文章 从gff文件当中提取对应转录本ID的基因结构信息用于GSDS绘制结构图脚本更新

...get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_emoved_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.gff3 -out gene_exon_info.gff 输出结果（部分）： 脚本源代码： use Getopt::Long; my %opts; use Data::Dumper; GetOptions( \%opts, "in1=s", "in2=s", "out=s", "h" ); if ( !d...

问题 老师，有没有什么能够做基因置换相关工作的软件

文章 Python 操作 读取 写出 Excel 文件 提高工作效率

常用工具 数据处理是 Python 的一大应用场景，而 Excel 又是当前最流行的数据处理软件。因此用 Python 进行数据处理时，很容易会和 Excel 打起交道。得益于前人的辛勤劳作，Python 处理 Excel 已有很多现成的轮子，比如 xlrd & xlwt ...

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/>([^ ]*)/>${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa > $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_resul...

文章 python特殊属性和方法的详解与运用

...lass1().__dict__ # 对象字典，存储所有实例成员信息。 {'i': 1234} 接下来是保留方法，可以把保留方法分类： 类的基础方法 初始化一个实例x = MyClass()x.__init__()字符串的“官方”表现形式repr(x)x.__repr__()字符串的“非正式”值str(x)x._...

文章 转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

...1000倍，因此我们安装rMATS turbo。 安装依赖：Python (either 2.7 or 3.6),BLAS,LAPACK,GNU Scientific Library,GCC,gfortran,CMake等。保证以上依赖均存在的情况下就可以进行安装了。其实安装好conda，这些基础的包均已包括了。 conda create -n my_rmats_env...

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...章都离不开图表，尤其是图，漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分。因此熟悉一些绘图软件，并将图在文章和PPT中展示出来，是科研训练的重要内容。 graphpad prism是一款集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体的超级好用...

问题 测序文件中提取基因序列

从公共数据库中的下载的二代基因组测序文件（双端测序：.fastq_1，.fastq_2文件），下载后多个样本后，如何从这些测序文件中提取特定某个基因序列信息进行后续分析特异性分析。

文章 Perl脚本报错解析：annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

...程如下： 1.1. 从gff得到gtf gffread gff3文件 -T -o gtf文件 1.2. 构建注释库，前缀保持一致 # 用 gtfToGenePred 工具将 GTF file 转换 GenePred filegtfToGenePred -genePredExt gtf文件 库前缀_refGene.txt# 用retrieve_seq_from_fasta.pl生成 transcript FASTA fileretrieve_...

文章 pheatmap绘制热图详解

...”, “average”, “mcquitty”, “median”, “centroid”, “ward.D2”clustering_callback回调函数来修改聚类cutree_rows基于层次聚类（使用cutree）划分行的簇数（如果未聚集行，则忽略参数）cutree_cols基于层次聚类（使用cutree）划分列的簇数（...

问题 运行mcmctree报错2.0

...么结果运行cafe5吗 —————————— 11.time_tree_BV_2.sh.o 日志文件显示如下 ————————————  mcmctree mcmctree1.ctl >run1.o 日志文件显示如下： PAML 软件中的 MCMCTREE 工具， finetune 参数现在已经被废弃了。 ———...

文章 Scanpy数据结构：AnnData

...数据和元信息 AnnData object with n_obs × n_vars = 6050 × 32285 obs: 'in_tissue', 'array_row', 'array_col', 'gender', 'age', 'tissue', 'Strain', 'n_genes_by_counts', 'log1p_n_genes_by_counts', 'total_counts', 'log1p_total_counts', 'pct_counts_in_top_50_genes', 'pct_counts_in_to...

问题 在容器中设置工作路径始终显示找不到内容，调整好多次了，还是不行

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...用 ANNOVAR（http://www.openbioinformatics.org/annovar/）（Wang K et al.2010）软件对 SNP 进行注释，其中包括 dbSNP 数据库、千人基因组计划和其他已有的数据库的注释信息，注释内容涵盖变异的位置信息，类型，保守型预测等。 注释之后会得...

文章 GWAS cFDR 多效基因分析

library(dplyr)library(ggplot2)library(RColorBrewer)#library(GWAScFDR) #library(condFDR)library(cfdr)mycol=c(brewer.pal(7,"Set2"),rev(brewer.pal(8,"Set1")),brewer.pal(8,"Set3"),brewer.pal(12,"Paired"),brewer.pal(8,"Dark2"),brewer.pal(7,"Accent"))stratifiedQQplot = function(p1,p2,             ...