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文章 TCGA的ENSEMBL编号转换成gene symbol

TCGA 数据库中的基因编号采用的Esembl 的编号，但是有些分析软件，需要输入的基因编号是 gene symbol ，这就需要将Esemble 的ID 转换成gene symbol  。 今天介绍采用clusterProfiler 进行转换： # 加载相关软件包 > library(clusterProfiler) > ...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...1.0    quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像，可以启动docker pull进行镜像下载，但是4个小时后仍然报错“Error: writing blob: storing blob to file "/var/tmp/storage1966479595/2": happened during read: unexpected EOF[us078@omi...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...   quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像，可以启动docker pull进行镜像下载，但是4个小时后仍然报错“Error: writing blob: storing blob to file "/var/tmp/storage1966479595/2": happened during read: unexpected EOF[us078@om...

文章 第9期武汉站“基因家族分析实操培训班”开始报名了！

...内，具体课表如下： 培训亮点： 1. 内容合理，难易适中，理论实践结合，易学易会； 2. 线下精讲结合线上视频重复观看，解决了学后易忘的难题； 3. 线下精讲结合VIP QQ群及论坛提问，即时解决学习、分析过程中遇到的问...

文章 duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

...记录了每一个基因对应的重复类型： 在.gene_type结果文件中，第一列是基因组基因，第二列为重复基因的类型： 0：singleton(非重复基因）； 1：dispersed（不属于2，3，4的其它重复）； 2：proximal（染色体附近的重复，但是不相邻...

文章 绘制类似于箱线图的散点图

...148301     SR58-1-0.187767352    SR58-10.389438905     SR58-1 绘图用的是R脚本，代码为： library(ggplot2)library('getopt');spec = matrix(c('help' , 'h', 0, "logical","for help",'input1' , 'i', 1, "character","input the abuance of tax in each sample ,required",'input2' , 's', 1, "c...

问题 docker load -i /mnt/data/home/liangziyang/metagenomics-data/metagenomics-v1.2.tar.gz加载docker时提示no space left on device

...vice，我之前问了AI，说是docker默认存储位置在我的根目录中，我根目录的硬盘剩余空间有40G，想问一下这是什么原因？按理说我的根目录空间应该足够安装docker了

文章 Dsuite软件安装时编译报错

...~~~make: *** [Build/Dsuite_common.o] Error 1 解决方法在安装目录中找到Dsuite_utils.h文件，添加 #include <iterator> 再次编译通过。

文章 利用samtools截取基因组上指定位置的序列

... 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2； 提取序列： samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fasamtools faidx input.fa chr1:10-20 > chr1.fa 更多生物信息课程：https://study.omicsclass.co...

问题 老师，在下载过程中一晚上不加载了，请问如何解决？

...用client下载，需要很长时间，耐心等待吧 > # 如果下载中断了，请再次执行，client 可以续传 > GDCdownload(query.met,directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='api') Downloading data for project TCGA-OV Of the 582 files for download 54 already exist. ...

文章 在线进化树美化网站-iTQL

...化树的结果文件nwk. 导入文件nwk，或者直接粘贴nwk文件中的内容到text填写框中，实现进化树的提交 完成进化树提交之后，会跳转进入具体的显示界面，并可以开始对进化树进行显示调整和美化操作。各项显示的操作主要在...

文章 Adobe illustrator将矢量图转换成位图

...矢量图可以无限放大合缩小而不失真的优点，在投稿过程中可以发现，越来越多的期刊杂志也接受这一类图片。但是，总有人还是愿意要位图的，譬如常见的tiff、png、jpg等格式的图片文件。 如何利用Adobe illustrator(一下简称Ai) ...

文章 1000G千人基因组人群分类亚群缩写对照

....org/category/population/ 了解分类信息，有助于研究特定人群中突变的等位基因频率： There are 26 different populations which are part of our study from many different locations around the globe. The following table lists these populations and indicates what data we curren...

文章 让AI帮你处理数据，绘制图表！让你强到可怕！

...仅需0.99元），课程围绕 AI等人工智能在多组学数据分析中的强大应用展开，帮你轻松搞定多个重要的组学数据分析及绘图可视化！仅需说话就能处理数据，绘制图表！ ✅  课程亮点 介绍AI基本原理及其在生物信息学中的应用...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...b的帖子#273对该问题进行了一些 积极的讨论，不过主要集中在MacOS系统上。而我要解决的是CentOS上的问题。不过原理相通，加上cluster_optimal函数文档的描述，大体知道了CRAN不允许igraph团队 内置该库，所以从1.2.1版本后就移除了，...