文章 hmmsearch搜索蛋白保守结构域结果说明

...query length 输入的查询序列也就是蛋白结构域的总长度；筛选的时候不应该筛选这两个长度，没有意义；应该看后面的两个from  to  看看这两条序列从哪里到哪里比对上了；   一般我们会筛选第7列的E-value值； 要知道怎么筛选...

问题 按照 08.R语言数据reshape-长型数据与宽型数据转换-方便数据后续分析 课中的代码敲，报错了

是我哪个包没安装吗？

文章 lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析

...A FAM83A IGLV3-9 STARD3    -o lasso 参数说明： -i 输入生存数据与基因表达文件  barcode TIME EVENT FGR CD38 ITGAL CX3CL1 CEACAM21 MATK CD79B MMP25 TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 288 0 16.34408 86.86772 40.26903 603.0132 1.868536 2.28342 ...

文章 探索基因大数据的利器——SRA Explorer

随着生物技术的迅速发展，我们迎来了基因数据时代的全新篇章。NCBI Sequence Read Archive（SRA）作为全球最大的基因组学数据库之一，承载着来自世界各地的海量测序数据，包括基因组、转录组和表观基因组等重要信息。然而，随...

问题 串联重复基因必须是同一条染色体上的基因吗

最近分析串联重复基因，按照视频中的做完，发现很多串联重复基因并不存在与同一条染色体上，请问它们属于串联重复基因吗？ 这是blast结果 这是序列长度文件 这是最后得出的筛选结果

问题 做WGCNA，转录组数据必须要表达数据文件和性状数据文件吗？

问题如上，但是我的转录组只能找到表达数据文件，请问老师这样还可以做吗？

文章 perl 中 grep 的使用

grep是perl里面的一个列表筛选函数，功能还是不错的。 grep有2种表达方式: 1. grep  BLOCK  LIST 2. grep  EXPR,  LIST BLOCK表示一个code块,通常用{}表示;EXPR表示一个表达式,通常是正则表达式。LIST是要匹配的列表。 示例： 统计匹配...

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

​国家基因组科学数据中心（National Genomics Data Center，简称NGDC）于2019年6月经科技部、财政部通知公布，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）作为依托单位，联合中国科学院生物物理研究所和中国科学院上海...

问题 使用lordec 利用二代数据校正三代数据

有4个时期的二代数据 每个时期三个重复 一共12组数据 利用二代数据对三代数据进行校正，是选取 十二组中的一组还是都要进行校正

问题 请教！基因结构分析出现这样的问题如何解决？

...ana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果，之后手动筛选出来，却没有exon等，用GSDS也没有结构，请问这个是不是无法分析？谢谢！

文章 非负矩阵分解（cNMF）

...ve Matrix factorization ）是一个用于从单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 数据推断基因表达程序的分析管道。它采用count矩阵(N 细胞 * G 基因) 作为输入，并生成一个 (K x G)基因表达程序 (GEPs)矩阵和一个(N x K) 在指定数据中每个细胞的每个程序的...

问题 genes数据与mRNA数据

我从教案里找到的R代码，只能从TCGA下载并提取genes，miRNA，lncRNA的表达数据。但是我的老师让我分析一下mRNA，所以我就不会了。难道我提取的genes的数据就是mRNA的数据吗？分析mRNA能不能直接用genes数据呢？

问题 老师，数据是从TCGA数据库下载的，LncRNA和mRNA数据的表达量都有，但是不知道演示中代码的性状数据应该如何整理？

文章 R语言用tidyr包进行长宽数据转换

长型和宽型数据在数据分析中非常常见。 一般人们看到的以行为样本以列为变量的数据为宽型数据，非常适合我们查看和理解，例如下图： 但是在数据分析中，R语言常常需要将数据转换成长型数据才能便于分析和作图，例...

文章 挖掘公共基因大数据的时代已经到来

...说过测序的也是很难了，为了各种实验目的，自己去测点数据已经是稀松平常的事情了。但是马上要到来的公共数据挖掘时代，您是否有足够的认识？ 如果您还没有感知到的话，那让我来引导您回顾一下基因研究的不同时代及...