...nts基因表达数据TPM基因表达数据FPKM 注意：基因表达文件中的基因ID已经替换成gene symbol，重复的gene symbol 随机取一个作为代表； 样本信息文件： 基因ID对应信息文件：
从TCGA下载的甲基化数据是包含了样品中不同甲基化位点的甲基化程度β值和位点的注释信息。该数据的表头解释如下： Composite ElementA unique ID for the array probe associated with a CpG siteBeta ValueRepresents the ratio between the methylated array intensi...
老师，您好！使用singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py 运行课程中的命令时，出现如下报错界面
manager@bl8vbox[laccasecircos] /biosoft/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf /home/manager/share/laccasefamily/laccasecircos/config3.txt -outputdir ./ -outputfile ABRE3a debuggroup summary 0.43s welcome to circos v0.69-6 31 July 2017 on Perl 5.018002 debuggroup summary 0.43s current working direc...
...说了太多太多的好导师，也耳闻了不少奇葩的大boss， 其中，有一种类型的导师，让学霸姐姐最为“害怕”， 没错，就是那种——平时不露面不管你，一露面就催你出结果的那种。。。。 真是一言难尽。。。 学霸姐姐就曾经...
...都是nogene呢？ 另外，我们做基因家族存在缺失分析，是用final.last.gene.pair.txt这个表格信息吗？ pangene.txt是什么时候用呢？
...的时候添加：family="GB1" 选项 在使用pdf()函数时，要输出中文，只有一种字体可选。例子： pdf("chinese.pdf",family="GB1")plot(m2,xlab="高度",ylab="体重",main="统计")dev.off() 这里字体参数family只能设置成"GB1"(不知是否还有其他字体可...
...> plot(as.dendrogram(list$tree_row),type = "rectangle") 3、R包ape 中as.phylo(list$tree_row) 可以将hclust返回的结果转化成系统进化树，从而画出新的树形图： 这种树形图画法type很多，可以查询?plot.phylo 获得 默认： > plot(as.phylo(list$tree_ro...
...置，而在实际绘图时，可能图片大小不合理等等造成图片中部分信息显示不全，譬如下图部分基因label没有完全显示出来，可以在此处进行修改： 对image参数修改，如果在调用etc/image.conf的同时，则需要对相应的参数添加 * 进...
在我们的《TCGA差异表达分析》课程中，我们介绍了采用TCGAbiolinks 去下载GDC上的TCGA数据。但是最近有学员想基于“Primary Site” 筛选一下样本，只对其中的一种类型进行分析。 如下图所示： 我查看了一下TCGAbiolinks的文档，发现...
...运行以下命令配置一下： 1.添加conda命令到环境变量PATH中： echo 'export PATH=$PATH:/share/biosoft/conda/miniconda3/condabin/' >>~/.bashrc source ~/.bashrc #添加conda 生效 2.添加初始化conda环境： conda init 3.conda环境加速，添加清华镜像，并...
.../kakscalculator2/安装完成之后，记得添加路径到环境变量PATH中，方便使用； 更多可学习：linux系统的使用 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族...
...最均衡的生信学习方式，是大部分人的最优选择： ①集中时间培训，有效治疗“拖延症”，激发体内“自律因子”，学习更加高效； ②可以随时和讲师交流，及时解决学习中遇到的难题； ③在家就能看直播，相对线下培训节...
在一次sed使用中，执行命令： sed "s/\n//g" file 发现，没起到任何效果。 后来，经查sed官方用户手册，才得知，sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline，其实就是行的分隔符即换行符...
...后是巨大的工作量和各种无形的压力。学术成功真的只能用“苦熬”来换取吗?——不一定。我们一起来看看这位作者分享的获得学术成功的三个技巧：一、给自己设定小目标在每天或者每周的前2分钟写下完成当天或者这周所需...