的MM值有什么意义吗? 3. 怎么看一个基因与其他模块中基因的连通性?(举个极端的例子,画一...