...软件， 最近该软件发表了一个能支持pacbio 数据的版本lr2rmats，结合二代和三代数据，进行可变剪切分析。 1. lr2rmats的安装 ： 安装比较简单，直接git 克隆代码， 设置好PATH的环境变量即可 git clone https://github.com/Xinglab/lr2rmats...
...定区域提取序列 -r 通过区域来截取序列，提取 in.fa 前12个字符，可以用--chr指定染色体seqkit subseq -r 1:12 data/in.fa > out.faseqkit subseq -r 1:12 data/genome.fa --chr chrI --bed / --gtf 通过指定文件提取序列 seqkit subseq --bed data/gene.bed data/gen...
...比对等等； 首先，回到首页，1.点击想要搜索的物种， 2 选择find genes by keywords 得到很多关于NBS相关的基因，共有128个基因如下： 批量下载这些基因的序列：先勾选所有基因，注意有翻页，记得一起勾选上，再add一下...
...transcript", covariate = "orgnization", : fold changes only available for 2-group comparisons。我想请问一下我该如何修改这段R代码才能正确比较根茎叶三个组织的基因差异表达呢？这文章有点长，非常谢谢
...选择癌症种类，也就是研究对象。在cBioPortal中至少包含32个癌症种类，240个study，基本覆盖所有常见肿瘤。step2：选择所要分析的数据类型，这里的数据类型往往包括以下几种：Mutations（突变），putative copy-number alterations（拷贝数...
p_bar=p_bar=ggplot(dat1,aes(x=dat1[,1],y=dat1[,2],fill=dat1[,1]))+ geom_bar(stat="identity",position ="dodge",width = 0.8) p_bar
...先设置cpu和虚拟内存大小两个参数？也是怪哉。。（问题2） ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 后续：重新下载基因家族的学习...
...难搞了啊，建议没事儿多玩玩Word，顺便提升一下审美。 2，选题不合理 在学校给出的论文命题范围内，很多同学不知道如何拟定论文题目，要么论题空泛，大而不当;要么论题扎堆，千篇一律。 由此带来的后果，前一种类型的...
...量活文件中的一个变量的序号或名字，缺省时行号为1，2，3，…col.names 指定列名的字符型向量，缺省值时为V1，V2,V3,…as.is 字符型变量是否转换为因子型变量（如果值为FALSE)，TRUE则将其保留为字符型。as.is可以时逻辑...
...， 突变信息，蛋白质表达谱等多种数据的相关性分析。 2. CopyNumber Analyses 提供了基于拷贝数的聚类，以及拷贝数与临床数据，mRNA表达谱的相关性等分析。 3. Correlations Analyses 提供了各种数据间的相关性分析。 4. Methylation Ana...
...ass.com/article/1977 Tandem repeats：https://www.omicsclass.com/article/2363 Dispersed repeats：https://www.omicsclass.com/article/2298 将SSR、串联重复序列的结果整理成如下格式： 散在重复序列的结果，需自行计算终止位置，且按不同类型 Forward（...
...更好的选择 组学大讲堂专注于生物信息培训，已有超过20000的网络课程学员和超过1000人的线下培训学员，在充分总结了生物信息学习的规律之后，定于19年8月举办为期两个月（具体时间以最终公布为准）的线上直播生信精讲班...
...串截取八种方法 假设有变量: var=http://www.aaa.com/123.htm 1. # 号截取 截取方式：删除左边字符，保留右边字符，注：从左边开始删除第一个指定符号及左边的所有字符 代码: echo ${var#*//} 其中 var 是变量名，# 号是运算符...
...te chain 从返回的信息看，是由于GDC网站的证书有问题。 2. 直接访问GDC的API站点，查看状态信息 站点地址：https://gdc-api.nci.nih.gov/status/ 遇到这样的问题，只能采用GDC的页面和数据下载工具 进行数据下载。 解决方案： ...
...意，所谓有益，也都只是在特定条件下， 毕竟对于人类20000个基因来说，有6000个是未知功能或者我们知之甚少的。 而那些被媒体/科普人称为的基因突变又大多落在这6000个基因里， 如果哪一天他们潜在的负面作用被发现/产生...