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文章 Evolview绘制进化树时添加热图

...生成颜色渐变 !colorgradientMarkLabel 0,5,10,15,20,25 #图例中颜色梯度 # -- heatmap column labels -- !showHeatMapColumnLabel 1 #是否显示热图列标签 !heatmapColumnLabels e1,e2,e3,control #设置热图列标签 # -- heatmap -- !heatmap margin=2,colwidth=30,roun...

文章 CORNERSTONE你想要的项目管理工具，就在这里！

...企业的业务流程体系，并涉及企业高层战略决策和监控、中层运营管理和项目群管理、底层项目执行，管理幅度和深度都大得多，轻量级的项目管理工具远远不够支撑。   不过现在的云服务技术和项目管理方法论越来越成熟，...

文章 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分

...类后的矩阵数据重排：https://www.omicsclass.com/article/507 其中给大家介绍到了pheatmap返回结果是一个列表，其中包括行列聚类的返回结果，而这一结果又是基于hclust聚类返回的结果，这里刚好可以利用cutree函数对其聚类结果进行划分...

文章 deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

使用方法: $Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/deseq_analysis.r [-h] -i filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case ...

文章 canda 安装的jcvi 遇到字体错误： UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

...lotlib运行是会调用的字体信息；出现上述错误说明该文件中必然没有Helvetica相关的信息，或者对应的Helvetica.ttf文件；2. 在网上下载一个Helvetica.ttf文件，放在matplotlib的font目录（***/matplotlib/mpl-data/fonts/ttf/）或者系统的font目录下都...

文章 R语言绘制差异表达火山图

下图是一篇文献中添加了基因标签的渐变色火山图，今天教大家如何使用R语言绘制一张类似的火山图。来自文章：Cell Rep. 2024;43(3):113784. 1.安装R包 #设置镜像， local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu....

文章 R包 CandiHap 进行单倍型分析

...txt文件、物种基因组GFF注释文件、群体表型性状文件。其中vcf文件和表型性状文件为我们测序和测定结果，GFF基因结构注释文件可从基因组数据库下载。注释后的txt文件需使用ANNOVAR软件对vcf文件中SNP和INDEL进行注释得到。 R流程...

文章 R语言如何绘制MA图

...早期主要应用于DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴，A一般做X轴。 M常对应差异表达分析获得的差异对比组之间基因表达变化log2FC。 A可以利用差异对比...

问题 R脚本画相关性散点图时报错

使用课程中的R语言脚本画图时，提示报错如下 Error in `[.data.frame`(metadata, , opt$cor_name) : 选择了未定义的列 Calls: print ... scales_add_defaults -> lapply -> FUN -> [ -> [.data.frame 我的数据为两列污染数据，类似： 已转为tsv格式 源...

文章 MCScanX 在biolinux上安装及使用

...命令前面加sudo 之后再运行就没问题了； 如果安装过程中报错，可参照：https://www.omicsclass.com/article/104 二、基因家族复制加倍分析（练习） 官方网站上提供测试代码，还有测试数据，存放在MCScanX安装目录的data目录当中，非...

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

以下是日志 [root@b3b8d8255335  13:06:20 ~]# cd $workdir [root@b3b8d8255335  13:06:34 /work/desaturase]# cd 01.data_prepare [root@b3b8d8255335  13:06:41 /work/desaturase/01.data_prepare]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root 152M Jul 23 16:04 Branchiostoma_floridae.fa.gz -rwxr-xr-x 1 root ...

文章 绘制HIC热图

...； -c ：指定配置文件路径； -o：指定输出目录 结果目录中找到　hicpro_out/hic_results/matrix/sample1/raw/20000/路径下的两个文件bed和matrix。 绘制HIC热图 使用EndHiC软件绘制。 matrix2heatmap.py sample1_20000_abs.bed sample1_20000.matrix

文章 桑基图绘制

桑基图是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。 载入数据 rm(list=ls())data("iris")iris...

文章 6个转录组发了BMC genomics，人家是怎么写的？

...tic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章，内容难易适中，很有代表性，那就让我们一起看一看，6个转录组样本，每个重复3次，是如何发到BMC Genomics的吧！ 实验设计 本文实验材料是橡胶树，一种重要的经济林木，研究关注...

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

在merged.gtf文件中有所有外显子的信息，下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00   Cufflinks       exon    37990   38333   .       +       .       gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000...