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问题 16S课程 03.asv_taxonomy

我个人的设备：CPU 2*40， 内存64G.   docker设置 CPU40，内存54G docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 然后跑 ### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库：  qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifi...

文章 eclipse当中R插件StatET安装

...ww.walware.de/ 插件地址：http://download.walware.de/eclipse-4.6 2.安装步骤： 手动添加地址安装，点击菜单栏 help>Install New Software： 选中要安装的插件： 然后就可以安装完成。 3.设置R语言安装环境： 提前安装好R，可到R官网下...

文章 苹果系统安装docker MacOS

...ebrew Cask 来进行安装： $ brew cask install docker 安装方法2： 手动下载安装： 如果需要手动下载，请点击以下链接下载 Stable 或 Edge 版本的 Docker Desktop for Mac。 如同 macOS 其它软件一样，安装也非常简单，双击下载的 .dmg 文...

文章 蛋白纯化过程中的七大常见问题详解

...目的蛋白结合，可在超声处理前加入适量的去垢剂（如1%-2% Tritonx-100），以消除此现象。   2. 镍柱使用中出现棕色是怎么回事?   当使用镍柱时出现棕色，这主要是由于缓冲液中的 DTT 引起的。DTT 对镍柱的颜色和纯化效率有很...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

...nager/share/MCScanX/MADS.circle.PNG  报错信息： Reading gff error: 2 Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197) at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

文章 5分钟看懂KEGG代谢通路图

...1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接...

问题 devtools安装出错 gert包按不上

/usr/bin/ld: final link failed: Bad value collect2: error: ld returned 1 exit status make: *** [gert.so] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘gert’ Error: package or namespace load failed for ‘gert’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object ...

问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...a.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这个是网上的perl，out文件是空白的。。求老师看一下

问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...a.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=split;    $in=~s/$old/$new/;} 这个是网上的perl，out文件是空白的。。求老师看一下

文章 区分cds utr.exon

...对start_codon和stop_codon而言，只涉及3个碱基。以ENST00000583352.1 为例 (GENCODE hg19)，其中涉及以下两行信息（基因组位置后部分信息已省去） chr17    HAVANA    start_codon    46051392    46051394  chr17    HAVANA    stop_codon    46053014    4...

文章 qRT-PCR差异分析及P值计算

...相对定量数据分析方法是KJ Livak（Applied Biosystems）等人在2001年提出的“比较Ct法相对定量”，即：利用ΔCt值差异来推算基因表达差异（Ct目的基因 – Ct内参基因 = ΔCt），该方法的具体计算方法请参见文章：qRT-PCR相对定量计算详...

文章 VI、VIM用什么命令跳到文件头和文件尾

...二： 非编辑状态下：英文格式，输入gg 跳转到文件头 2.跳转到文件尾 方法一： 非编辑状态下：输入冒号(:)，之后输入$方法二：非编辑状态下：按Shift+g 跳转到文件末尾方法三：非编辑状态下：英文格式，输入大写的G跳转...

文章 库文件位置问题

...10      11 Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :      12   unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/units/libs/units.so':     13   libudunits2.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory     14 Calls: draw_venn ......

文章 群体进化和GWAS文章没那么难发！

...文章好发表么？ 在这里，小编就给大家简单的解读一篇2017年5月发表在《Nature Genetics》上的基于全基因组重测序技术的GWAS文章。这篇文章的思路相对简单，也比较标准，不外乎遗传多样性部分+性状关联部分+与前文对应的讨论...

问题 关于多因素 cox分析后，gene signature的构建的问题

...本算出的值进行高低风险评价，生存分析，以及ROC的吗? 2、predict 预测之后，可以查到样本对应的一个值，这个由若干个基因构成的公式 应该如何查看呢？3、文献中 说的是 coefficient * 基因值，然后相加，可是我试了一下，这个...