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问题 基因组注释 genome.chain 文件生成问题

...现如下错误，老师该如何解决 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容： Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       1392056    + Chr15   30651747        30651846        16      U      ...

文章 颜色相关网站推荐——颜色吸管工具，RGB与十六进制颜色码转换

...管工具 颜色吸管 - 在线颜色工具 - PhotoKit.com 点击网页中吸管标志，即可在任意位置取色并识别为颜色编码 二、RGB与十六进制颜色码转换 RGB色阶代码查询 代码反向查询颜色 (59178.com) 可以实现RGB颜色码与十六进制颜色...

文章 提取bam/sam文件指定区域reads

若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。  首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置                例： 12  21100  41200  #取12号染色体2110...

文章 亚型划分比较波浪图（桑基图）绘制

...图或者桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，所有主支宽度的总和应与所有分出去的分支宽度的总和相等，保持能量的平衡，非常适用于用户流量等数据的可视化分析。在一...

文章 HMMER ——hmmsearch 用法，参数

...，简单来说，hmmer是使用隐马尔可夫模型，在序列数据库中搜索同源序列，并进行序列比对的工具箱，拥有比blast更高的准确性和相同的速度。常用的Pfam数据库(已经合并到interpro当中，只不过interpro下载之后是压缩文件，)提供hmme...

文章 SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）

有时候我们从文章中获取到的结构变异结果是bed格式，如下： 而这种格式不便于进行后续的合并、注释等操作，这时候可以使用SURVIVOR软件的文件格式转换功能 ./SURVIVOR #软件网址——https://github.com/fritzsedlazeck/SURVIVOR/ ...

问题 请问小麦基因家族分析电脑内存小，提取的文件是空的，这个问题解决了吗？求指导

但我直提取的1A染色体还是不行，我看回答中说用get_fa_by_id.pl脚本把染色体分隔开，然后合并，具体是怎么操作，求指导

问题 合并gvcf的问题

...ingle sample but actually contained 2 samples. 之后我发现在gvcf文件中的变异是以varaint和variant2两列表达出来的，图中我截取了前面几行）。请问老师，这种情况我该如何完成gvcf的合并呢？

文章 docker容器文件为root，出来之后主机无权限解决办法

...er容器内默认是root用户执行，但是挂载的文件夹，到主机中的结果为root的，主机用户没有权限解决办法： 是在容器内取修改文件的属主解决： 在docker容器里面将文件属主修改为自己的用户名： 1.在容器外用id命令获得自己的...

文章 叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便，同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html 一、网站使用 1.网站首页如下图，点击 Submit a Sequence —...

问题 报错Error in plot.new() : figure margins too large怎么解决

跟老师的直播课上的做柱状图的视频中，转化完矩阵后，运行barplot时， 出现报错，不知道怎么解决。 > barplot(t,col=mycol[1:nrow(t)],ylab="Relative abundance ") Error in plot.new() : figure margins too large

文章 Muscle 进行多序列比对

...要指定输入输出文件即可: muscle -in seqs.fa -out out.fa  其中输入输出文件格式： >aATGAGGTAGAGATAGCCGG>bATGGTTAGCCGG >aATGAGGTAGAGATAGCCGG>bATG———-GTTAGCCGG FASTA format为输出文件的默认格式，还可输出其他格式，例如CLUSTALW format musc...

问题 利用KaKs_Calculator2.0计算两个基因的kaks时出现：Error.

The size of two sequences in 'EVM0055308&EVM0007023' is not equal. 出现问题后也按照课堂上和视频课程中的方法进行了解决，也检查了ATG，序列是否为3的倍数等问题，均符合要求，不知道是什么问题造成的，

问题 docker gene-family image 执行时perl脚本不出现

perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt 在执行这个指令时，出现：Can't open perl script "script/mRNAid_to_geneid.pl": No such file or directory 错误，是perl脚本没有封装在容器中吗？

问题 NJ 树脚本报错

使用的脚本是来自于课程中的NJ_tree_phylip.py文件 整个命令为： python ～/NJ_tree_phylip.py -i ~/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/pep_aligned_trimed.fa  -t prot -o ~/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis -n NJ 报错为：os.rename('/'+args.outdir.strip()+'/outfile','/'...