在进行有参转录组自主学习的《差异表达基因功能富集分析》这节内容的学习时，发现KEGG富集分析中断，报错代码如下： Warning message: In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) : 26.02% of input gene IDs are fai...
...轨迹、CytoTRACE 分化潜能评估与转录因子调控网络（TFRN）分析，系统解析细胞去分化与多能性获得过程。研究发现，木质部极中柱鞘（XPP）细胞是愈伤起始的源头细胞，经诱导形成LRPI‑like 细胞（类侧根原基起始细胞），该类细...
问一下为什么很多文献中TCGA的甲基化只分析配对样本，而不是比较所有正常样本和肿瘤样本？
老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，前面得到的结构变异表达量差异文件demo.ID_SV_t.test_and_wilcox.tsv如下图一，只有两个基因有差异，且表达量均很低（二图）。接下来，利用其中一个做保守...
...，大体知道了CRAN不允许igraph团队 内置该库，所以从1.2.1版本后就移除了，因此需要安装包之前在相关系统上安装好该库， 这样该包安装的时候就能够编译相应的函数。否则，相应的函数使用就会报错。一种解决的思路就是安装...
BSA分析算法中已经利用SNP-INDEX算法获得初定位区间，但是用ED算法进行计算时，没有获得初定位区间
GDCRNATools：软件是一个分析TCGA数据的全能选手，其功能覆盖了TCGA数据的下载，分析以及结果的可视化，具体的如下图所示 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析...
... out file name prefix [default demo] 单细胞数据分析参考：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial CCA RPCA整合参考：https://satijalab.org/seurat/articles/integration_rpca
--- title: "TCGA数据库介绍与下载" author: "Omicsgene" output: html_document: toc: true theme: united date: '`r format(Sys.time(),"%d %B, %Y")`' --- ![image](https://note.youdao.com/yws/api/group/92990402/noteresource/D0C43D04435648A4A5A9B36556716345/version/421?...
最近在研究ceRNA，本来是打算自己写程序进行分析的，后来无意间看到了GDCRNATools这个R包，该软件包，功能比较强大，能够完成ceRNA网络分析的所有分析内容。 该软件的主要功能可以概括如下： 1. 数据下载 1.1 ...