文章 BWA比对及Samtools提取mapped reads

...能比对到参考序列的reads，形成新的fastq文件 使用软件：BWA，Samtools 一、构建索引 bwa index ref.fasta可选参数:-p 索引文件前缀名-a bwtsw :参考基因组大于2G的时候添加该参数 生成的索引文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、...

问题 环状RNA分析中，在比对时为什么采用BWA比对方法，而不是采用Bowtie？

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...

文章 BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI_CGG_GTA" 相同行出现非paired reads情况，导致比对出错 问题解决：采用bbmap进行f...

问题 使用Bwa mem命令时，使用-M和不适用时候，对后续数据分析有影响？是否需要加-M？

问题 我下载了你们课程里的linux，可以用自己的电脑进行bwa基因组比对嘛？自己的电脑可以完成不，

问题 重测序BWA比对率低

老师您好，请问做BWA比对时与参考基因组的比对率很低，已经确定过与参考基因组为同一物种，是因为污染太严重吗，这样会对后续分析有影响吗？ 38280780 + 0 primary 616640 + 0 secondary 0 + 0 supplementary 4716288 + 0 duplicates 4716288 + 0 pr...

问题 老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe进行比对，这里问什么不运用mem这个功能进行比对呢

问题 用bwa 进行比对时，用的是重测序的去了接头的clean data 吧，只需要参考基因组的全基因序列吧，不需要gff注释 文件之类的吧！

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

...e index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13g1.txt、sample.clean.counts_GATC.13g2.txt、sample.clean.counts_GATC.13g3.txt，然后就中断，没有继...

问题 老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

问题 基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

...和文件路径都省略了： #!/bin/bash conda activate mapping ls ${bwadir}/*.sorted.dedup.bam | while read id do   name=${id##*/}   name=${name%%.*}   #1.比对率分析   $samtools flagstat ${bwadir}/${name}.sorted.dedup.bam > ${bwa_qcdir}/${name}.map.stat.txt   #2.片段inner ...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 纠错软件-HECIL

...件和脚本具有可执行权限，这一点非常的重要。 chmod +x bwa samtools Align_Corr.sh 如果遇到samtools, bwa 依赖那个包，需要自己去安装相应的包,比如我在运行bwa 过程中，就需要依赖“/lib64/libc.so.6” 这个，解决方案就是自己从新下载...

问题 关于annover建库问题

...ne. Elapsed time: 0.04 minutes. Runtime.totalMemory()=536870912 RNN CMD: bwa index pearref.fa [bwa_index] Pack FASTA... 4.67 sec [bwa_index] Construct BWT for the packed sequence... [BWTIncCreate] textLength=1001242816, availableWord=82451092 [BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 100...

问题 重测序比对

老师好，想问下用华大平台测的二代数据，用bwa mem比对到参考基因组上时，-R参数里的tPL后面该写什么？