问题 基因家族第14课时，基因家族加倍与复制中分析的问题

...的基因确实没有加倍与复制，还是输入的crk_family.txt文件格式有问题（确实是制表符分隔的）？ 详情见图

文章 TCGA差异表达分析结果，构建ceRNA调控网络

...是ceRNA调控网络。 所谓的ceRNA（Competing endogenous RNA）就是细胞内源性的竞争miRNA靶位点的一类RNA，这些RNA 包括：编码蛋白的mRNA, 长链非编码RNA，circRNA 等 那么如何预测miRNA 的靶位点呢： 1. miRNA 靶向 编码蛋白的mRNA  这个可以采...

问题 老师我想问一下我没有以下这种情况，就是比如说鉴定的马铃薯基因在马铃薯数据库中有，但是在ncbi中没有找到它的序列，这种情况应该怎么做呢，因为要做基因定量的话只有在ncbi中可以看到它的CDS区

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...ds文件，以及绘图的布局文件(layout文件)。 前两种文件的格式想必大家已经十分熟悉了（物种CDS 和GFF文件准备，以及利用python版mcscan工具做物种间的比较分析，组学大讲堂基因家族视频课程中有介绍）。 3. 绘图代码流程 首先...

问题 使用monocle2进行轨迹分析报错

使用单细胞转录组学课程中的代码使用monocle2进行轨迹分析报错，之前使用镜像3.0的时候没有问题，自从换成4.0后就出现了以下问题。 这是我的代码：Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \  -g my...

文章 Evolview：进化树设置标签的颜色

... data for coloring leaf labels，填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列：location，color，commands，由制表符分隔。第三列可有可无。l  第一列：可以是一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点,表示连续的范围l  第...

问题 使用monocle3进行轨迹分析报错

使用单细胞转录组学课程中的代码使用monocle3进行轨迹分析报错，之前使用镜像3.0的时候没有问题，自从换成4.0后就出现了以下问题。 这是我的代码：Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \   --u...

问题 关于基因组功能注释脚本（interproscan.sh -i interproscan.pep.fa \ -b interproscan.out -f "TSV" \ -cpu 10 -dp -t p -pa -goterms -iprlookup \ -T ./tmp ）运行不成功，总是停留在84% completed，没有报错，请问要怎么解决？

再次进入容器时是卡主的。log中每小时更新一条信息，均为84% completed，tmp文件夹中不再更新文件。独享服务器（内存300G，28线程），设置了cpu=10，线程数=10

问题 老师好，我在使用samtools进行染色体长度获取时出现了这种报错。此物种的gff3文件没有具体的染色体长度注释，以及使用基因组染色体的fasta文件进行统计的话数据很多，工作量很大，麻烦老师帮忙看看怎么解决这个问题。谢谢老师！

问题 老师，在生成gbcf文件后，发现只运行了前三个染色体的，是我的代码有问题嘛？该怎么解决啊？参考基因组的fasta，fai文件都是好的，前期生成的bam文件也是好的，样品是四倍体，参考基因组是异源四倍体

问题 GWAS表型如何表示

请教，做GWAS关联颜色性状，应该怎么表示这个颜色才好，其他的性状都是量化具体的数值，颜色这个不知道该怎么表示才好

文章 bioperl读写fasta/fastq压缩文件

bioperl读写gz压缩格式的fasta/fastq文件方法如下： 输入文件句柄： fastq文件 open my $FQ ,"zcat infile.fq.gz|" or die "$!"; my$fq=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ,-format=>'fastq'); fasta文件 open my $FA ,"zcat infile.fa.gz|" or die "$!"; my$fa=Bio::SeqIO->new(-f...

问题 求助大佬，想做基因家族分析，目标物种在网上只有三个组装的基因组，JGI上和NCBI其中一个都没有组装到染色体层面，NCBI另一个组装到染色体了，但是没有gff文件和蛋白序列，这种情况应该怎么办？不能做与染色体位置有关的分析了吗？

问题 染色体注释的圈图，共线性分析，怎样设置不同染色体共线部分的颜色，例如把chr1和chr2共线部分设置成红色，chr2和chr3共线部分设置为绿色，chr3和chr4共线部分设置成紫色，应该怎么改配置文件呢？

问题 老师好，基因家族聚类结果怎么统计每个物种这两种情况的基因数量啊，multi_ortholog:该家族在所有物种均存在，且至少在1个物种中的成员数大于等于2个；other_ortholog:该家族在至少两个物种中存在，且至少在一个物种不存在；