文章 火山图--ggplot2

ggplot2包绘制火山图加载R包以及案例数据temp1 library('ggplot2') head(temp1,10)       -log10FDR      logFC Regulate64170   1.971938 -2.2884388     Down6674    1.864104 -1.2460804     Down7401    1.864104  1.2950939       Up57217   1.864...

文章 加权基因共表达网络（WGCNA）寻找与疾病相关的hub基因

...表型之间的关联，以及网络中的核心基因。适用于复杂的数据模式，推荐15个样品以上的数据。现在测序价格越来越便宜，得到15个样品数据的成本很低，如果再结合样品性状数据进行模块基因与表型的关联分析，一定能给你的...

文章 SCI文章绘图及数据统计暑期班

...后来又开发Bioconductor包，专门用来收录与高通量测序生物数据分析相关包的数据库。目前Bioconductor已经收录了大量的生物数据分析相关的包，包括做转录组差异分析的常用包DEseq2，edgeR，芯片数据分析相关的limma、affy包等等，目...

文章 TCGA数据库中临床样品编号详解（Barcode）

接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA barcode的7个编码信息，每个编码信息用横杠-隔开，如下所示： 第一次分析TCGA数据看着这么长的样品编号感觉很是难以理解(例如：TCGA-3M-AB46-01A-11D-A410-08,TCGA-3M-AB47-01A-22D-A410-08,TCGA-...

问题 GO分析结果的如何挑选有用信息

在转录组数据解读的时候，差异基因是通过采用不同的参考基因组进行分析的，最终选择了差异较大的17个基因（不同基因组均有涉及的）进行验证，那GO分析的时候是利用差异基因进行分析，如果采用不同的参考基因组，GO的结...

文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site（TSS）

... 2G Erasmus MC Testicular Germ Cell Tumors NCH 延伸阅读 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析文献精读-TCGA数据挖掘生...

文章 筛选编码蛋白的CDS序列

#!python# coding:utf-8'''##############################################################################################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2021.01.26#version 1.2#学习python课程推荐：#python 入门到精通(生物信息):#https://bdtcd.xetslk.com/s/2bdd89##...

文章 叶绿体基因做跨物种系统发育分析

...发育分析。 于已测序的物种，我们可以直接下载基因组数据；而没有测序的物种就需要转录组分析数据了。通常是多个物种一起进行分析的。以转录组数据为例，其步骤如下： 首先是选择用于分析的基因，可以用到的叶绿体...

问题 无参三代转录组怎么定位到二代转录组中的同一个基因？？

因为所做的物种没有基因组，我们做了三代转录组和二代转录组，但是在筛选基因的时候，二代转录组中的基因号和三代中的基因号是不同的，我要用什么手段把两个数据中的基因匹配呢？希望各位大神指教，感激不尽！！！

问题 WGCNA-MAD

...ting is important, do not omit. options(stringsAsFactors = FALSE) #读取数据，删除第一列GeneSymbol datExpr = read.table(expr_file,header=T,row.names=1,comment.char = "",check.names=F) datExpr = datExpr[,-1] # Take a quick look at what is in the data set dim(datExpr) #################...

文章 转录组文章怎么写能发2区文章？

...测序已经逐步成为分子生物学实验的标配，每年有大量的数据产出，这也导致了转录组测序分析的文章越来越难以发表。 今天小编就给大家带来一篇今年10月份见刊的转录组文章，该文章发表在BMC Plant Biology上，影响因子3.93，...

问题 串联重复基因

老师您好，按照课程筛选串联重复基因，我找到了6对，然后绘制了circos图如下，但是发现我的这些结果应该都不是串联重复的呀，是我筛选错了么？这6对基因中的每一对相似性都在95%以上并且都是相同基因，这应该是同源基因...

问题 GEO差异基因分析分组问题

老师您好，请问我在进行GEO差异基因筛选时，芯片的对照组只有2组，而实验组有50组，这样分组筛选出来的差异基因合理吗？

问题 GEO差异基因分析分组问题

老师您好，请问我在进行GEO差异基因筛选时，芯片的对照组只有2组，而实验组有50组，这样分组筛选出来的差异基因合理吗？

问题 您这里的课程筛选串联重复基因的标准是参照这篇文献的extent of gene duplication in the genomes of Drosophila,nematode ,and yeast(2002). Mol Biol Evol。 这篇文献是用的果蝇，线虫，和酵母菌的，可我做的是植物，我还可以用这种方法吗