文章 主成分分析（PCA）如何计算方差解释率

我们常看到的PCA图（如下）中，每个成分都对应了每个特征方差贡献率。通常，求得了PCA降维后的特征向量，我们就可以绘图，但各个维度的方差解释率没有得到，就无法获得PC坐标的百分比。 （文章链接：https://doi.org/10.1038/...

问题 单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码：Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds  $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \  --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  后报错：Error...

问题 WGCNA分析中cluster dendrogram图上的module colors只能显示一种颜色，但在代码中table(moduleColors)显示已分19个模块19种颜色，想问下是哪里出现问题了，谢谢！

做WGCNA分析，数据量比较大，有45783个基因，但样本数只有12个。运行后得到的cluster dendrogram图中的module colors的颜色只能显示出蓝色，但我table(moduleColors)后得到的颜色模块还是很多的。想问下我这个操作是哪里出现问题了呢？万...

问题 老师你好，在家族分析中，用tiquxulie.pl脚本提取序列时，总是报错，看了前面他们做的，我拆成每条染色体进行提取，但还是不行

这是我提取的基因信息 这是tiquxulie.pl脚本 运行的脚本

问题 基因家族分析时，提取cds与pep序列报错

应该如何解决？代码与报错如下，数据来源：ncbi的参考基因组注释文件。 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome --seqType CDS >$species.cds.fa#提取pep序列/share/work/biosoft/TransD...

问题 泛基因家族分析cds提取出现killed

[root@c4bf00d21ba0  09:33:02 /work]# cd 01.cotton_data_prepare [root@c4bf00d21ba0  09:33:29 /work/01.cotton_data_prepare]# ll total 1.8G -rw-r--r-- 1 root root  23M Dec 20 15:55 AD4_JGI.annotation.gff3.gz -rw-r--r-- 1 root root 1.3G Dec 20 15:55 AD4_JGI.genome.fa.gz -rw-r--r-- 1 root root 46...

文章 singularity使用基础

...gt; /etc/profile source /etc/profile # 安装singularity，这里的安装版本为3.2.0 export VERSION=3.2.0 wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz cd singularity ./mconfig cd builddir/ make &...

问题 老师您好，我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件并且出现list index out of range报错,请问一下是什么原因？

所选的基因组是线粒体基因组测序的结果。

问题 在QTL-seq分析的时候的vcf文件中双亲在后面，而子代双池在前面，这种怎么把顺序调整过来？有没有影响

老师在课程中使用的示例文件中vcf文件中四个样本的顺序是双亲，然后子代。但是我发现我的vcf文件的顺序是双亲在后面，两个子代池在前面，这种怎么调整顺序呢，或者会不会影响qtlseq的运行

问题 请问mapman分析kegg时，总提示这个 Data does not fit mapping used (no data points mapped),please choose the appropriate mapping which matces your data

请问mapman分析kegg时，总提示这个 Data does not fit mapping used (no data points mapped),please choose the appropriate mapping which matces your data

问题 您好，我在用qiime2进行扩增子测序分析但是导入数据时会一直出现改错误，请问有什么合适的解决办法吗?

There was a problem importing manifest:   manifest is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33V2 file:   Filepath on line 1 and column "forward-absolute-filepath" could not be found ($PWD/home/qiime2/Public/data/dyj/HS15_1.fq.gz) for sample "HS15".

问题 启动子分析，使用get_promoter.pl提取上游序列时发生如下报错（不能读取脚本第31行），请问该怎么修正啊？

下图黑色高亮的是报错内容，显示get_promoter.pl这个脚本的31行“length”这个词好像有问题下图是我使用的get_promoter.pl这个脚本的第31行信息，这个脚本我从网盘下载后没有作任何修改 请问老师错误是出在哪里了，怎么修正啊？ ...

问题 老师您好，我想分析样本的甲基化数据，但是TCGA里的脑肿瘤只有肿瘤样本，我能从GEO中下载健康样本的甲基化450的数据，可以吗？

可以将两者的数据直接按照甲基化探针直接merge嘛，批次效应怎么处理？

问题 请问一下：WGCNA分析生成的结果文件8-性状与模块关联关系怎么解读？相关性的高低与基因的表达是什么关系，与后面的关键基因怎么有什么关联呢？

问题 在转录因子富集分析时，需要输入文件：Gene_cors.txt，请问这个文件怎样得来的？此外文件中每两个转录因子的相关性是如何计算的？