文章 绘制生存曲线图

...的生存曲线图。 # 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 其格式如下： bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823 3 TCGA-BI-A0VR 1505 ...

问题 我目前正在学习《基因家族分析》课，在Bio-linux系统下操作的，输入clustalw命令后，输入了一个AtbZIP2domain.fa文件多重比对输出一个AtbZIP2domain.aln文件，在家族成员鉴定的视频中回车，下一步即可得到一个后缀为.dnd的文件，但我按照输入的步骤却得到了下面这个一串英文，不知道是什么原因导致的，请问是怎么回事啊？

文章 NCBI上下载参考基因组信息

...息，但是Download the GenBank assembly会提供RNA、蛋白的一个gff格式文件，而Refseq上没有（gff.是一个基因注释的文件，分析会用到)，所以我们一般会下载Download the GenBank assembly的版本~ 点击Download the GenBank assembly 后界面是下面这...

问题 我的转录本数据和gene ID不一致，所以我用的转录本ID来做的circle绘图，但是进行不下去

我用的是转录本ID 不知道这个软件是不是不能用转录本ID ，但是我转换成gene ID 也不行，请老师给建议 难道是由于染色体数量多于拟南芥所以这里也要改吗？ 老师还请您指导

问题 RNA-SEQ分析中，基因ID位于Chr01-Chr09的基因的reads数目全部是0

在做转录组分析的时候，用htseq软件统计每个基因的reads数目，发现基因ID位于Chr01-Chr09的基因的reads数目全部是0。基因ID位于Chr11-Chr12的reads数目是正常的，很奇怪。难道是基因ID位于Chr01-Chr09的基因都没有reads比对上？如下图，最...

问题 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化？对照组是113和114，实验组是115,116,117，那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值，那我怎么用，筛选的时候要用这六个比值的均值吗？还是有其他的筛选办法？还有六个p值应该如何来筛选？

问题 如何进行go和kegg的注释和富集

...如 视频中讲到的，我研究的茶叶不在19种物种之列，该怎么办？ 还有是不是在线blastp无法进行批量swissprot注释？ 啰嗦这么多，就想，如何解决怎么从基因序列，找到go号。望老师求解。

文章 GCTA 分析PCA

#方法2：#GCTA 分析PCA ## vcf转bed格式plink --vcf  clean.sorted.vcf.gz --make-bed   \    --out all.LDfilter --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# \    --keep-allele-order --vcf-half-call missing## 生成grm文件gcta64 --bfile all.LDfilter  -autosome  --make-grm  --out GA## ...

问题 老师，用视频教的方法用linux系统查找复制基因的时候，得到了duplication_gene.out文件，但是里边的成对基因不在同一染色体上，请问是我分析出了问题，还是它不属于串联重复基因，属于片段重复？下面这是操作过程我用到的文件：先进行了AABB30-cds的blast比对，得到图1的out文件，然后用了图3的程序，得到复制基因的，请问老师，这个是怎么回事

文章 TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据

...床分期该如何转换成WGCNA的临床数据呢？ 转换成如下的格式： TNMT1T2T3N1N2M1M2M3T1N2M310001001 如果您想学习TCGA数据挖掘方法，可以学习我的课程：https://study.omicsclass.com/index

文章 使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包

提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？ 思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘...

文章 perl报错：symbol lookup error: xxxxx: undefined symbol: Perl_xs_handshake

glimmhmm是一个基因从头预测的软件，他的运行需要先训练模型再预测基因 报错： 运行trainGlimmerHMM的时候出现报错”undefined symbol: Perl_xs_handshake“ 问题： per调用的lib里面没有相关mysql module或module不完整。 解决： 1. 指定个人...

问题 老师您好，我现在正在做500人样本的宏基因组分析，将其分成三组，目的是为了找出三组之间的差异性菌群及菌群功能分析，现在遇到了一些问题，详情如下，我已经完成了宏基因组分析的绝大部分流程，物种丰度也完成了，现在已经用salmon识别了基因，得到了基因丰度，接下来的一步就是要比对基因名称和功能，请问具体怎么执行操作，我不是很懂，谢谢老师

问题 Blast分析筛选不到串联重复基因

...基因组网站上没有CDS文件，只有mRNA文件，这种情况应该怎么处理？ 再补充一个问题：用MCScanX来分析基因的串联重复的时候，找到了一对基因存在串联重复关系，而且从基因的染色体定位来看，这两个基因的位置也相距很近，...

问题 求大神指导如何安装Bio-linux系统，及在该系统下如何安装CG View及Orthmcl和OrthoFinder

...但我不会Bio-linux系统安装及在该系统下安装其他生信分析软件，因此，来此求救，希望懂的人能帮忙指导一下,能语音指导的话最好了，我实在是一点生信背景都没有。感激不尽！！！