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问题 分别用FarmCPU和BLINK做GWAS，从Q-Q图看BLINK模型更优，但是FarmCPU曼哈顿图有峰

Q-Q图.pdf这两种模型该如何选择？BLINK的结果文件中有经过FDR检验显著的位点，FarmCPU没有。

问题 泛基因家族分析PAV_gene.list中基因数量，少于gene.pep.fa中序列的数目

老师好！PAV结果中，为什么PAV_gene.list中基因数量（204个）少于02.gene.family/check下gene.pep.fa中序列的数目（218个)？ 如何判断少的这14个属于PAV_gene.list中Fam_N列下的哪个基因？ 或者要重新分析？

文章 已测基因组植物统计（增补完善版），建议收藏！

...基因家族分析 3. 转录组越做越普遍，实验必备，看不懂结果？不会深入分析？自学都可以搞定，学习链接：有参转录组自主分析实操 ；转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ；  4. 代谢组分析硬件要求不高，个人电脑就...

文章 2019基因编辑最新进展，CRISPR/Cas9还有优势吗？

...善的实验设备、专业的研发和技术服务团队; 　　●实验结果真实可靠， 留存原始数据，提供详尽的结果统计分析和解读; 　　●客户遍布全国20余省， 涉及各大高校，医院和科研机构; 　　●一对一的技术支持和项目负责人...

问题 计算串联重复基因的KAKS时，发现KS>1，是不是哪里算错了？用KAKS-Calculate2.0算的。

下图是KaKs Calculate的运算结果。Ks中有一个大于1的数。 这是Ks的定义式，根据这个公式，怎么会得出大于1的数呢？同义突变率大于100%，是这个意思吗？还是我理解错了？

文章 最新2区SCI思路解析—杨树TPS/TPP基因家族的系统分析

...析，为TPS和TPP深入研究及杨树遗传育种研究奠定基础。 结果内容 1. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员的鉴定作者以拟南芥AtATPS和AtTPP序列为种子序列通过blast在杨树中共鉴定到13个PtTPS和10个PtTPP，并通过DNAMAN软件探究这两个家族基因在...

问题 reads 与基因组进行比对map

...qc/SRR1107723_1.clean.fq.gz -S SRR1107723_1.sam 2>SRR1107723_1.summary 结果中只有SRR1107723_1.summary，打开SRR1107723_1.summary，内容最后两行为：Error: Must specify at least one read input with -U/-1/-2/--sra-acc (ERR): hisat2-align exited with value 1 附件：SRR1107723_1.su...

文章 immune_infiltrates_rnaseq.r RNA-seq 转录组数据免疫侵润分析

...计算需要，可以指定类型，如果不指定 不输出TIMER的分析结果： # "kich" "blca" "brca" "cesc" "gbm"  "hnsc" "kirp" "lgg"  "lihc" "luad" # "lusc" "prad" "sarc" "pcpg" "paad" "tgct" "ucec" "ov"   "skcm" "dlbc" # "kirc" "acc"  "meso" "thca" "uvm"  "ucs"  "thym" "esca" "st...

文章 科研人汇报必备神器-屏幕标注软件！值得拥有！免费领！

...泛基因家族分析3. 转录组越做越普遍，实验必备，看不懂结果？不会深入分析？自学都可以搞定，学习链接：有参转录组自主分析实操 ；转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ； 4. 代谢组分析硬件要求不高，个人电脑就...

问题 pheatmap绘制热图在添加聚类颜色标注的时候出现错误

...t = cellheight,border_color = "black") 其中head(mat)返回为: 绘图结果为 然后开始添加annotation,开始报错, 代码为: annotation_col<-read.table("/Users/aiyi/Downloads/annotation_col.csv",header = T,row.names = 1,sep=',') ==============================================...

问题 共线性分析之前提取的蛋白质序列为空。如何解决？

... allmRNAID.txt ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.pep.all.fa pep.fa。结果所得文件内容为空。查看pep.all.fa文件，里面的蛋白质序列后缀是.p1，而非allmRNAID.txt中转录本序列的后缀.t1. 请教老师，这个时候，我该如何使它们的ID一致呢？将pep.a...

问题 qRT-PCR 验证 RNA-seq 数据，材料必须是同一批处理的吗？

...您好：请问一个问题，就是用qRT-PCR 来验证RNA-seq 数据的结果时，做qRT-PCR用的材料必须和做RNA-seq测序时用的材料是同一批处理的吗？能不能后面qRT-PCR的材料是后面补做的，但是是相同处理的？我知道最合理的做法肯定是同一批...

问题 老师怎么样修改软件自动生成的baseml/codeml配置文件，怎么样手动运行baseml/codeml命令

...odeml配置文件，然后再手动运行baseml/codeml命令，再整合其结果文件为out.BV文件。

文章 组学大讲堂 高效率提问指南！

...应过于宽泛： 反面教材：“如何学好生信”，“转录组结果怎么看”，这种三天三夜讲不完的问题，恐怕没人敢出手； 正面典型：“进行差异基因筛选时通常采用什么标准？”，“想对水稻根际土做16S测序，取样时应该注意...

文章 癌细胞的十大特征

...细胞凋亡的主要方法是通过基因突变使p53蛋白失活。统计显示大约超过50%的人类癌症中发现p53蛋白的失活。 其四：具有无限的复制潜力 在细胞体外培养实验中，人们观察到，大多数正常细胞仅有60次左右的分裂能力。科学家已...