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问题 求教老师,我在做大麦基因家族分析构建进化树时,拟南芥中的已知的成员和我大麦中鉴定出的成员分到一起,拟南芥单独分了一支,没办法做比较,这种情况怎么解决呀

因为这个家族只在拟南芥里鉴定过,只有18个成员,我做的亚族只有4个成员。现在拟南芥和大麦构建进化树的结果没法做比较

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...,大体知道了CRAN允许igraph团队 内置该库,所以从1.2.1版本后就移除了,因此需要安装包之前在相关系统上安装好该库, 这样该包安装的时候就能够编译相应的函数。否则,相应的函数使用就会报错。一种解决的思路就是安装...

文章 VirtualBox虚拟机网络设置(四种方式)

...解:Vhost访问网络的所有数据都是由主机提供的,vhost并真实存在于网络中,主机与网络中的任何机器都能查看和访问到Vhost的存在。 虚拟机与主机关系: 只能单向访问,虚拟机可以通过网络访问到主机,主机无法通过网...

问题 老师,你好。在做有参转录组分析,转录本基因表达量出来之后,发现里面找到我期待的同源基因(ID),过里面发现了好多MSTRG.这样的ID,问题是这些ID在我的注释文件里根本没有,详细情况如下

命令如上,产生其中一个(T01)结果如下:找到我所期待的基因,这是什么原因呀

文章 Treemix 软件:群体基因交流分析的得力工具

...间基因流的软件。它通过构建群体遗传模型,能够有效地分析群体间的遗传关系以及基因流事件,帮助我们理解物种的进化历程和群体的历史动态。今天,就让我们一起来深入了解一下这款软件。 Treemix 原理 Treemix的基本原理...

文章 R包 CandiHap 进行单倍型分析

CandiHap是一款应用于全基因组关联分析(GWAS)后,快速分析基因单倍型来鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单个基因,或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析,发现与性状显著关联的单倍型...

问题 老师,您好,学习咱们得基因家族分析课程。按照咱们得代码运行,发现第二次搜索hmmsearch,发现输出空吧,我把以前生成的文件和你们提供的demo比了一下都一样,可是WRKY_domain_new_out.txt空白

问题 老师您好,我本来打算做BSA,因为担心BSA定位区间过多,所以对F2群体中极端个体各40株进行了单株测序,现在打算拿这个数据做一下BSA相关分析,请问如何利用单株测序数据模拟混池测序数据呢,麻烦您了

问题 老师好,筛选出58个基因,与拟南芥共建进化树,进化树里面除拟南芥外基因有58个,基因结构分析也是58个,但是meme网站的xml文件用tbtools做图后就变成了56个,请问是什么原因呢

文章 Nature:2019年度最佳科学图片top10,总有一张震撼到你!

一到年底,就到了各种大盘点的时刻, Nature也例外, 12月16日,Nature官网发布了2019年度最佳科学图像Top10, 这10张图片见证了整个2019年科学界的重大的事件, 微观的、宏观的、绝美的、鲜艳的、勇敢的...... 每一张图片背后...

问题 关于泛基因组的pangene.list

...述(比如我想知道他这个的具体作用是什么),目前我在分析的物种(https://edmond.mpg.de/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.17617/3.AEOJBL)中未找到该List,向原作者要数据会有些困难,请问这个List是否重要的事泛基因编号,我是否可以通过...

文章 IF=13.8 | 柬埔寨活禽市场环境监测与传统监测在病毒检测效能上的对比研究

...irculating viruses from live poultry markets in Cambodia ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 鉴于亚洲活禽市场在公共卫生安全中的特殊地位,传统的家禽个体采样监测(如口咽和泄殖腔拭子)虽然是目前的主流手段,但其存在成...

文章 论文作者署名:导师和学生之间的一场大战

... 第二件是: 复旦大学某教授,为了给学生争取署名权而惜从某核心期刊撤稿,引来一片“怒赞”。 这两个新闻,真的是给了学霸姐姐巨大的冲击, 学霸姐姐也能妄断这两篇新闻里面孰是孰非, 但是论文署名真个问题,...

问题 老师您好,请问一下在做WGCNA的时候,形状数据文件具体是哪种的呢,因为课程里的是直接给出来的形状文件做分析,看着有点摸着头脑,想请问一下这个形状文件是怎么来的吗?我还太理解这个文件

问题 老师好!我在运用课程代码进行Treemix分析后,会生成:cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件,现在我想知道:在混合事件的情况下,覆盖方差的比例和估计的混合比例,这个应该怎么进行计算统计呀?谢谢大家!