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文章 几个样品的转录组文章很难发了?这篇文章一定能给您启示

...为YE诱导之后毛状根的酚酸类物质含量测定结果 转录组数据概述及标准分析 测序数据概述:5个样品下机数据经过滤之后分别得到了27M~41M不等的reads(Hiseq 2000,PE100),换算成碱基数量,相当于5.4G~8.2G的clean data。利用Trinity软...

问题 求助WGCNA Hub基因选择问题

1. 先筛选GS>0.2,MM>0.8的基因,然后将其中的连通性高的基因选做hub gene可以吗? 2. MM大于0.8是指在自身所在的模块MM值吗?那此基因在其他模块中的MM值有什么意义吗? 3. 怎么看一个基因与其他模块中基因的连通性?(举个...

文章 噬菌体表面展示技术原理及四大分类详解

...菌体。但由于pⅢ蛋白拷贝数较多,该系统比较适合用来筛选低亲和力的配体。     2.λ噬菌体展示系统 λ噬菌体是长尾噬菌体科的一种温和噬菌体,有直径55nm的二十面体头部,末端有细长尾丝。基因组为48.5 kb的线性双链DNA分...

问题 做基因家族分析时筛选出的基因氨基酸数量少

老师您好!我做基因家族分析时筛选出来的有些基因氨基酸数量少,这些基因是不是要删除掉再进行后续分析呢?

问题 泛基因家族,典型基因和非典型基因的热图怎么做?

老师好,我想做右边这个典型和非典型基因的热图。课程里没有看见教程,而且怎么知道我筛选出来的基因里哪些是非典型基因,哪些是典型基因,哪些两者都是呢?

问题 stringtie分析后没有基因名字

...ene_names一列没有基因名字,在R中用ballgwon包进行差异基因筛选后发现,同样没有基因名字,这是为什么呢?我的参考基因组和注释文件都是从ENSEMBLE网站上下载的。并且我发现我的FC值都比较大,但P值符合<0.05的要求,这样是...

问题 做基因家族分析时筛选出的基因氨基酸数量少

老师您好!我在做基因家族分析时筛选出来的有些基因氨基酸数量少,是不是需要删除这些基因后再进行后续分析呢?

文章 ICGC数据库的数据下载

ICGC数据库(https://daco.icgc.org/),即国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium),数据库中收集了50种不同癌症类型或不同亚型的肿瘤数据,其中包括基因表达数据,体细胞突变数据(单核苷酸突变和拷贝数变异),以...

问题 不同物种间的共线性分析,如何配置simple文件,在图中标出红色

最后这些标色号的序列如何筛选出来,之后运行什么脚本标色

文章 GEO 数据介绍及在线下载

1、什么是GEO数据库呢? GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。 它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前...

问题 根据蛋白质序列的批量Go注释和富集

如题, 已经筛选得到了一批蛋白质序列,其分别属于六个物种的不同基因家族,有fasta文件,基因的ID是基因组注释locus_ID,david识别不了。很多网站只能一条条的注释,请问有没有能够应用蛋白序列批量进行注释的工具或者方...

文章 内参基因的选择?!

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,...

文章 BAT/ 字节跳动 / 拼多多都在抢的数据产品经理,到底什么来头?

...”、“或者”、“按道理应该”等这种词汇,一切回归到数据中去,让你的决策跟着数据走。 在这样的大背景下,对于产品经理来说,是风险,也是机会。 风险在于,你再也不能完全凭感觉做产品决策了,因为决策失误会...

问题 我的基因家族有两个结构域,应该怎么操作同时提取两个结构域?

老师您好,我的基因家族有两个结构域,已经筛选出来了同时具有这个两个结构域的ID号,我应该怎么做同时提取这两个结构域?

文章 hmmsearch搜索蛋白保守结构域结果说明

...query length 输入的查询序列也就是蛋白结构域的总长度;筛选的时候不应该筛选这两个长度,没有意义;应该看后面的两个from  to  看看这两条序列从哪里到哪里比对上了;   一般我们会筛选第7列的E-value值; 要知道怎么筛选...