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问题 sam 转换成bam 格式并排序时，没转换成功。reads 与基因组进行比对map这里出错。

...mary，结果如下： 好生奇怪，不知那里出错？ 提示hisat2-align exited with value 1。  这个问题怎么解决？

文章 利用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量

...chr01   44488843        7       44488843        44488844chr02   38522657        44488858        38522657        38522658chr03   34302425        83011523        34302425        34302426chr04   31904921        117313956       31904921        3190...

文章 topGO分析结果说明

...。统计方法如下： 首先计算每个go节点对应的gene个数，2. 如果某个节点的子节点也有gene比对上，那么父节点对应的gene个数也要加上子节点的基因数3. 使用KS统计检验进行p值的计算，文件中的KS值，就是老师常说的p value，叫KS值...

文章 win11/win10安装最新版本的docker

新版Docker的安装依赖：WSL2 同时对Windows系统版本要求： Win11家庭版： 21H2及以上版本 Win10 家庭版： 20H2及以上版本 (Win11或win10其他版自带WSL2，比如专业版，自带WSL2可以直接安装docker，如果电脑系统较老，安装Hyper —V） WSL2：...

问题 重测序分析

...的时候出现这个错误，命令为： # ############合并GVCF方法2 大量样本 ########################## reseq:v2.0镜像支持，GATK 4.4.0.0 # gatk  --java-options "-Xmx20g" GenomicsDBImport  \ #   -L 4 --tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5  \ #   --reader-threads 5 --max...

文章 常见的OrgDB包，方便对应物种注释

...g.Dm.eg.db 斑马鱼（Zebrafish） org.Dr.eg.db 大肠杆菌 strain K12（E coli strain K12） org.EcK12.eg.db 大肠杆菌strain Sakai(E coli strain Sakai) org.EcSakai.eg.db 鸡（Chicken） org.Gg.eg.db 人（Humanm) org.Hs.eg.db 小鼠（Mouse） org.Mm.eg.db 恒河猴（Rhe...

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...方法可以针对所有的非模式物种进行GO和KEGG富集分析； 2.基因批量注释 使用eggNOG对基因组进行注释，要想进行富集分析，首先要有背景数据集的GO注释和KEGG注释，这里选用eggNOG进行注释。 是在线服务器，点点鼠标上传就能...

文章 NCBI上下载参考基因组信息

...息，就会显示如下 Taxonomy 页面下面就可以下载： 2.下载其他版本，可点击如下两个地方都可以： 进入下面的这个界面，有不同组装完整的筛选，系统会自动为我们筛选比较好的基因组，一般来说我们选择level这一列...

问题 自己电脑的docker image镜像如何共享到服务器的docker中

...次您的意见，使用了周老师给的打包好的镜像pop-evol-gwas-v2.0.tar.gz，上传到服务器后，还是有出现了如上图的问题。请老师帮忙解答一下。谢谢老师~~~~

文章 EggNOG基因序列批量注释

...  EggNOG数据库地址：http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/  ，下载以下两个文件并把这两个文件放到database文件夹中并解压。 $ md5sum eggnog.db eggnog_proteins.dmnd   #下载完成之后核对md5值065763df8f1593dc6d08c5ce06401fcf  eggnog.db64fefa838833a6...

文章 GCTA 分析PCA

#方法2：#GCTA 分析PCA ## vcf转bed格式plink --vcf  clean.sorted.vcf.gz --make-bed   \    --out all.LDfilter --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# \    --keep-allele-order --vcf-half-call missing## 生成grm文件gcta64 --bfile all.LDfilter  -autosome  --make-grm  --out GA## ...

文章 关于virtualbox下bioLinux设置共享文件夹出错的问题

...iolinux后需要在最上面一排的设备里面选择安装增强功能 2. 在点击安装后会出现提示，说需要为虚拟电脑加载虚拟光盘，记住出现的iso文件的位置 3. 退出biolinux回到virtualbox界面，依次选择： 设置 -> 存储 -> 控制器右侧两...

文章 R处理大数据时内存out of memory的问题

...法： 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况（MB） 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memory.size()[1] 94.2> memory.limit()[1] 8081 3、ls() 查看当前work space的变量 4、利用object.size()查看前一步返回结果...

文章 blast报错

在刚开始按官网教程（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279680/）学习使用blast时，经常会遇到程序报错，例如： 直接复制粘贴官网的代码并执行： makeblastdb –in mydb.fsa –dbtype nucl –parse_seqids 总会有如下错误提示： USAGE  makeblastdb ...

文章 ggplot2隐藏图例

...利用引导元素guides实现： 譬如借用www.omicsclass.com/article/92 分组柱状图代码： library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E")B = c(90,34,56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","sample2")dat = melt(dat,...