有两个文件,想让第一个文件的第一列，如果与第二个文件相同的话，则输出第一个文件的整行，例如 第一个 1.txta b 1b d 2c r 6d w 3e t 9第二个文件2.txtac输出的结果a b 1c r 6 类似于从gff文件中提取目标基因的注释
...同，但是当我们做的物种有一个庞大的基因组，那么流程中有一些参数需要进行修改： 1. Markdup和SplitNTrim的时候不要生成bai的索引，主要是 Markdup的时候不要使用参数“-CREATE_INDEX true”，SplitNTrim需要加入参数“ --create-output-bam-i...
前段时间在学习如何使用kvm创建虚拟机，在实践过程中遇到很多不太清楚的问题，靠AI帮我快速解决了这些疑问。 以如何修改kvm虚拟机内存大小这个问题为例，看下AI的效果。 对话如下：https://www.doubao.com/thread/w84ca2c9b81640339 首...
...的分类器。对于一些大家常用的引物组合，可直接在仓库中下载（ http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/taxa_classifiers/qiime2-2020.2_classifiers/ ），没有的话则需要自己手动建立分类器： •16S V4/V5 region (classifier_silva_132_99_16S_V4.V5_515F_92...
看到的教程里都是直接选模块中连接值top,想知道具体如何通过已知的目的基因得到比如tom值排序前30的候选基因。希望老师能贴一下代码
...加测一次），以合并*subreads.bam为例， 1. 需要采用SMRT中的pbmerge, 不能采用samtools 的merge 。 2. 需要采用pbindex 对bam 文件进行index, 也不能采用samtools index 构建index 构建的index 文件（pbi后缀）非常的重要，因为后面的分析中...
...据、高通量测序数据，涉及mRNA和miRNA，并且在不断丰富之中。网站的使用，一般是对相关研究数据进行分析（譬如针对GEO数据库数据、TCGA数据库数据进行分析），筛选biomarker之后，再利用该网站对目标基因进行生存分析验证，...
NCBI自带的Batch Entrez工具可以根据基因/蛋白id在数据库中批量检索和下载基因/蛋白序列，首先进入网站： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez 准备一个包含全部基因/蛋白编号的文本文件(ID.txt),格式如下: 点击选择文件，选择ID.t...
/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/jcommon-1.0.23.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/phg.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/commons-math3-3.4.1.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/biojava-alignment...
...3.top-nav.3.4cae16d0k120w3&p=cas#/certExtend （2）按要求到易名中国验证 （3）证书配置：视频点播服务=》配置管理=》分发加速配置=》域名管理 class.omicsclass.com 2.网站SSL证书到期：www.omicsclass.com （1）先申请免费的SSL：选择手...
使用单细胞转录组学课程中的代码使用monocle3进行轨迹分析报错。 这是我的代码： Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \--use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 4 这是CD4.added.celltype.rds所对...
...如下： R语言代码，统计向量的频次，其实很简单，用table方法一步就完成，后面就是绘图了： 注意本代码的主题为cowplot主题适合SCI文章发表，并设置了柱状图上加数字； library(reshape2) local({r <- getOption("repos") ;r["CRAN"] &...
两组共6个样本，上千个差异lncRNA 、mRNA，表中数据是RPKM值，如何用R语言做lncRNA-mRNA皮尔森相关性分析？cor函数输入文件是什么格式？
...组。多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。之后使用misa[2]软件在全基因组上寻找SSR，去掉含有SSR的窗口。选择DP...
配置circos作图文件时，result文件夹能正常生成，也没有报错，但是result文件中，genome.blocklink.txt文件为空，genome.blocklink.txt文件只有aliment但是无数据，检查基因序号对应无误，不知道问题出在哪里