如何针对没有基因组,只有无参转录组数据,鉴定筛选一个基因的家族成员并进行分析

《基因家族分析》课中老师讲的主要是针对有基因组数据的物种进行了基因家族分析,那么对于没有基因组数据,只有无参转录组数据的植物,想研究一个基因功能,如何鉴定是否有基因家族成员,能否进行解释说明。

我从无参转录组中获得了一个基因,想研究这个基因功能,首先想明确这个基因是否有家族成员,怎么能够基于转录组数据找出这个基因的家族成员,是否能够像课中讲的进行共线性,染色体等分析,听了课后感觉老师讲的基本都是有基因组数据的分析,能够从数据库中直接下载到相应的数据,并没有提及无参的基因家族分析。


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

没有基因组,不知道基因在哪个染色体,无法分析共线性,染色体分析;

单个基因分析可以用NCBI的CDD:https://www.omicsclass.com/article/310

有蛋白质序列就可以按照课程来分析;无参的关于染色体的分析都无法分析;

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  • YP MA 提出于 2019-09-13 20:04

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