问题 老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

问题 老师您好，在用mcscan分析之前发现，gff文件里没有gene，只有cds和exon怎么处理？

已解决

文章 IBD分析

IBD（Identity by Descent，同源片段分析）是群体遗传学中用于检测个体间共享祖先片段的分析方法。 一、IBD分析的基本概念 IBD分析是通过检测基因组中共享的、未发生重组的DNA片段，推断个体间的亲缘关系或群体历史事件。其核...

问题 WGCNA分析，最多能划分几个模块？若一直beta值未达到0.8，怎么办？

对于划分模块有没有最多或者最小的限制？

文章 利用samtools截取基因组上指定位置的序列

...构+motif—1张图全显示| 基因组间共线性图 | 多方法、多版本的微生物网络图绘制课程 | 热图竟然还能用Excel来画 | Cytoscape-网络图绘图技巧 | 怎么做一张好看的分类学树状图 |

问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程？

文章 deepseek绘图之--多组学相关性热图

...组学分析中，经常需要绘制多组学相关性热图，用于展示不同组学数据(如转录组学、蛋白组学、代谢组学、微生物组学等)之间的相关性关系。这种热图可以帮助研究者发现不同层次生物分子之间的关联模式。然而，传统工具如R...

问题 请教老师，Gemma分析时的报错问题？

[root@iZ2e]# ./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -k output/result1.sXX.txt -lmm 1 -p p.txt -c c.txt GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012-2021 ERROR: Enforce failed for file_kin output/result1.sXX.txt: open file in src/param.cpp at line 934 in CheckParam

问题 BSA分析，野生型亲本，抗性混池

野生型亲本，抗性混池，用gatk生成gvcf，再转为VCF，筛选出SNP。直接运行：vcftools --gzvcf merge.snp.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout  --max-missing 1 --minDP 4  --maxDP 1000  --minQ 30  --min-alleles 2  --max-alleles 2  |gzip - > merge.snp.clean.vcf.gz；m...

问题 16S课程 02.feature_table这一节课中 dada2方法无法生成数据

...们这么设置--p-trunc-len-f 150 --p-trunc-len-r 140 导出的table后续分析用不了 --p-trim-left-f 0 --p-trim-left-r 0 \    --p-trunc-len-f 300 --p-trunc-len-r 260 \想请老师帮忙解答一下！

问题 无参转录组使用kobas进行KEGG分析的时候，应该选择什么物种？

因为我的物种是非模式植物，请问使用kobas3.0进行KEGG富集的时候，物种这个选项，是应该选择相近物种吗？还是选择pass，即不选物种，如果pass，那么富集出来的通路很多都是疾病的，我这个是植物，感觉非常不对啊。 希望能...

问题 老师您好，我在进行GEO数据差异分析时，出现如下报错，请问我该如何解决？谢谢老师。

group_file.tsv

文章 proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式是怎么样的？

...鉴定和定量之后，可以采用R包“proteusTMT” 进行差异表达分析和统计分析。 其中比较关键的是如何在meta文件中设置样本标记信息和分组信息。 meta文件，格式（采用tab 分割）如下： measure experiment sample    condition replicate Repo...

问题 老师好，我在虚拟系统中筛选出53个基因，去两个网站上比对结构域，结果不同且差异较大，我选择了pfarm网站中的53个基因。但是再构建进化树时用邻接法却提示我序列差异太大，画不出来。然后我删掉了序列很短的基因6个。就画出来了。请问老师，我是应该筛掉基因还是用最大简约法画树。希望老师指导。谢谢！

问题 做KEGG富集分析时，我有已知基因的k number，如何查找该基因的ko number？