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文章 2020国自然热点预测：2019最火的7大方向解读！

...国自然经费有限，如果前期没有宏基因组、代谢组等组学数据作为基础，菌群研究还是比较难以中标的， 所以现在很多申请者转向对菌群生态系统中某一个功能菌种的研究，并取得不错的资助率。 随着肠道菌群等研究深入，...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...羊的瘤胃,回肠,盲肠3个部位的肠道内容物取样 02.生理数据和代谢物分布的结果 研究深入分析两组样本的平均日增重,发现FF饲料组的平均日增重显著高于SF饲料组,表明FF饲料更有利于山羊的生长。而且消化率结果显示FF饲料能...

文章 linux 硬盘分区 格式化 挂载

...用的，它只是做为逻辑分区的容器存在的；我们真正存放数据的是主分区和逻辑分区，大量数据都放在逻辑分区中 这是采用MBR分区方案的硬盘分区示意图（一块硬盘 ），关于主分区、扩展分区与逻辑分区的各自含义，后面...

文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

...同纤维来源和数量的12种食品后的粪便宏基因组和代谢组数据，发现某些微生物物种和代谢物（如短链脂肪酸、酰甘油、膳食纤维结合糖和多酚）与特定纤维来源的摄入量密切相关。研究表明，微生物群落的个体差异和整体生态...

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用，而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新，导致注释关系不明确的问题，该怎么解决

...下步骤时，会有warning提示，gff和fasta都是非模式物种ncbi数据库染色体水平的组装，ga_protein_coding.gff3文件正常生成了，请问warning对结果有影响吗，应该如何解决？谢谢！ agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute gene_bi...

文章 华为敏捷项目管理实践分享

...的商业环境瞬息万变，移动、社交、物联网、云计算、大数据、AI等蓬勃发展。新技术突飞猛进的同时，新业务形态越来越复杂、需求变化越来越快、软件规模越来越大、交付周期越来越短、开发和维护成本越来越高，产品交付...

问题 使用xpclr分析出现TypeError: ufunc 'true_divide' not supported for the input types'

...所规定不能使用虚拟机）。在使用课程提供的黄瓜重测序数据进行xpclr分析的时候出现了这样的报错： 2022-06-24 16:17:24 : INFO : running xpclr v1.1.2 2022-06-24 16:17:24 : INFO : Loading VCF /public/home/weijiehong/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/allel/...

文章 蛋白质比对结果快速分类taxid

nr数据库在分类的时候有一个文件,即accession2taxid用来把accession number分类到taxid 但是由于和这个文件极大,直接比对速度相当慢,就写了以下两个脚本 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include <unistd.h> #i...

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

...无根物种树、有根物种树，基因重复事件以及相关的统计数据。 1. Orthogroups 文件夹 Orthogroups.tsv、Orthogroups.txt：记录了 MCL 中 成功聚类（直系同源组中基因数 >= 2）的每个 Orthogroup 所包含的基因。 Orthogroups_UnassignedGenes.tsv：...

文章 遗传进化英文方法参考

...threshold was set as 1/n (n, total SNP number).     基因组重测序数据分析视频课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ或者扫码二维码：     Reference [1] Li H, Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics.2009; 25(14)...

文章 tensorQTL ：最高效的QTL 分析工具

...联。通常，对于顺式 xQTL 分析，一个基因或其他的基因型数据可能有数千个变异需要测试。反式 xQTL 分析则更复杂, MatrixeQTL 为 eQTL 识别创建计算负担较小的分析。与其他 QTL 分析工具相比，Matrix eQTL 的分析速度要快几个数量级...

文章 R 语言赋值运算符区别：`

...正如上文所说，如果不是有人会这么无聊在R 语言里进行数据分析时用 <-弄个这么坑爹的函数参数，这个赋值号的意义本身是很清晰的。<- 长得像箭头，实质上也是个箭头，如果觉得从右向左赋值让你觉得不爽的话，用 -&g...

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...lot 考虑群体结构以改善GWAS定位结果。五条竖虚线是模拟数据中预设的causative 位点，每个位点能解释最高10%的表型变异。a、一般线性模型结果；b、混合线性模型结果。前者假阳性较多，后者效果要好一些，但是同样存在一个假...

问题 Blast2go本地化过程中，运行官方文件b2g4pipe_v2.5.zip中“runPipeExample.sh“报错“The host did not accept the connection within timeout of 60000 ms;”

....shenwei.me/local-blast2go-installation/”对blast2go本地化过程中，数据库已经完整导入，然而运行官方软件“sh runPipeExample.sh”时报错“The host did not accept the connection within timeout of 60000 ms;”，请问如何解决，希望详细点。 Prepare data for GoS...

文章 UbuntuLinux系统环境变量配置

...用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、