问题 老师您好，做GWAS分析使用GLM模型时，p值为什么都是-0啊？

问题 老师，二代测序数据可以GWAS分析嘛？植物上做GWAS的话测序深度5X可以嘛？

文章 细胞被污染补救措施大全！细菌真菌黑胶虫支原体一网打尽

相信有这种烦恼的童鞋不止我一个人，所以，今天我们来探讨一下细胞的污染的问题。 首先，要知道什么是细胞污染——凡是对细胞生长有危害的成分或者造成细胞不纯的异物都视为污染。细胞污染根据污染源可以分为...

问题 基因家族只有2个基因，可以做共线性分析吗，想检测一下有无复制基因对

2个基因在同一染色体上，位置接近

问题 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

在文献中《Global profiling of RNA-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据，只找到了他们处理后的BigWig文件，使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时，用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别...

问题 三代无参全长转录组做基因家族进化树分析时发现有多条序列的蛋白序列相同，有必要删除相同序列吗？

三代无参全长转录组做基因家族进化树分析时发现有多条序列的蛋白序列相同，有必要删除相同序列吗？

问题 老师你好，我在进行到基因结构分析structure这一步时，出现错误 望解答，感谢！

是因为我的gff里没有parent信息吗家族的ID列表检查过了没有问题

文章 宏病毒组分析一区

...患者（Aβ+ADs）和35名健康对照组（HCs）的肠道病毒组进行分析以鉴定与AD相关的病毒特征。与HCs相比，Aβ+AD患者肠道病毒组的α-多样性降低，表明噬菌体丰富度较低；Aβ+AD患者肠道中的乳球菌噬菌体的Siphoviridae家族显著减少。使...

问题 EMMAX进行GWAS分析时候出现问题

#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship emmax-kin-intel64 -v  -s -d 10  -o ./pop.kinship.IBS  snp_var，在执行这条命令的时候，结果文件中全是IBS中全是-NAM，没有具体的数值。 在上一部用pLINK的时候用的命令是plink --vcf $vcf \      --recode12  --...

问题 老师，我正在做泛基因家族分析的结构变异与基因注释部分，出现一些错误

老师，我正在做泛基因家族分析，结构变异与基因注释部分，#转换gff3到genePred 格式并转换转录本格式至基因ID，尝试了不同的指令，均未能成功修改 sed -i "s/\\.[0-9]*$//" ${ref}_refGene.txt ，之后在excel中完成修改，结果如下：之后...

问题 扩增子16s分析：heatmap plot报错

老师您好，我用自己的数据和您视频提供的数据做heatmap plot都提示如下错误，请问需要怎么解决？谢谢老师！ Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) :   duplicate 'row.names' are not allowed Calls: rownames<- ... row.names<- -> row.names<-.da...

问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device

采用/mummer-4.0.0rc1/mummerplot进行共线性分析画图时，出现报错，如何解决？

文章 《Python入门》（生信）视频课程

...33 Python编程异常流行 近年来人工智能、云计算、大数据分析飞速发展，这些行业首选编程语言就是Python；著名的全球编程语言流行程度统计网站TIOBE网站上显示python编程已经位列第三，仅次于JAVA和C语言；python的流行与他的 p...

文章 perl中单引号与双引号区别

...，比如“\t \n”都是代表字符串本身，即单引号内的\n并不是换行符，而是表示字面上的两个字符； 而双引号中的反斜线更为强大，可以转义许多控制字符，双引号中“\t \n”分别代表水平制表符和换行； print 'hello world  \t \...

文章 SNP密度图

我们做分析的时候经常会需要统计snp/INDEL/变异密度的信息，这个时候有以下几种选择 一、vcftools统计密度，而后绘图 二、CMplot包直接绘图 其中二明显步骤更少，所以在这里简单给大家介绍一下怎么做，有时间再重新编辑这个...