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问题 有关MeV软件分析K-Mean clustering的问题

...一份？准备的文件只能是txt格式吗，excel表格可以吗？ 2.选择file/load data后，还需要选择Load Annotation Data，软件中自带的可供选择的物种中没有我需要的，因此需要自己准备annotation文件，选择load from local file（下图）。那么这个an...

文章 NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

...thin each read. Reads that have more than half of quality score values <20 are flagged "reject". Reads that begin or end with a run of more than 10 quality scores <20 are also flagged "reject". Reads that pass these quality checks are flagged "pass". When dumping data using the fastq-dump, fas...

问题 两个不同的基因家族可以分析蛋白互作吗？做些什么分析能把两个基因家族联系起来呢？

...联系起来呢？请各位有经验的朋友给点建议，谢谢大家 2、打算做两个家族的蛋白互作分析，请问可行吗，有视频教程可以购买吗？ 3、想看看在某一组织中各基因的表达情况，看了些帖子说从GCD网下载RNA表达数据，或者从NCBI...

文章 eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”

...安装指定版本的dbplyrdevtools::install_version("dbplyr", version = "2.3.4") 问题解决:） https://stackoverflow.com/questions/77370659/error-failed-to-collect-lazy-table-caused-by-error-in-db-collect-using

文章 甲基化水平计算

...持甲基化胞嘧啶的读取/reads深度。即 各位点分子/分母 2.fractional methylation level : 区域内甲基化的碱基数量/（甲基化的位点数+未甲基化的位点数）。即绿色位点数量/（绿色位点数量+蓝色位点数量） 3.mean methylation level : （...

问题 请问一下，自己找关于基因家族分析的课题有什么注意事项，找家族基因有什么要求？怎样防止和别的文章研究的家族基因相同？

想发表一个1-2分的sci，所以想做家族分析，但是需要自己找课题，之前看了基因家族分析的课程，但是还是不知道找基因家族分析的课题需要哪些注意事项，所以在此请教，谢谢

问题 mutmap方法为什么必须要有回交过程？

...位方法： 1.一般为隐性突变，最好是EMS诱导的点突变； 2.必须测野生型基因组 3.必须有回交过程：纯合之后再与野生型回交，再自交得到F2. 为什么必须要有回交过程？比如：EMS诱变野生型3000份材料，共获得1000份表型（比如...

文章 定量蛋白质组分析的R软件包proteus

...group/proteusTMT") devtools::install_github("bartongroup/proteusSILAC") 2. 支持的数据定量方法  目前该R包只支持3中类型的定量方法，分别是：Label Free, TMT和SILAC. 还不支持itraq  标记的定量。 3. 使用方法 使用方法，可以参考该软件包的使...

文章 植物学家奇思妙想-改造基因组培育辣味番茄！

...uel Rezende Naves等人在Cell子刊Trends In Plant Science（影响因子12.149）杂志发表了题为：Capsaicinoids: Pungency beyond Capsicum的论文，论文中作者详细梳理了辣椒素的生物合成机制，比较了辣椒和番茄的相似性，认为虽然具有挑战性，但通过C...

问题 各位老师好，无参转录组中挑出来的一段序列应该怎么进行后续的实验

...DNAMAN翻译成氨基酸序列并进行后续的预测吗？这准确吗？2、我用DNAMAN翻译的序列和用NCBI上查到的ORF区序列不太一样，我后续预测理化性质什么的话，我用哪一段比较好呢？

文章 perl报错：symbol lookup error: xxxxx: undefined symbol: Perl_xs_handshake

...决： 1. 指定个人的lib export PERL5LlB=xxxx/lib/perl5/site_per/5.22.0/ 2. 把trainGlimmerHMM脚本开头的  #!/usr/bin/perl  换成  #!/usr/bin/env perl 参考： 经验总结 | 与perl有关的环境设置：symbol lookup error_perl symbol lookup error-CSDN博客

问题 各位老师，想问一下关于LAI评估基因组 组装质量的问题

...是遇到点问题如下： 1 有个小警告，但是可以继续运行 2 最后结果总是ltr太少，我想知道是我的运行的命令问题还是我输入的基因组有问题呢？   3 我输入的是全基因组fasta文件，总共344M，把它分成了8 个小库分别运行，每...

问题 【求助，可有偿】下图是如何做出的？如何获得图中的生物学功能项目?

...GSVA吗？如果是，那么图中的生物学功能项目（如EMT1、EMT2、pan-F-TBRS等）是如何获得的？ 图1、2来自：m6A regulator-mediated methylation modification patterns and tumor microenvironment infiltration characterization in gastric cancer（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/p...

问题 基因家族分析-家族成员鉴定-下，gff3中mrna的ID号比pep中的多一个后缀怎么删除？

...中mRNA，CDS，ID号是有后缀的（mRNA中多一个后缀为t1或者t2、t3，CDS中多了CDS1、2、3之类的），pep文件中没有这些后缀，导致这一步代码做出来的文件只是一行基因名称，并没有mRNA的ID号，想问问老师这个后缀怎么去除

问题 如何构建鱼类物种种质资源基因组数据库？

...体上的序列中，能够确定顺序和方向的的序列长度约778.20 Mb，占定位染色体序列总长度的97.96％。 对获得的23000万个基因进行功能注释，有99.35％的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中。 1．物种信息：(物种信息和研究进展)介...