问题 如何针对没有基因组，只有无参转录组数据，鉴定筛选一个基因的家族成员并进行分析

《基因家族分析》课中老师讲的主要是针对有基因组数据的物种进行了基因家族分析，那么对于没有基因组数据，只有无参转录组数据的植物，想研究一个基因功能，如何鉴定是否有基因家族成员，能否进行解释说明。 我从无...

问题 转录组数据怎样根据差异结果筛选重要候选基因;挑选重要的KEGG通路；是根据自己对材料的认识，或是生理表型结合表达数据，如有方向的猜测？

文章 WGCNA筛选Biomarker

...中的安全性及有效性。基于WGCNA，对疾病相关的基因表达数据构建网络，鉴定关键模块和hub基因，是筛选Biomarker的有效方法，也有助于我们进行后期湿实验验证。 接下来，就给大家讲解一篇过敏性哮喘相关文献，了解其分析思...

问题 蛋白组学差异蛋白的筛选

比较两组不同数据时，每组分别设置了四个生物学重复，那么比较这两组数据的差异蛋白时应该怎么把这些生物学重复的数据归一呢？还是要对其中的每一对生物学重复组分别进行比较？

问题 基因家族分析文章：筛选时为什么选用基因组数据库的编码蛋白，而不是蛋白组数据库？

各位老师，我基因家族分析的文章被审稿人问道：It is not clear to me why authors search protein from the genome, not proteome. Moreover, the authors should underline that their results report the finding of candidate genes encoding protein and not ...

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...文章，此时我们最经济有效的方法就是：分析一下别人的数据，筛选出一些有价值的分子（mRNA，miRNA，lncRNA，circRNA，lncRNA），之后在自己的小样本中验证一下，发篇SCI文章还是轻轻松松的。接下来我们来介绍一篇挖掘GEO,TCGA数据...

问题 我得到转录组分析的wgcna数据需通过cytoscape筛选关键模块的hub基因，边的权重应该设定多少来筛好

文章 LASSO 回归分析原理与R语言实现

 Lasso(Least absolute shrinkage and selection operator)一种数据挖掘方法，可以在模型参数估计的同时实现变量（因素）的选择，较好的解决回归分析中的多重共线性问题，并且能够很好的解释结果。 一、LASSO简要介绍        随着科...

问题 基因家族成员，筛选差异表达基因

老师，您好！一般分析完某个基因家族成员后，对其进行验证，请问公开的转录组测序数据怎么找呢？从转录组数据中怎么找出差异表达基因？

问题 为什么我的WGCNA分析运行到这一步就卡住了，但是显示分析中，WGCNA分析如何筛选数据啊，恳请各位大佬帮帮忙

...帮忙解答一下，还有就是请问一下啊如何筛选计算WGCNA的数据

文章 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因

...于进行癌症的治疗，刚好这里就给大家介绍一篇利用公共数据分析的文献：基于共表达分析鉴定骨肉瘤转移相关基因。 数据来源进行数据挖掘分析的所有数据都来自GEO数据库，数据下载基于两个原则：数据集属于骨肉瘤基因表...

文章 TCGA数据发表5分文章

...其致病机理非常的复杂，目前大量研究是从大规模的病例数据中找一些跟治疗，生存预后相关的biomarker。我们曾介绍了一个癌症相关的数据库TCGA，其中含有33多种癌症，11000多个病例，包含多组学数据和临床数据。今天就跟大家...

问题 GEO基因差异分析中，数据提取后，进行组间筛选差异基因时，进行上调下调后，为什么没有上调下调基因，都是normal呢？

文章 胃癌预后signature数据挖掘-自噬基因

...t (IF: 3.258; Q1). 2021 Feb22;12:615834. doi:10.3389/fgene.2021.615834. 数据来源： TCGA数据库：375个胃癌病人基因表达数据和临床数据，包括表型数据，生存数据，年龄，性别，肿瘤大小，TNM分期等。去除OS 时间少于30天的样本，最终339个样...

问题 想请教下，就是我测了种子五个不同发育时期的转录组，想通过转录组数据中的表达量筛选出几个候选内参基因，用什么条件筛选呢？

我是通过所有基因FPKM值得文件进行筛选的，目前知道的是①CV小于0.15，②两个时期比对log2（fold change）绝对值小于0.2，筛选出了四百多个基因，还有什么条件可以筛选呢？比如FPKM值介于多少比较好？