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文章 在家学习基因家族分析技能!-在线直播,2020年11月12日开班!

...S; 9、和其他物种进行共线性分析; 10、结合转录组数据绘制该基因家族的表达量热图。 100%好评的课程推荐 组学大讲堂,专业生物信息培训团队,网课学员超过28000人,更累计举办过十四期线上线下基因家族分析实...

问题 我鉴定的家族成员的基因ID和已经发表文献的基因ID不一样,如何让两者对应起来?下图左侧是文献中的基因ID,右侧是我鉴定出来的基因ID,数量一致。

不然没有办法进行深入的分析啊。我要利用以前发表文献的相关信息来写文章。请问咋解决?只能通过下载和已经发表文献推荐的网址来下载基因组数据吗?

文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

...ene\tAAChange.refGene\tTumor_Sample_Barcode\n/' all_sample.txt 3. 读入数据,利用maftools绘图 library(maftools) var_maf= annovarToMaf(annovar = "all_sample.txt", Center = 'NA', refBuild = 'hg38', ...

文章 docker clash 配置

...的 config.yaml里面放着clash的借口,控制参数,链接信息等ip数据库Country.mmdb启动程序后会自动下载,或者在您当前clash目录下 1.下载客户端 执行 cd && mkdir clash 在用户目录下创建 clash 文件夹。 下载适合的 Clash 二进制文件...

文章 R语言ggplot2散点图添加拟合曲线和回归方程

首先模拟一份数据集df<-data.frame(x = c(1:100))df$y<- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)head(df)ggplot2基本的散点图并添加拟合曲线library(ggplot2)p<- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_smooth(method= "lm", se=FALSE,  color="black", formula = y ~ x...

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

1. 数据来源 我们今天的绘图数据来自于一篇21年发表的马铃薯 NRAMP 基因家族文章,在该篇文章中,作者共鉴定了包括马铃薯在内6个物种(马铃薯、拟南芥、番茄、辣椒、水稻和烟草)的共48个NRAMP 基因家族成员,并通过转录组分...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字,统计每年发文章数量

... if 2015 <= year_int <= 2025: # 只保留 2015 - 2025 的数据 year_count[year] = year_count.get(year, 0) + 1 except Exception as e: continue return year_count def plot_yearly_trend(year_count, keyword): df = pd.DataFrame.from_d...

文章 借助perl脚本进行文件整理 | 将按第一列信息整理的文件改成按照第二列信息整理

...red;blue;grey;pink;blankD    green;grey现在想将文件按照第二列数据进行整理查看,如下图:blank   Cblue    A Cgreen   A B Dgrey    C Dpink    Cred     A Cyellow  B有perl脚本如下:print "perl $0  <id_list> <out_file>\n" and die unless(@ARGV==2);ope...

问题 T2T基因组调研图中jellyfish -h和genomescope.R -m 都是设置的10000000,设置的依据是什么,不同作物有差异,怎么选择参数呢

...sto -v -t 4 -h 10000000 -o illu.histo illu# histo输出k-mer频率直方图数据,统计出现了x(x=1,2,3…)次的kmer的数目y# -v 输出详细信息# -h 最高计数值genomescope.R -i illu.histo -o genomescope_out -p 2 -k 21 -m 10000000# -p PLOIDY,倍性# -m 最大 Kmer 覆盖阈值

问题 使用allhic挂载染色体时,长度排序前十的超长contig只有一个挂载到group中,如何将这些未挂载的超长contig也绘制到heatmap图中

...超长contig挂载到group中,其他超长contig并未挂载。 hic的数据质量不是太好,怎么能将其他超长contig也绘制到heatmap图中,看一下是组装错误还是挂载出错? 谢谢!

文章 linux之sed用法详解

...身是一个管道命令,主要是以行为单位进行处理,可以将数据行进行替换、删除、新增、选取等特定工作,下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式为:           sed [-nefri] ‘command’ 输入文本 常用选项: -n∶使用silent模式...

文章 VirtualBox 中练习安装linux系统centos7

...wnloads 1.2 下载centos7系统iso文件: 海量的高通量测序数据,windows是处理不了的。因此果断选择linux服务器,开源免费而且生物数据分析软件也免费。这里选择CentOS版本的linux作为服务器的操作系统。 Ubuntu系统适合安装到个...

问题 基因组比对

...一个InterPro构象相匹配。白蜡中最大的20个群体列在扩展数据表1中:有几个被认为与抗病性有关。

问题 WGCNA分析中cluster dendrogram图上的module colors只能显示一种颜色,但在代码中table(moduleColors)显示已分19个模块19种颜色,想问下是哪里出现问题了,谢谢!

做WGCNA分析,数据量比较大,有45783个基因,但样本数只有12个。运行后得到的cluster dendrogram图中的module colors的颜色只能显示出蓝色,但我table(moduleColors)后得到的颜色模块还是很多的。想问下我这个操作是哪里出现问题了呢?万...

文章 线上直播生物信息课程(填写问卷有优惠)

...参加培训的目的只是想掌握基础的生信技能,来方便实验数据的利用,但是很多培训班单次内容就从入门到高级全讲了,这样听到最后对于大部分人来说不仅听不懂还打消了学习的积极性。 现在你有更好的选择 组学大讲堂专...