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问题 piranha输出文件如何筛选显著的peak

piranha输出的bed文件会把每一个bin给出一个p值,大部分bin的p值都小于0.01,要怎么筛选出显著的peak去找motif?如果一个peak跨两个bin,给出的p值是bin的而不是peak的,这种要怎么处理?

问题 老师你好,我想将hmm和blast搜索的成员想合并起来建树,我试着用MatE_domain_confirmed和blast搜索成员的全长序列合并来建树,但失败了,原因是相似度不够。是不是要将blast搜索出的成员蛋白全序列改成基因蛋白的结构域序列才能建树?但我要怎么改呢,如何将blast检出的成员的蛋白序列都做成结构域序列。成员,

问题 cytoscape如何将选中的node按一定顺序排列?

ceRNA包括lncRNA, miRNA和mRNA, 我想把它们排成三个圆形,lncRNA放在最里面,miRNA放中间,lncRNA放最外面,可是怎么移动它们呢?不可能一个个手动移动吧? 这个图怎么转化成下面这个图:

文章 pheatmap绘制热图详解

...释中的行,注意之后颜色设置会考虑离散值还是连续值,格式要求为数据框annotation_col列的分组信息,需要使用相应的列名称来匹配数据和注释中的列,格式要求为数据框annotation_colors用于手动指定annotation_row和annotation_col  track...

文章 linux 用户 环境变量 ~/.bash_profile、 ~/.bash_login、 ~/.profile

...shrc: 为每一个运行bash shell的用户执行此文件.当bash shell被打开时,该文件被读取(即每次新开一个终端,都会执行bashrc)。 (3) ~/.bash_profile: 每个用户都可使用该文件输入专用于自己使用的shell信息,当用户登录时,该文件仅仅执...

文章 CentOS linux的环境变量配置

...ll。/etc/bashrc顾名思义是为初始化bash shell而生,在bash shell打开时运行。这里bash shell有不同的类别:登录shell和非登陆shell,登录shell需要输入用户密码,例如ssh登录或者su - 命令提权都会启动login shell模式。非登陆shell不会执行任...

问题 老师请问一下,在用pheatmap做热图时,scale函数我有点不明白,这个函数可以对横行或者竖行标准化,即分别设置为row或者column,可是这样有个问题就是,如果我做横行标准化的话,就会出现横行某个基因的某个值明明比另一个基因的某个值大,但是颜色上确实值小的反而比值大的深,那这怎么办呢

问题 在菠萝那篇文章里验证基因预测是否正确时,对不能用转录组数据比对回去的基因进行PCR验证,因为我不是学生物的,对PCR不了解,想问一下它是对那段基因的DNA进行扩增的吗?那段DNA是可以根据预测的序列人工制造出来吗?PCR扩增什么时候可以扩增出来什么时候扩增不出来呢?怎么就能验证基因的是否真的存在呢?

问题 在菠萝那篇文章里验证基因预测是否正确时,对不能用转录组数据比对回去的基因进行PCR验证,因为我不是学生物的,对PCR不了解,想问一下它是对那段基因的DNA进行扩增的吗?那段DNA是可以根据预测的序列人工制造出来吗?PCR扩增什么时候可以扩增出来什么时候扩增不出来呢?怎么就能验证基因的是否真的存在呢?

问题 在进行GWAS的LDBlock可视化中,在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时,程序居然报错UnKnow argument -PointSize,请问这是怎么回事呢,如何解决呢?请组学大讲堂的老师麻烦回答一下!谢谢!

问题 非模式物种建库进行GO和KEGG富集分析

老师,请问比如说我建了家蚕得KEGG和GO注释库之后,我的实验对象不是家蚕,而是鳞翅目其他得虫子,那样得话 我有一个基因列表,但是要怎么进行富集分析呢?就是想问一下怎么利用近缘物种进行富集分析?

文章 mac通过iTerm2实现rz sz上传下载功能

...下 chmod +x iterm2-send-zmodem.shchmod +x iterm2-recv-zmodem.sh 打开Profiles选项卡->Advanced->Triggers(点击Edit即可),如下图所示: 相关配置信息:  yaml 体验AI代码助手 代码解读复制代码    Regular expression: rz waiting to receive.\*\...

问题 老师我一个一个步骤进行,一个基因一个基因分析,是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因,代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码,前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

如果代码没问题,只能手动筛选么,怎么保存成domain_final.bed格式

问题 求助WGCNA Hub基因选择问题

...MM值吗?那此基因在其他模块中的MM值有什么意义吗? 3. 怎么看一个基因与其他模块中基因的连通性?(举个极端的例子,画一个所有模块中基因的共表达网络,不同模块的连接权重怎么找?)

问题 结构变异与保守结构域分析

...,发现点下载PDF下载下来的是前26行,没有后面80行,该怎么全部基因组的图呢?另外,我发现我的大多数基因组都相似,但和参考基因组(图上Yugu1_T2T.genome)不一样,是怎么回事呢, 在前面做泛基因集构建时,核心基因只有0....