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文章 fastqc质控报告查看

... Filename:文件名 File type: 文件类型 Encoding:测序平台的版本和相应的编码版本号 Total Sequences: total reads的数量 Sequence length: 测序长度 %GC: GC含量,表示整体序列的GC含量,由于二代测序GC偏好性高,且深度越高,GC含量会越高...

问题 python版本的MCScan出错,在画共线性图时

出错的地方。 bed1 bed2 layout文件 seqids文件 知道哪有问题

文章 箱线图与分面--ggplot2

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 R语言ggplot绘图基础—密度图的绘制

密度图是直方图的平滑版本,用于计算并绘制数据的核密度估计,能够更好的界定分布的形状。使用geom_density函数可以绘制密度图。 绘制密度图 使用数据如下: set.seed(1234) df <- data.frame( sex=factor(rep(c("F", "M"), each=200)), weig...

文章 快速解读:3-5分的蛋白质组学文章思路

随着测序成本的断下降,转录组测序分析已然成为生物学及医学研究可或缺的技术手段。 但是,对于大多数初学者来说,会遇到各种各样的问题。这里,小编就给大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and A...

文章 快速解读:3-5分的蛋白质组学文章思路

随着测序成本的断下降,转录组测序分析已然成为生物学及医学研究可或缺的技术手段。 但是,对于大多数初学者来说,会遇到各种各样的问题。这里,小编就给大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。 Question and A...

文章 endnote 插入文献 变成临时 大括号{} 自动更新文献

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文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site(TSS)

...据挖掘生物信息文章(宫颈癌)GEO数据挖掘直肠KM-plotter在线做生存分析GEO数据如何挖掘?案例解析!免费领取生信课程(适合小白自学生信)《Linux生信分析环境搭建Bio-linux》细述ceRNA网络研究思路TCGA数据挖掘文章-分析ceRNA的“...

文章 方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)

... RDA 的变差分解 注:如果 varpart() 支持 CCA,请更新 R 版本(如 R3.6 的 vegan) 分成两组(DOC 为一组,AP 和 AK为另一组)环境变量 cca_vp <- varpart(otu, env['DOC'], env[c('AP', 'AK')], chisquare = TRUE) 扩增子分析课程推荐:https:/...

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

python 版本的mcscan分析最后绘制共线性绘图时报错如下: 运行命令如下: /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout 报错信息如下: markers', 'networkx.algorithms.community.__future__...

文章 java 安装以及环境变量配置

...会报错,因此推荐下JDK8: 注意windows x86为32位,x64为64版本,注意和自己的操作系统匹配。 https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/ 查看自己操作系统是32还是64: 安装很简单,一直下一步就好了;记住自己的安装路径,...

问题 老师你好,请问从NCBI上下的数据格式是.1,怎么转换格式,为什么我用Linux的wget命令下下来的数据是这种格式

问题 请问我在ncbi上下了序列后(fasta文件),一点开就自动这样,然后好久也没结果,请问我该怎么办?谢谢大佬

文章 R语言用tidyr包进行长宽数据转换

...包是reshape或reshape2,而tidyr包可以看作是reshape2包的进化版本,该包的作者依旧是Rstudio的首席科学家,R语言界的大神Hadley Wickham。tidyr包往往与dplyr包结合使用,目前渐有取代reshape2包之势, 是值得关注的一个R包。接下来我们用例...

问题 要进行单倍型分析,但是镜像是搭建在2.0版本了,docker pull下了,联系客服拿到安装包之后一直报错,解决了一天了也没解决问题,求解求帮助