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文章 已知集合交集数量绘制韦恩图

...有其独特的优势和适用场景，但是其中很多包在处理大量数据的时候都存在一个显著的问题，那就是出图的速度很慢，主要原因是R包计算交集的时间复杂度高：对于 n 个集合，如果每个集合有 m 个元素，算法需要遍历所有元素...

文章 当了项目经理,你才知道的10件事！

...被领导批评，那个尴尬。项目经理对于问题的所有信息和数据要收集完整，熟知问题发生的前因后果，从全局看问题。只反馈问题，一问三不知，那是基层员工才干的活。 8、当了项目经理，你才知道，项目经理很难。 要向老...

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

使用说明： 输入生存数据与基因表达量可以做批量单因素cox回归分析 $ Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r --husage:  univariate_cox_batch.r [-h] -m metadata -g                                                         expset [-t time]    ...

文章 怎么得到基因组之间的结构变异结果？​

...来深入探讨泛基因组分析中结构变异的完整分析流程。 数据准备与标准化 在进行比较之前，确保所有基因组的染色体命名一致： # 使用sed统一染色体命名sed 's/>chr/>Chr/g' genome1.fa > genome1_standard.fa 注意事项：确保比较的...

文章 SNP2CAPS使用

...hr5D:9950377.fa_1为SNP两端各150bp的序列；link_gcg限制性内切酶数据库；之后为分析用到的限制性内切酶列表 ；chr5D:9950377.txt为输出文件 chr5D:9950377.fa_1示例： >chr5D:9950377_Ref ACAACTTTATCTCGTATTTCATAGCAGTAGCCAACCAATCTTATGATATTTTGATGTTGGGCCCTCATAAGATTC...

文章 绘制类似于箱线图的散点图

...pec) }if ( is.null(opt$name) ){ opt$name = "Co-occurrence_network" }#读入数据point1 <- read.table(opt$input1,sep="\t",header = TRUE,comment.char = "")point2 <- read.table(opt$input2,sep="\t",header = TRUE,comment.char = "")#分别取中位数median1 = median(point1$log2FC, na.rm = FALSE)me...

文章 2019年国自然结果分析，生命科学领域难度又又又增加了吗？

... 当然，很多同志们还是跪了。。 一起来看看今年的总数据分析： 今年全国共有1400多家单位申报的项目获得立项，立项总数超42000项， 不过绝大多数单位获批项目数少于50项。 上海交通大学依然高居第一! 不得不说，上海...

文章 华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析

示例数据： https://en.stomics.tech/col1241/index.html 0.SAW流程： saw count \    --id=Demo_Mouse_Brain \    --sn=C04042E3 \    --output ./ \    --omics=transcriptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --chip-mask=./C04...

文章 生物专业由冷转热？你还敢选生物专业吗？

... 各国政府都在大力支持生物行业，科技设备的发展、大数据的合理应用更加推进了生物行业的稳健发展。 生物行业的前景还真是印证了那句话：21世纪是生物的世纪。 那么，生物专业的就业怎么就那么差? 想当年，学霸姐...

文章 博士生存现状：被延期、被退学、抑郁自杀、Science“官方劝退”

...疑人生学业的压力，让很多博士被“延期毕业”，之前有数据统计，博士被延毕的十之八九，粗略可见端倪，另外，这周还有一个新闻就是：某博士在顶会召开前9天，终结了自己的生命。都中了顶会，反而还做出了这种选择，...

文章 泛基因组可视化

...个工具是一个网页工具，默认端口是3000；先把要展示的数据文件链接到他的安装目录中的exampleData中，再启动服务就可以可视化查看感兴趣的位点了：# 链接文件过去到这个文件夹： cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap/exam...

文章 2019国家杰青名单公布，北大最多！透露的信息还有......

...科研机构， 而对于没有“师出名门”的平台，还是看看数据就好。。。 所谓“僧多肉少”就是这个意思。 2019国自然杰青名单分析：北大最多，中科院系统抢眼 从公布的名单来看，主要透露以下信息： 1，高校中，北京大学...

问题 基因家族分析时用大豆gff文件报错 killed

老师您好，我在进行大豆基因家族鉴定时，数据准备过程中想要进行“保留蛋白编码基因”出现报错“=> Version of the Bioperl GFF parser selected by AGAT: 3 gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        bi...

文章 读博的目的，就是为了进高校当老师？真相是——

...。 大学老师的收入高吗? 学霸姐姐在网上也看了一些数据， 一个985/211的博士生刚工作，如果是在一个普通高校当讲师，大概年薪在8-15W之间， 有少量的安家费和科研启动资金，不会很高， 压力还特别大，为了评上副教授...

文章 探讨敏捷开发在软件开发中的应用

...搞定后，再进行概要设计（UE设计、UI设计、交互设计、数据库设计、框架设计），概要设计完成后再进行详细设计……这样一个周期下来，耗费太长，当进度进入下一阶段，当上一阶段有问题时，会影响到整个项目流程的各个...