文章 R语言-相关性矩阵分析

R内置函数 cor() 可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，可计算pearson、kendall、spearman三种相关系数。 cor函数计算的是列与列间的相关系数，得到的举证C(i,j)是第i列与第j列相关系数。  例如如下数据：...

文章 eclipse当中出现中文乱码解决办法 UTF-8

...ws当中中文的默认编码是GBK，linux中是UTF-8所以当编码格式不统一时中文就出现乱码，英文就没事，除非你的代码当中不出现中文注释； 否则应该配置一下eclipse默认的文本文件编码格式，建议统一成UTF-8： 设置方法，点击：windo...

问题 泛基因家族分析PAV_gene.list中基因数量，少于gene.pep.fa中序列的数目

老师好！PAV结果中，为什么PAV_gene.list中基因数量（204个）少于02.gene.family/check下gene.pep.fa中序列的数目（218个)？ 如何判断少的这14个属于PAV_gene.list中Fam_N列下的哪个基因？ 或者要重新分析？

问题 基因家族分析提取启动子序列出现问题，望老师解答

老师，您好！ 我在提取启动子序列时，biolinux系统运行脚本失败。 基因位置信息如下 XP_016539240.1    NC_029984.1    140133542    140145037    +XP_016549783.1    NC_029988.1    2729089    2737473    +XP_016550150.1    NC_029988.1    14844...

问题 请问转录组差异分析里的log2FC是怎么算出来的？

如题，想自己手算下log2FC

问题 基因家族分析时，顺式作用元件提取只能提取列表中的一部分基因，请问是什么原因

请问老师，这是什么原因？

文章 如何预测CpG岛

...OSS。官方网站提供了详细的安装说明和下载链接，这里就不介绍了。准备DNA序列文件：将需要预测CpG岛的DNA序列保存为文本文件，格式为FASTA的格式。运行CpGPlot：在命令行界面下，使用以下命令来运行CpGPlot工具： cpgplot -sequence...

问题 基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr.txt是空文件

用hmmsearch计算出的id，在进行基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr.txt是空文件，在对gff3做出修改后输出的结果也不对，想请教老师是哪里出了问题，是脚本不对吗？又如何修改呢 输入文件 以下是过程这个是脚本 ...

问题 TCGA数据库下载数量不对

...一：按课上老师教的筛选方法，网页上cases和file数量为何不一致（456和521），老师课上是一致的。 问题二：按老师的代码，样本总量不等于肿瘤+正常总和，为什么呢？ query <- GDCquery(project = "TCGA-COAD",data.category = "Transcript...

问题 KEGG和GO富集分析报错问题

P和Q值设置为1，依旧提示报错：Failed to create bus connection: No such file or directory --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: LOC105382119,LOC105392385,LOC105383189,LOC105384039,LOC105384627,LOC105384151 --> return NULL... Error in barplot.default(kegg, ...

文章 nfs的一个缺陷

...NFS方式共享出的目录，若后者宕机，那么前者的NFS分区即不可访问，使用umount不能够去除，df命令工作也不正常，等等。当然也可以重启消除此问题，可有几十台都要如此，那就惨了！ 这个问题是nfs的一个缺陷，很难解决。我...

问题 可不可以用转录组重测序的原始数据来分析其中microRNA等ncRNA的变化差异？

问题 老师，我做的是（某）人长链非编码RNA（lncRNA)的基因家族分析，如何获取其保守序列

问题 Erro基因家族分析报错：TC bit thresholds unavailable on model domain；如何解决

问题 老师您好！请问一下可以把拟南芥的基因和目标候选基因合起来做进化树分析吗？