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文章 拿到转录组分析结果后还应该干点什么？

...表格提取信息，使用Excel自带的vlookup函数即可实现。 2. 根据基因集的表达量信息绘制热图，如果交给公司可能会花3-5天去排队，实际自己只要几分钟就能搞定了。 3. 制作各个样品或者多个比较组之间的韦恩图（venn图），...

文章 给进化树标定化石时间

...之后的时间，都是160百万年，这里还给了个范围，就是142.1-163.5百万年，自己标定的话在这个时间范围内都可以 ② 黑点表示的是前人的研究，大部分人的研究都集中在120百万年到213百万年之间 ③ 表示的是地质年代，有白垩纪...

文章 给一个fastq ID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件：

perl get_fq_by_id.pl <id><fq1><fq2><OUT1><OUT2> 给一个fastqID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件： die "perl $0 <id><fq1><fq2><OUT1><OUT2>" unless(@ARGV==5);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[1] |" or ...

问题 gatk报错：java.lang.IllegalStateException: Read position too high for BAI bin indexing.

50b aligned to Chr1A:536904672-536904820.         at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:140)         at htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.close(SAMFileWriterImpl.java:210)         at htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter.synchronouslyClose(AsyncSAMFileWriter....

文章 文章问题撰写及发布审核要求

...者定位错误。 文章撰写： 1、与生物科研相关的文章。2、与发布分类定位一致、相对应的文章。3、文章中无站外链、电话、网址等广告性质内容，包括文章图片。4、重复性文章不予以审核通过，包括直接拷贝本站或者其他网...

文章 44家机构联合破解巨型鱿鱼基因组！

...了，应该是下面这种： 据记载巨型鱿鱼平均体长在10-12米之间，最长可达20米！不过至今人类仍未捕获到活的巨型鱿鱼，我们对它的了解基本来自偶然冲上海滩的尸体或者商业捕捞打捞上来的尸体。我们对这种巨型头足类生物...

文章 做基因定位？大家可能忽略了这个最熟悉的技术

...CNS了。除了重测序，各路简化基因组技术GBS、RAD、dd-RAD、2b-RAD、SLAF等等都在基因定位领域各显神通。而作为测序界应用最广的转录组在这里反而默默无闻，其实转录组在无参考基因组物种、定位特殊性状的情况下也有自己的优...

问题 老师您好，我在用MEGA构建完系统进化树后，树的下方有一大片空白，选中某一分支的绿色选中框也偏下，不在分支本身，卸载了又重装，重新分析建树依旧是这种情况，想请教一下老师有没有遇到过这种情况，谢谢！

...边是我截出的图片： 1.首先新建的树下方有很大空白； 2.我想要选中图中红色圈标记的分支，但是选不中； 3.在下方空白部分盲找，才能点出上图中的分支绿色选中框，也能对其进行操作。 4.我把进化树发给和我相同电脑...

文章 网站编辑器代码块 高亮显示使用技巧：

...独一行，前后各空一行，以免造成代码高亮显示错误； 2.在代码中已经添加代码高亮后，代码需要空行时可用 shift+enter键添加空行，而直接enter代码块会断裂； 如下是空行后，完美显示： use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;$in...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

...ame=$expArr[$i]; $singleName=~s/\"//g; if($i==0) { push(@sampleName,"ID_REF"); } else { my @singleArr=split(/\_|\./,$singleName); push(@sampleName,$singleArr[0]); } } } else { my @expArr=split(/\t/,$exp);if($samp1e[4]>$p1){next;} for(my $i=0;$i<=$#sampleName;$i++) { $expArr[$...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

...$singleName=$expArr[$i];$singleName=~s/\"//g;if($i==0){push(@sampleName,"ID_REF");}else{my @singleArr=split(/\_|\./,$singleName);push(@sampleName,$singleArr[0]);}}}else{my @expArr=split(/\t/,$exp);if($samp1e[4]>$p1){next;}for(my $i=0;$i<=$#sampleName;$i++){$expArr[$i]=~s/\"//g;if($samp1e[5]>...

文章 使用peer根据表达量数据推断隐藏因子

...f sample size (N): 15 factors for N < 15030 factors for 150 ≤ N < 25045 factors for 250 ≤ N < 35060 factors for N ≥ 350 根据文章的提示，使用的是peer这个工具： peer有两个版本，python和R，我们这里使用R包封装的peer： 需要说明，peer包是基于...

文章 单细胞转录组-infer CNV拷贝数变异分析介绍

...上角的图例 首先关于左上角的图例：（0，0.5，1，1.5，2）分别表示相对于Normal细胞的染色体区域基因表达量的倍数，红色表示该区域基因拷贝数相对增多，蓝色表示该区域基因拷贝数相对减少。柱子的长度表示对应区域的多少...

文章 feature 重要性排序棒棒糖图

...，请取消下面两行的注释并运行安装# install.packages("ggplot2")# install.packages("dplyr")# install.packages("data.table")  # 用于 fread# ================== 2. 加载所需库 ==================library(ggplot2)library(dplyr)library(data.table)  # 使用 fread 读取表格# ========...

文章 RagTag：同源锚定延伸

...          scaffold merging          file utilities:      agp2fa          build a FASTA file from an AGP file      agpcheck        check for valid AGP file format      asmstats        assembly statistics      splitasm        split an assembly at gaps      de...