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文章 欢迎加入组学大讲堂问答社区

...发布。该问答社区旨在实现知识共享，解决您科研中或者数据分析中遇到的各种问题，您可以提问，找答案，也可以回答他人问题，更可以分享知识、经验；我们的愿望是以知识换取知识，达到知识共享的良性循环。问答社区主...

文章 18年上半年，利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

前几期小编给大家介绍了几篇利用GEO数据库、TCGA数据库发表的SCI论文：如： 1：An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer ，该文采用TCGA数据库中结直肠癌及癌旁组织的mRNA，lncRNA,miRNA进行...

文章 常用的抗体亲和力成熟技术有哪些？

...或轻链，另一条链与一个随机化的互补链进行组合，从中筛选更高活性的突变株。通过固定抗体两条链中的一条链，对另一条链构建具有足够多样性的置换文库，随机组合有可能产生最佳链组合，经过噬菌体抗体库筛选可获得高...

文章 p值还是 FDR ?

经常有同学询问如何筛选差异的基因（蛋白）。已经计算了表达量和p value值，差异的基因（蛋白）太多了，如何筛选。其中最为关键的是需要对p value进行校正。 基本概念： 零假设：在随机条件下的分布。p值：在零假设下，...

问题 转录组分组间差异基因分析

...多达9000多。除去可能存在的取样时候的问题，基于现有数据，这种情况一般该怎么处理？是否需要放宽差异基因数较少的阈值范围，比如差异倍数放宽至1.5倍。 2 公司给我的结果，只给了A vs B，和 B vs C两组差异分析结果，并未...

文章 如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解

...o。 InterPro简介 InterPro是集成的蛋白质结构域和功能位点数据库，包含关于蛋白质家族、域、重复序列、和作用位点等数据资源，同时，InterPro也包含很多来自不同数据库的诊断签名的人工注释文件，形成了一个给定的蛋白质家...

文章 ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

如今大量物种参考基因组数据已被公布，对于科研工作者，可以说是一笔巨大“财富”。那么该如何获取这笔“财富”呢？ 本期将介绍几个相关的数据库，并举例演示如何查找和下载到想要的参考基因组及参考基因组得注释...

文章 植物转录因子调控分析

...录因子的调控比较感兴趣的话，可以学习我们的《转录组数据挖掘》课程，里面有专门针对该网站的介绍。

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

今天给大家分享一篇基于26个玉米泛基因数据进行的基因家族分析文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”于今年发表在BMC genomics杂志上，影响因子为4.4，中科院分区为2区。 在玉米中，有一种重要的次...

文章 你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗？这个方法带你飞！

Hello，大家好！此前，小编给大家介绍了：如何从GEO数据库下载芯片数据及相关样本处理信息等等（不知道的可以戳这里哦）。这些芯片数据下载下来干嘛呢？下载必然是为了挖数据啦！指不定什么有意思的东西我就发现了呢？...

文章 转录组+sRNA+降解组=7分文章

前言 利用不同的测序数据进行联合分析是进行转录调控研究常用的方法，不同的实验结果相互印证，可以探究生物体内基因表达调控更深层次的秘密，高分文章当然会手到擒来！ 下面通过一篇《Plant Biotechnology Journal》上...

文章 R语言中实现方差分析及其可视化

...差别的显著性检验。 由于各种因素的影响，研究所得的数据呈现波动状。 造成波动的原因可分成两类，一是不可控的随机因素，另一是研究中施加的对结果形成影响的可控因素。 方差分析分类： 方差分析常用的为单因素方...

文章 三代全长转录组鉴定红花黄酮类次代物合成相关相关基因-附原文献下载！

...种或者参考基因组较差物种，三代转录组文章一般都挖掘数据写论文呢？下面我们一起学习一篇2018年7月发表在BMC Genomics上题为：Full-length transcriptome sequences and the identification of putative genes for flavonoid biosynthesis in safflower 的红花三...

文章 转录组测序分析水稻旱作的重要基因

...统的水作水稻（水稻）和旱作水稻（陆稻）等。二代测序数据如何分析水稻旱作适应的分子机制呢？下面就给大家讲解一篇相关文献，帮助大家了解！ 材料方法 材料：水稻（Oryza sativa L.) 两个品种，CR Dhan 202 (AAC，陆稻)，BPT 520...

文章 木薯NBS基因家族分析

虽然我们一直在说可以“用别人的数据，写自己的文章”，但是具体怎么操作，很多同学还是不清楚。今天就用一个完全用公共数据库资源进行分析发文的例子来和大家分享下这方面的思路。 读前准备知识点 1. NBS-LRR是最大...