问题 WGCNA分析，计算了软阈值，为什么powerEstimate没有提供估计值？

如上图所示，当软阈值等于32时，R2等于0.8，但是对应斜率在-1.34，这样的取值合理么？我知道最佳的阈值的选择要求R平方在0.8以上，斜率在-1左右，但是对于有些数据无法兼顾到这两点。这两个标准，哪个更重要一点？

问题 RNA-SEQ分析中，基因ID位于Chr01-Chr09的基因的reads数目全部是0

在做转录组分析的时候，用htseq软件统计每个基因的reads数目，发现基因ID位于Chr01-Chr09的基因的reads数目全部是0。基因ID位于Chr11-Chr12的reads数目是正常的，很奇怪。难道是基因ID位于Chr01-Chr09的基因都没有reads比对上？如下图，最...

问题 spaceranger分析，代码：nohup sh 00.spaceranger.sh >00.spaceranger.sh.o&，日志显示 signal: killed

...望早回复，这个问题已经卡了两三天了，没办法进行后续分析... ps：因磁盘内存限制190G，想先删除个别已上传但未用上的数据，显示删除失败，好像是没有sudo权限，这个又怎么处理？

文章 tassel 软件做GWAS关联分析多年多点表型数据整理格式

GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/2KgXQq 官方说明见：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/Load/Load#markdown-header-trait-format Trait Format This format does not require users to provide information on number of rows and columns. The...

问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

利用dtriple命令比较两组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]:  NaNs produced R[write to console]: 2: R...

问题 问下在做基因家族进化树时，建的树bootstrap好多为0，这对发文章数据影响吗？还有要怎么分析解释呢

我还是用的保守结构域进行分析的，这种好多0的情况下会被说是错的吗，，只不过把我的物种跟拟南芥放一块（我的物种跟拟南芥是同一个科的），，这种情况下我要怎么解释这种情况呢？，，图片太大我只截了一部分，，，...

问题 老师您好，请问用MEME分析Motif时，生成的motif的logo图片中，纵坐标的Bits是什么意思，是怎样计算出来的？

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问题 老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

问题 运行MCScanX查找共线性，java绘图出现错误为什么？

运行到Java绘图这里出现错误，不知道为什么出错，之前几步都是按照步骤也弄出来了就在JAVA绘图这里出现问题也不知道为什么，请求答复！！！

问题 在进行进化树分析时，拟南芥与我的基因聚不到一起，是怎么回事呢？请求各位大神解答。

问题 老师 我在做不同物种之间的共线性分析 最后出结果出图的时候出现这个了 请问怎么解决啊

问题 老师，您好！我用PLANTCARE 分析完了启动子，想把顺式作用软件画在基因启动子上，用啥软件好？

问题 老师，你好！做完基因家族生信分析后，要做验证验证实验的话，一般可以从哪些方面入手么？

问题 计算每一个单因素cox分析时，用lapply函数，好久都没有反应，怎么解？大概有20个小时了。

问题 老师您好，我想请问MCScanX共线性分析中，那个Desktop中的cmd.txt文件在哪里可以找到啊？