文章 read.table参数

...("allow.loss", "warn.loss", "no.loss"), row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors, na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1, skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip, strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE, comment.cha...

问题 为什么docker下载不了第三方镜像？显示这样Using default tag: latest What's next: View a summary of image vulnerabilities and recommendations → docker scout quickview biocontainers/samtools Error response from daemo

文章 r绘图0不在原点的问题

使用plot画图的时候，只是设定xy轴范围仍然在0之前会有一小段多出来的范围 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10)) 使用：xaxs/yaxs="i" 代码即可解决 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),yaxs="i",xaxs="i") 同...

文章 遗传图绘制：

...arrot,outfile,ruler = F,lg.col = "lightblue1")## draw tickmarks at each cM from 0 to largest position of linkage groups to be drawnmaxpos <- floor(max(carrot$position))at.axis <- seq(0, maxpos)## put labels on ruler at every 10 cMaxlab <- vector()for (lab in 0:maxpos) {  if (!lab %% 10) {...

文章 统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

...= element_text(angle=60, vjust=0.5,hjust=0.5)  )+  xlab("")+ylab("Number of DEGs")  #输出图片pdf(file="DEGNum.pdf", height=7, width=7)print(p)dev.off()

文章 Linux join命令合并文件

...列为姓名，第二列为数额  Linux 85  test 30  $ cat testfile_2 #testfile_2文件中的内容  Hello 2005       #例如，本例中第一列为姓名，第二列为年份  Linux 2009  test 2006  然后使用join命令，将两个文件连接，结果如下： ...

问题 gwas根据阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件，排序时无法生成标准的bed文件

...们已按要求生成了pvalue.txt的软链接，接下来根据awk 'BEGIN{OFS="\t"}NR>1 && $3<1e-7{print $1,$2,$2,$3}' pvalue.txt |sort -k1,1 -k2,2n >pvalue.bed筛选关键的SNP时发现，生成的pvalue.bed文件不符合命令要求，我们是哦第一列、第二列、第二...

文章 SCTransform ,Error: useNames = NA is defunct

...ixed slope and excluding poisson genes.Variance stabilizing transformation of count matrix of size 20445 by 2713Model formula is y ~ log_umiGet Negative Binomial regression parameters per geneUsing 2000 genes, 2713 cellsError: useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useN...

文章 腾讯云服务器获取指南

...法如下： 其他登录方式： ·         使用 Linux/Mac OS X 系统的电脑（使用密码登录） 1、打开 SSH 客户端（Mac可使用系统自带的终端） 2、输入ssh -q -l root -p 22 公网IP 3、输入 CVM 实例密码进行登录。 ·        ...

文章 KEGG 通路基因列表；

...- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAMEPATH_ID_NAME <- merge(PATH2ID, PATH2NAME, by="from")colnames(PATH_ID_NAME) <- c("KEGGID", "ENTREZID", "DESCRPTION") # write.table(PATH_ID_NAME, "HSA_KEGG.txt", sep="\t") library(biomaRt) mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))entrezgene &...

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

...目是设置了13. 第三个报错是颜色的配置“/share/work/biosoft/ALLHiC/ALLHiC/bin/ALLHiC_plot:137: MatplotlibDeprecationWarning: You are modifying the state of a globally registered colormap. This has been deprecated since 3.3 and in 3.6, you will not be able to modify a registered col...

问题 用W11安装docker后，docker search omicsclass出错

用W11安装docker后，docker search omicsclass出错 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dialing index.docker.io:443 container via direct connection because  has no HTTPS proxy: connecting to index.docker.io:443: dial tcp 108.160.172.1:443: ...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...别对应着不同的定量方法。 FPKM The Fragments per Kilobase of transcript per Million mapped reads (FPKM) calculation normalizes read count by dividing it by the gene length and the total number of reads mapped to protein-coding genes. Upper Quartile FPKM The upper quartile FPKM (FP...

问题 老师好，我在做群里遗传进化算pca时，得到的文件都是0。但是没有报错

...pca-temporary.bim +plink_pca-temporary.fam written.2045265 variants loaded from .bim file.2045265 missing IDs set.684 people (0 males, 0 females, 684 ambiguous) loaded from .fam.Ambiguous sex IDs written to plink_pca.nosex .Using up to 23 threads (change this with --threads).Before main variant filt...

文章 电脑安装Linux系统后配置网口及NFS 服务手动挂载文件

...cal compute-0-010.1.1.253 compute-0-1.local compute-0-1# Imported from /etc/hosts.local10.1.1.2 nas-0-1.local nas-0-110.1.1.3 backup04.local backup04修改主机名称vi /etc/hostname 4.分区fdisk -l使用parted删除sda1和sda2俩分区，重新分区parted /dev/sda #...