老师：您好，我想在我的转录组数据中找相关的糖苷酶基因，由于基因组注释文件缺失，没办法利用基因组来找。我想知道用什么方法可以找全糖苷酶基因，望指教。我现在都是手动，从NR注释中查找与糖苷酶相关的基因，但是...
请问一下老师，我用hifi数据组装了一个植物基因组大小是307Mb左右，然后有330条contig。后面我用purge_dups和purge_haplotigs分别去冗余了，但purge_dups去冗余后有28条contig，purge_haplotigs去冗余后有69条contig，两种结果的BUSCO评估是一样的...
...几条也是连WRKYGQK结构都不全，也准备删掉，但是前面在数据库查看的时候为何不全的结构还是会显示WRKY结构域呢？还有一些序列比如这条，一条链是WRKYGQK完整结构，另外一条不是，但是最后显示的是另外一条不完整结构的WRKYGK...
我是想重点关注糖代谢的，转录组数据显示starch and source显著富集，但在做转录代谢联合分析时，发现与糖代谢有关的kegg通路代谢物有变化的只有一个，请问这该怎么办
如果代码没问题，只能手动筛选么，怎么保存成domain_final.bed格式呀
最近想做些DNA甲基化的实验，就找之前做重测序的公司询价，但是报价高了好多，每G数据量价格差不多翻倍了，他们的销售也说不出所以然，请问这个情况正常吗？
蓝色背景的是我shell中的程序，黑色的是视频中的程序，在运行到原始测序数据两端合并时，出现以下错误，请指教问题所在
...，直接影响结果的大小比较，比较迷茫，如何根据自己的数据去调整合适的参数大小
...sam文件与bam文件互换；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。 bam文件...
按照课上讲述，使用虚拟机安装了docker，启动和进入容器没有问题，但是共享的文件夹里的数据文件看不到，尝试了restart，也不行，情况如附图所示。求指点，多谢！
基因组重测序数据分析视频课程： https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 或者扫码二维码： 可以使用tassel GWAS分析软件 转换： perl /share/work/biosoft/tassel/tasseladmin-tassel-v5/run_pipeline.pl -Xms64G -Xmx64G -fork1 -vcf ../gwas_sub/snp.sorted.vcf -export ./hapm...
在使用conda安装CARD数据库自带软件rgi的时候，发现一直卡在Solving environment这一步，查了不少攻略也没能解决问题， 结果换了mamba后瞬间就安装上了，安装非常方便 conda install mamba -c conda-forge 上后续使用更加方便，只需要把开...
...db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff，e值越小，相似度越高 -outfmt format：设置输出格式， 6是tab格式...
...高`#inter<-intersect(colnames(mydata1),colnames(mydata2))#去掉一些数据inter<-c("年度" , "基因型" , "单株产量" , "淀粉含量(%)" , "干物质含量(%)" , "平均出苗率(%)" , "生育日数(天)" , "...
...er add those bins manually to this pathway or choose a different Pathway! 数据ID和mapping文件里边的BIN已经是对应的了，但是相关的通路却打不开，这是为什么？