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文章 如何预测蛋白质保守结构域?-InterPro在线工具使用详解

...!今天我们再给大家介绍一款非常好用的保守结构域预测在线工具,非常适合零基础学员操作,下面我们一起来揭开它的神秘面纱-InterPro。 InterPro简介 InterPro是集成的蛋白质结构域和功能位点数据库,包含关于蛋白质家族、域...

文章 一键显示影响因子与分区

...小编给大家介绍一款可以自动加期刊影响因子和分区的插件(Scholarscope),该插件还具有文献管理功能,让你的文献阅读更加便捷。 Scholarscope的简介 支持哪些浏览器?谷歌浏览器、360浏览器、Edge浏览器、火狐浏览器等均支...

问题 扩增子:真菌ITS分析unite匹配

# 有参考序列,目前unite没有下到最新的参考序列  qiime deblur denoise-other \    --i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \    --i-reference-seqs $dbdir/qiime2/unite_ver9_99_25.07.2023-Q2-2023.7.qza \    --p-trim-length -1 \    --p-sample-stats \    --p-j...

问题 在做基因家族分析时,有三个基因能找到目标结构域,但是基因碱基数太小,与以往文献中提到的碱基数匹配,请问可以删除这三个基因吗

文章 必须收藏!比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

...发一款用于多物种全基因组直系同源基因簇比较和注释的在线工具—OrthoVenn2,非常简单好用! OrthoVenn2简介 OrthoVenn2 是由西南大学生物学研究中心王翊教授开发,较之前版本OrthoVenn v 1.0版本,OrthoVenn2的性能、数据库、分析及结...

文章 基因功能注释数据库DAVID 版本的更新情况

DAVID 是一款比较方便使用的基因功能在线注释网站,能进行一些基因ID的转换,还能够进行GO,KEGG的功能注释和富集分析。 十年前,基因功能注释的软件非常的少,DAVID 非常的流行,为广大科研人员所喜爱。但DAVID却在大家的溺...

文章 在线绘制聚类热图(heatmapper)

...文章中常见的一种分析内容。今天小编就给大家讲解一个在线绘制聚类热图的方法。 我们使用的在线工具网址: http://www.heatmapper.ca/expression/ 打开后的页面是如下所示: 该在线工具有几个优点: 1、支持同的颜色配置; ...

问题 从NCBI上下的序列在进行序列多态性分析和构建系统发育时,是否需要先人工校正?

老师您好,叶绿体基因组分析实操视课程中,有几处地方提到注释后的序列需要人工校正。特别是序列多态性分析一节,老师举例时提到示例用图和原文一样是序列没有校正过。请问在做系统发育树时,下的序列是否也需...

问题 在做基因家族分析时,有几个基因能找到目标结构域,但是基因碱基数太小,与以往文献中提到的碱基数匹配,并且在建进化树时总是出错,请问可以删除这三个基因吗

文章 Perl——正则表达式之贪婪模式和非贪婪模式

使用perl进行正则表达式匹配时,常用两种匹配模式,一种是贪婪匹配,一种是非贪婪匹配。 贪婪匹配(greedy match):尽可能匹配最长的内容。默认匹配为贪婪匹配。 非贪婪匹配:尽可能少地匹配,也叫做懒惰匹配lazy match。在...

文章 基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

...界面如下: IBS的下 IBS可以下到本地使用,也可以在线使用,两者主要差别是下版有35个蛋白样品图和27个核酸样品图,在线版只有20个蛋白样品图和20个核酸样品图。如下图,点击主菜单栏download,IBS已经更新了4个版本...

文章 cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化

1.安装cytoscape: BInGO为cytoscape软件的插件,因此要使用BinGO,应先安装cytoscape。 cytoscape的安装非常简单,由于cytoscape为java软件,安装之前在自己的电脑中提前安装java 的JDK 安装方法见:https://www.omicsclass.com/article/298 之后到cytosc...

文章 awk匹配替换gsub

awk中gsub可以进行匹配替换: gsub(A,B)在$0中利用B替换A gsub(A,B,C)在指定的C中用B替换A 以数据test为例(TAB分隔): ABCD    abcd    HJIKEL  AbDE    SGWA 全部替换 A字符换成DA字符 awk -F "\t" '{gsub("A","DA");print $0}' test 结果...

文章 超快的文件传输软件trzsz

... iTerm2 -- 参考 Trzsz-iTerm2 安装文档。tabby -- 安装 tabby-trzsz 插件即可。electerm -- 升级到 1.19.0 以上的版本即可。ttyd -- 升级到 1.7.3 以上的版本,并且启动时加上 -t enableTrzsz=true,非 localhost 要用 https。trzsz-go -- 只要是支持本地 shell ...

文章 蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

...结构的亚细胞器内。今天我给大家介绍一款鉴定信号肽的在线软件,简单易用。 SignaIP简介 SignaIP是目前应用最广泛信号肽在线预测软件,目前SignaIP目前已经更新到5.0版本过小编太喜欢最新版本的结果展示形式,仍在使...