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文章 R语言基础入门—数据结构（1）

...言之一，经常被用于进行生物数据统计分析和绘图。之前小编给大家介绍了R语言下载安装和一些基础概念，今天继续介绍R语言的数据结构。 R语言数据结构包括向量，矩阵和数据框，数组， 列表，因子等，主要是线性代数中的...

问题 误: 无法分配大小为7.4 Mb的矢量 Killed after 9 m

...直接退出去了，请问老师该怎么解决，如果优化代码，该如何优化，希望老师解惑，这个问题一直困扰无法进行下一步。 > # 加载R包 > library(TCGAbiolinks) > library(SummarizedExperiment) 载入需要的程辑包：GenomicRanges 载入需要...

问题 Blast2go本地化过程中，运行官方文件b2g4pipe_v2.5.zip中“runPipeExample.sh“报错“The host did not accept the connection within timeout of 60000 ms;”

... host did not accept the connection within timeout of 60000 ms;”，请问如何解决，希望详细点。 Prepare data for GoSlim. 8 Sequences send to preform GoSlim: goslim_generic.obo Error while generating GoSlim results: Error: The host did not accept the connection within timeout of 60000 m...

文章 空间转录组数据读取

...直接提供或者从网络上下载到的原始数据,fq文件,那我们如何使用r来分析这些数据呢?很多同学做单细胞,对于矩阵的读取没啥问题,但是空间转录组多了一个图片,那如何处理呢 fq数据 fq数据直接用肯定不行,需要借助软件spacerange...

文章 TCGA临床数据下载—TCGAbiolinks

前面我们介绍了TCGAbiolinks下载数据，这里详细介绍一下如何下载临床数据： TCGA中三种临床数据类型： TCGAbiolinks中临床数据有以下三种类型，以及他们的区别如下： In GDC database the clinical data can be retrieved from different sources: ...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...下载无疑是繁琐而又痛苦的，若不巧再碰上网站不稳定，小圆圈转半天就是不出来，此刻的人生必定是绝望的。 对此，小编深有体会，只70多个基因，就用了三四个小时来下载，费时又费力。还好，昨天Boss安利了一个python...

文章 perl中的列表与数组

...不存在的数组元素，则结果为NULL，但如果给超出数组大小的元素赋值，则数组自动增长，原来没有的元素值为NULL。如：     @array = (1, 2, 3, 4);    $scalar = $array[0];    $array[3] = 5; # now @array is (1,2,3,5)    $scalar = $array[4]; # now $...

文章 轻松搞定iTOL注释文件

...制进化树： 绘一棵超酷炫的系统发育树  和  进化树中如何体现分组。不会使用iTOL的同学可以去看一下这两篇文章，这能够让你很快的学会iTOL基本的使用方法。但是iTOL使用真正的难点在于注释文件的准备，基本都需要手动准...

问题 关于使用nohup vcftools过滤vcf文件的问题

...过滤，并试验了使用nohup和不使用nohup后得到的文件结果比较，使用nohup得到的vcf文件结果有异常不能进行后续分析，具体如下： 1）不使用nohup时的代码 vcftools --gzvcf rice.raw.vcf.gz --recode --recode-INFO-all \ --stdout --maf 0.05 --max-missin...

问题 reseqv2.0镜像annovar报错

...nknown_multianno.vcf和snp.unknown_multianno.txt请各位老师帮忙看看如何解决 感谢

文章 非负矩阵分解（cNMF）

...合结果可以用于各种功能分析。例如Jaccard相似性分析，比较基因功能集合与细胞类型的相似性，应用于癌症数据中可以帮助判断癌细胞的细胞来源以及研究癌细胞的异质性。另外，将功能基因集合进行富集分析（如GO和GEVA）可...

问题 ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...是在NCBI下载的）不知道老师们能不能出一期视频讲一下如何解决这个问题，以及怎么手动修改错误的数据

问题 最新qiime2教程16S注释报错

...s-results 运行过后出现下面的报错，请问各位大佬/老师该如何解决呢？ /biosoft/miniconda/envs/ampliseq-q2/lib/python3.8/site-packages/sklearn/metrics/pairwise.py:1776: DataConversionWarning: Data was converted to boolean for metric jaccard   warnings.warn(msg, DataConver...

文章 R语言scale()标准化

...可以对数据进行处理，标准化（归一化）在一定的范围，比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般是一个矩阵，也可以是一个数值向量 center--是否中心化 scale--...

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...总，现在使用命令collapse_samples.py，对样本进行组间差异比较，具体的组别为group和type，现在出现的问题是代码无法读取我的 metadata的head line，试过很多方法无法解决。###代码如下： mkdir taxa_summary_group for i in  type group;do   #...