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问题 R 语言做lncRNA-mRNA皮尔森相关性分析correlation

两组共6个样本，上千个差异lncRNA 、mRNA，表中数据是RPKM值，如何用R语言做lncRNA-mRNA皮尔森相关性分析？cor函数输入文件是什么格式？

问题 16S扩增子测序抽平问题。

...聚类生成OTU table，获得了1400个OTU物种。我们课题组拿到数据后进行了OTU过滤，过滤后保留了300多个OTU。这时样本OTU总丰度波动范围从2w到6w。在过滤后的OTU table基础上进行后续的分析（多样性，差异特征，和代谢物关联等分析）...

文章 illumina 甲基化检测原理

...um II 的通量较Infinium I 通量高一倍。 如果您想学习TCGA数据挖掘，请学习的我TCGA系列课程： 《TCGA-甲基化生存分析》 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《TCGA-ceRNA调控网络分析》 《TCGA-转录因子调控》

问题 关于treemix的几个问题

...外，还需要一个图作为文章中附件（如下），要调取什么数据，怎么作图呢？

文章 群体遗传进化与GWAS分析镜像更新2.0

...rk omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0 如果需要用到最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像， 这个已经更新到百度云盘中，大家重新下载脚本资料即可 视频课程：https://bdtcd.xet.tech/s/3QzQFb

文章 什么是转录因子？

...因子研究方法 转录因子研究了很多年，也积累了大量的数据，目前主流的转录因子研究方法可分为两种: 湿实验（experimental methods）:主要是在实验室完成，用于寻找转录因子和结合序列间的相互关系，即通过已知TF寻找未知TFBS...

问题 基因组重测序，read比对到参考基因组时出现truncated file怎么办

做了有十来个数据了，第一次在这里出问题，这怎么处理啊，谢谢各位大佬。

问题 老师，请问做共线性图只得到半圆，是什么原因？谢谢！

染色体数据、ID都对应，得到的共线性图也都包含这些染色体，为什么是半圆，请问是不是配置文件没做对？1630307487(1).png1630307621(1).png1630307669(1).png1630307727(1).png1630308394(1).png1630308440(1).png5bb552e4908b4b5c43a36aee4bdfff8.png

问题 WGCNA分析，计算了软阈值，为什么powerEstimate没有提供估计值？

如上图所示，当软阈值等于32时，R2等于0.8，但是对应斜率在-1.34，这样的取值合理么？我知道最佳的阈值的选择要求R平方在0.8以上，斜率在-1左右，但是对于有些数据无法兼顾到这两点。这两个标准，哪个更重要一点？

文章 quota 显示的space 与du显示的不一致，导致文件上传失败

这是因为你在docker容器里面删除数据，容器一直挂在后台导致quota没有及时更新 应该及时清除容器，这样quota才刷新存储限额： docker rm -f $(docker ps -qa)  #删除所有容器 参考：https://unix.stackexchange.com/questions/156897/why-does-du-...

文章 外源插入流程报错运行不了

...，将其加到环境变量即可。 EA-utils是一个用于Illumina测序数据分析的开源软件包。它包含了一系列命令行工具，可以用于质量控制、去除低质量序列、去除接头、序列比 对等一系列数据分析任务。

问题 所有基因都只含一个相同的结构域，没有其他结构域了

从pfam找到基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？...

问题 WGCNA hub gene的解读

...芯片里面都是癌的样本，然后我把这些样本所有基因表达数据都用来构建WGCNA，分了模块之后，跟临床远处转移的性状关联起来，得到跟性状关联的模块，然后根据GS＞0.2，MM>0.8的条件筛出模块hub gene。但是，我回过头来看。发...

文章 组学生物招贤纳士！

...检测、个性化医疗以及分子标记辅助育种；二是以生物大数据处理技术为基础的生物信息学技术推广和相关培训。 组学生物具有一支从事基因组学、遗传学及生物信息学研究的7年以上工作经验的高技术人才队伍，硕士以上学历...

文章 TCGA临床数据各列含义

TCGA 临床数据各列解释：  Property name Description kind The resource type. aliquots[] List of barcodes of aliquots taken from this participant. clinical_data The clinical data about the participant. ParticipantBarcode Participant barcode. Project Project name, .eg. “TCG...