找到约 15 条结果

问题 无法链接到docker守护进程

docker 容器自动退出,再连就报错:Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running? 我检查docker运行状态显示正在运行: docker.service - Docker Application Container Engine Loaded: loaded (/lib/systemd/system/docker.servic...

问题 Hisat2-building建立index中的killed问题

...组(~3.4G)index。尝试了很多次,总是自动killed,生成的ht2文件总是会少1-2个,会生成几个rf文件。 splicesite和exon两个tsv文件都和课程讲解的一致。分析平台是使用服务器(32核+64G内存)搭载的课程资料中的bio-linux虚拟机(分配16...

文章 怎么得到基因组之间的结构变异结果?​

....1 同种基因组比较(使用MUMmer) # 生成全局比对nucmer --maxmatch -g 1000 -c 90 -l 40 -t 10 -p 前缀 ref.fa genome1_standard.fa 1.2 同属不同种基因组比较(使用minimap2) # 长序列比对minimap2 -x asm5 -t 24 -c ref.fa genome1_standard.fa > 前缀.paf# -x asm5:...

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

...变量间的相关性。 在2021年发表于The Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的影响因子为13.75的文章中,作者进行了相关性分析并绘制了热图,直观清晰地展现了两两变量间的相关情况。 下图图C就是作者在m6Ascore值、已知生物学过程富...

文章 linux命令之grep

...下hello.c文件中printf的个数:grep  -c  "printf"  hello.c  2、使用基本正则表达式,下面谈关于基本正则表达式的使用:    匹配字符:      . :任意一个字符。      [abc] :表示匹配一个字符,这个字符必须...

文章 R的几个内置常量

...I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" "P" "Q" "R" "S" "T" "U" "V" "W" "X"[25] "Y" "Z" 2、月份,缩写用month.abb,全名用month.name > month.abb [1] "Jan" "Feb" "Mar" "Apr" "May" "Jun" "Jul" "Aug" "Sep" "Oct" "Nov" "Dec"> month.name[1] "January"   "February" ...

文章 如何让生信大咖解决自己的问题

...问方法: 懒惰型:代表性语句是"在吗"、"有没有人熟悉XX软件"、"有没有人做过XX分析"。这让潜在回答者不敢应答,谁知道回答这个没边界的问题得花多少时间和精力呢?这种情况下,往往一轮对话下来没有任何实质性进展,大...

文章 immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较

...d]  -g group, --group group                        group name from metadata to test[required]  -b groupby, --groupby groupby                        main group name from metadata to test [default NULL]  -o path, --outdir path                        output file d...

文章 Linux单行命令

...sort a b | uniq -u > c # c 是 a - b awk常用命令 awk '{ sum += $2 } END { print sum }' myfile        #这个命令将计算myfile文件的第二列的总和并打印出来。awk '{ print $2, $1 }' myfile | sort -n      #这个命令将打印出myfile文件的第二列和第一列...

文章 igraph 报错: libglpk.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory

...es ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location Error: package or namespace load failed for ‘igraph’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-igraph/00new/igrap...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程,配制分析环境(doc.sh)遇到Bug

...:ChildProcess::run() src/cpp/core/system/PosixChildProcess.cpp:743; LOGGED FROM: rstudio::core::Error rstudio::core::system::ChildProcess::run() src/cpp/core/system/PosixChildProcess.cpp:743” 我用组学大讲堂的服务器进行下载,输入命令“docker pull docker.io/omicsclass/metagen...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程,配制分析环境(doc.sh)遇到Bug

...ChildProcess::run() src/cpp/core/system/PosixChildProcess.cpp:743; LOGGED FROM: rstudio::core::Error rstudio::core::system::ChildProcess::run() src/cpp/core/system/PosixChildProcess.cpp:743” 我用组学大讲堂的服务器进行下载,输入命令“docker pull docker.io/omicsclas...

文章 R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

...安装失败 Found hdf5 with version: 1.8.12configure: error: The version of hdf5 installed on your system is not sufficient. Please ensure that at least version 1.8.13 is installedERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’ 解决办法: 1. 下载hdf5-1.8.13的源码 wget http...

文章 MutMap+和mutmap分析差异(BSA)

...sequence was constructed by replacing nucleotides in Nipponbare with those of Hitomebore at the 124,968 SNP positions identified between the two cultivars by alignment of 12.25 Gb of Illumina Hitomebore short reads to the Nipponbare reference genome要使用mutmap的定位方法:1.一般为隐性...

文章 筛选编码蛋白的CDS序列

...########################################################################'''from Bio.Seq import Seqfrom Bio import SeqIO#from Bio.Alphabet import IUPACfrom Bio.SeqRecord import SeqRecordimport os, argparse, os.path,reparser = argparse.ArgumentParser(description='This script is used to get coding sequ...