文章 geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

使用方法: $Rscript /share/work/huangls/piplines/omicsclass/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r  -husage: /share/work/huangls/piplines/omicsclass/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r       [-h] -g gse [-f func] [-p palette] [-G gpl] [-s Gene Symbol] [-x]       [--log2] [-o ou...

问题 如何分析某个基因家族内的（假设只有15个基因）tandem duplication和segmental duplication事件？

问题 老师您好，我在运行4个物种共性性关系时出现以下报错，请问该怎么解决

下面是我的输入的两个配置文件

问题 为什么read1和read2前几个碱基的错误率较高？

问题 老师您好，请问在用MEGA软件利用保守域构建进化树时有几个基因含有不完整的结构域序列导致进化树构建不成功，删除后就可以构建了，删除的那几个基因在pfam和NCBI都确认了含有该保守结构域，后续分析的时候还可以继续将其归为该基因家族成员吗？

文章 MNP标记设计中DP的计算方法

...口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。 如下所示： 假如有3个品种，1个窗口内有3个SNP。其中品种1与品种2有两个SNP的基...

文章 6分+文章告诉你2021基因家族分析文章还好发！

...发高分文章！ 基因家族分析课程重大更新 为满足大家更好学习基因家族分析，组学大讲堂对《基因家族分析》课程进行了一次重大更新！更新内容如下：1. 分析环境采用全新的docker虚拟机docker是一种更好用的虚拟机工具，其...

问题 gwas脚本中的tassel计算变异位点p值的命令中，结果会自动过滤掉indel，如何保留indel，并计算其p值？

咱们gwas分析的脚本中的tassel的run_pipeline.pl工具为什么在计算变异位点p值的时候，会自动过滤掉indel。我想同时计算indel的p值，需要怎么做？代码如下： run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \     -fork2 -t $tassel_trait -fork3 -q...

问题 单细胞测序数据分析#相同细胞不同处理之间差异B细胞差异时报错

执行此代码：Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds  $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindMarkers.deg.B  --group.by   "stim"   --ident.1 "stim"  --ident.2 "ctrl"    --subset.ident "B" \  --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25  后报错：Error...

问题 请问mcscanX比对时，这种情况是运行结束了么？

用的这行命令nohup  blastall -i Ssu_Sm.fa -d Ssu_Sm.fa -e 1e-10  -p blastp  -b 5 -v 5 -m 8 -o Ssu_Sm.blast& 输出了Ssu_Sm.blast文件，但是nohup.out输出文件为0，jobs查看命令显示[1]  + running    nohup blastall -i Ssu_Sm.fa -d Ssu_Sm.fa -e 1e-10 -p blastp -b 5 -v 5 -...

问题 WGCNA所用样本可以来源于不同实验（如发育时期、胁迫处理等）一块进行分析吗？只有一个实验的表型数据可以直接进行关联分析吗？

1、转录组数据来源： （1）4个发育时期，3个重复（自测）（因为样品量只有4×3=12，单独进行WGCNA结果不太可靠）； （2）5个发育时期，3个重复（NCBI）； （3）胁迫处理和对照，3个时期，3个重复； 2、表型数据： （1）只有...

文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 ： 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

... 缺少上下调的变化，返回看edgeR等安装步骤发现了如下几个警告： > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor version 3.2 (BiocInstaller 1.20.3), ?biocLite for help A new version of Bioconductor is available after installing the most recent   version of ...

问题 请问一下用CoNet构建网络没有环境因子表格可以做吗？一般用MENA、CoNet以及SparCC构建网络至少需要多少个平行？？

我用CoNet构建的网络，一个处理5-8个平行，直接上传的biom格式以及直接下载的OTU表格去构建，设置好参数，没有添加环境因子，点击“go”，每次都出现error

问题 WGCNA分析，最多能划分几个模块？若一直beta值未达到0.8，怎么办？

对于划分模块有没有最多或者最小的限制？