找到约 15 条结果

文章 R 包安装报错:configure: error: gdal-config not found or not executable.

...("adegenet") : installation of package ‘sf’ had non-zero exit status 2: In install.packages("adegenet") : installation of package ‘spdep’ had non-zero exit status 3: In install.packages("adegenet") : installation of package ‘adegenet’ had non-zero exit status 缺少必要的包...

文章 TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析

...     1. 从TCGA下载直肠癌的基因,miRNA表达数据     2. 分别针对基因,miRNA进行表达差异分析     3. 分别针对基因和miRNA进行共表达网络(WGCNA)分析,获得聚类模块,并与病理分期这一性状相关联     4. 选择模块中的Hub Ge...

文章 常见的植物数据库(更新-Ing)

1、NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2、Uniprot:https://www.uniprot.org/ 3、KEGG:https://www.kegg.jp/ 4、InterPro:https://www.ebi.ac.uk/interpro/ 5、DDBJ:https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html 6、 Phytozome :https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html# 7、http://plants.ensembl.o...

文章 常用的抗体亲和力成熟技术有哪些?

...换,以尽量避免链替换后抗体结合特异性发生变化。   2、抗体库技术与单、多抗技术相比,有何优劣? 答:优势:抗体库技术筛选范围大、实验周期短、操作简单、不许进行免疫操作、可应用于大规模生产劣势:亲和力弱,...

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

..._type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ,执行此代码后报错:Warning: When testing 20 versus all: every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means Warning: When testing 21 versus all: every gene cont...

文章 37门付费精品课程免费送!(此链接微信中打开体验更好)

...看体验更佳;登录账号后点击“我的已购”查看课程; 2. 购买或者观看遇到问题,可以加微信“532812110”联系我们。 年末双12学习盛典来了!12月11日至1222日期间,组学大讲堂生信课程最低可享7.4折优惠! 扫描下方二维码...

文章 FGF21突变让你吃多甜食也不发胖?

... Reports上)可能支持,吃甜不胖真的是“天生的”。 FGF21 A allele FGF21 (Fibroblast growth factor 21)是一种由肝脏分泌的,作为胰岛素增敏剂来抑制糖和酒精摄入的激素。 Frayling等人研究了UK Biobank里约45万人的健康信息(包含血样...

文章 利用qiime2对微生物扩增子测序数据文库根据barcode信息拆分数据

...: sample-id       forward-barcodes        reverse-barcodesLin027  GATCTGCA        CTACGATGLin028  GATCTGCA        GACATAGCLin029  GATCTGCA        GATCTGCALin032  GATCTGCA        GCGTATGALin033  GATCTGCA        GTATGCGA 准备测序数据,没有拆分的双端...

文章 vif.cca 筛选环境变量:VIF是非常有用的指示符,表明数据集中存在多重共线性。 它不能很好地指示应从模型中删除哪个预测变量。

原文地址: https://quantpalaeo.wordpress.com/2014/04/14/variance-inflation-factors-and-ordination-model-selection/ Variance inflation factors and ordination model selection Posted on 14/04/2014by richard telford Variance inflation factors (VIF) give a measure of the extent of multico...

文章 UbuntuLinux系统环境变量配置

...统在读取你自己的profile前,设置环境文件的环境变量。 2.用户级文件: ~/.profile: 在登录时用到的第三个文件 是.profile文件,每个用户都可使用该文件输入专用于自己使用的shell信息,当用户登录时,该文件仅仅执行一次!默认情况下,...

文章 immune_infiltrates_rnaseq.r RNA-seq 转录组数据免疫侵润分析

...--tpm进行转换;第一列ID为基因NAME IDTCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31NUP5018.6550531.5923228.2338228.76485CXCR464.85805125.12356.3524469.98976NT5E111.481869.858779.3738225.05824EFNA38.24785742.0330843.464322...

文章 R inferCNV 安装报错: rjags R 安装报错 automatic detection of JAGS failed. Please use pkg-config to locate the JAGS

...3.0.tar.gz ./configure --prefix=/share/work/biosoft/JAGS/JAGS-v4.3.0 2.设置环境变量: export JAGS_PREFIX=/share/work/biosoft/JAGS/JAGS-v4.3.0 export JAGS_LIBDIR=$JAGS_PREFIX/lib export JAGS_INCLUDEDIR=$JAGS_PREFIX/include export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/JAGS/JAGS-v4.3.0...

文章 绘制简单圈图—RCircos包

...上添加基因名称,指定内容在第几个环形生成 track.num<-2 #指定基因名在数据的第几列 name.col<-4 #添加基因名称 RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, name.col,track.num, side) 结果展示: #添加直方图类型的环形 #加载内置的RCircos....

文章 fuzzywuzzy模糊匹配和提取

...tch, score = process.extractOne(my_gene, db_genes['Database_Gene_Name'])[0:2] # 创建一个临时的DataFrame来存储这一行数据 temp_df = pd.DataFrame({ 'My_Gene_Name': [my_gene], 'Best_Match': [best_match], 'Score': [score] }) # 判断是否...

文章 《Nature》发文描述几百万年间柑橘如何从喜马拉雅山到我们的餐桌

...橙,美女桔、金橘、克里曼丁橘和佛手柑等。研究结果于2018年2月刊发在《Nature》上。 这些水果的基因组信息揭示了一个令人兴奋的起源故事,这个故事起源于发现柑橘化石叶的同一地区。大约800万年前,喜马拉雅山脚下的祖...