问题 dadi 分析

θ = 17446.42     nu1=0.0855   nu2= 0.0833   m12= 10.5131   m21= 5.9871   T= 0.0933          根据这个模型我计算出来了这些参数，物种是山羊， 我想知道这个T是不是指的基因交流时间？怎么计算出这个时间，还需要哪些参数？另外，n...

问题 老师您好，我现在正在做500人样本的宏基因组分析，将其分成三组，目的是为了找出三组之间的差异性菌群及菌群功能分析，现在遇到了一些问题，详情如下，我已经完成了宏基因组分析的绝大部分流程，物种丰度也完成了，现在已经用salmon识别了基因，得到了基因丰度，接下来的一步就是要比对基因名称和功能，请问具体怎么执行操作，我不是很懂，谢谢老师

问题 TCGA生存分析课程risk socore问题

请问按照课程中的代码来，要怎么导出示范论文里的这个公式？或者是说找出随便一个基因来根据表达量计算它的风险值？

问题 WGCNA分析中，灰色模块基因数若过多是说明划分模块有问题么？

我有100多个样品，选择5万左右的基因进行WGCNA分析，软阈值选择后符合R平方大于0.8，采用blockwise方法划分模块，但是最后发现有近一半的基因属于灰色模块。这正常么？能说明什么问题

问题 微生物16S分析时候，两端测序数据拼接

...下4000多了，想问下是什么原因造成的？还能用于后续的分析吗？

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 融合基因的分析

Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq 3)  中融合基因的分析，可以采用Cupcake 中的“fusion_finder.py” 这个脚本来分析。 fusion_finder.py --input hq_isoforms.fastq --fq -s hq_isoforms.fastq.sorted.sam -o lq_isoforms.fasta.fusion --cluster_report_csv cluster_report.csv 参...

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

老师您好。我的泛基因组为15个品系基因组构成，参考基因组为JG。为啥我WRKY_gene_fpkm.filter.xls的结果缺少SD和RA品系的呢？

问题 各位老师好，请问无参转录组（没参考基因组）做基因家族分析能发SCI么？

...考基因组，但是近缘物种有。自己做了种子的无参转录组分析，发现了一个属于基因家族的hub gene，想做做基因家族分析，然后加点下游实验发篇小SCI，影响因子、分区无要求，是SCI就行。请问能发么？需要加哪些实验呢？还有...

文章 多基因组基因水平共线性分析

...间共线性及局部基因水平的共线性  和  基因组间共线性分析  里讲了MCscan如何做基因组共线性分析，这里再说说多基因组基因水平的共线性分析。 方法是两两基因组做共线性分析。还是以桃子，葡萄和可可为例，方法如下: ...

文章 超长染色体的转录组分析注意要点

不同物种进行转录组分析的时候流程大致相同，但是当我们做的物种有一个庞大的基因组，那么流程中有一些参数需要进行修改： 1. Markdup和SplitNTrim的时候不要生成bai的索引，主要是 Markdup的时候不要使用参数“-CREATE_INDEX true”...

问题 基因家族分析：基因与mRNA的对应关系，出现如下错误

运行命令时出现如下错误： GFF文件：

问题 群体遗传分析过程中无法构建进化树

过程中supergene.phy和fasttree.nwk都可以生成，但利用ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree构建进化树就开始报错，邱老师解答：

问题 进化树+motif+基因结构采用之前课程中介绍的TBtools把三者合成一个图的时候，基因名字重叠（分析用的序列数154条），看不清，图中字体大小无法批量修改！PS:输入少量序列进行分析，物种基因名字不会重叠，能看清这种情况怎么处理呢？

问题 老师，您好，按照视频学习完基因家族分析这部分之后，您给的脚本上还包括一些结合转录组分析家族成员表达量的内容，请问一下，我没有测序，但是我想继续把这部分做完，有没有接着这部分的学习视频，谢谢。

问题 老师您好，我这边在处理扩增子数据分析时，进行OTU分析时不论用哪种方法都会报错“ERROR RAISED DURING STEP:Assign taxonomy” segmentation fault，用您那边提供的样本数据也是有这个报错，请问怎么解决呀！