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文章 Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations

...拟南芥的共生草（三年17个地点共收集了16种草种），并比较了拟南芥根部和草根部之间的微生物群落组成（图a）。拟南芥和共生草中，一些微生物菌群组成分化受到限制。（图b）。拟南芥和共生草的微生物OUTs对比，反映了根...

文章 使用evolview美化进化树

...最后来一个组合图，看看设置的效果，当然我只是教大家如何使用，美观度上还是不足，见谅： 相关课程：基因家族分析实操课程   和 linux系统使用 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家...

文章 微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！

...分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分，也是比较基础的一部分。Alpha多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映丰富度和均匀度的综合指标。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度...

文章 一文教你绘制九象限图

在多组学数据分析中，如何高效地揭示不同组学之间的关联是研究的关键。九象限图是一种直观的可视化工具，能够帮助我们清晰地展现两组变量之间的分布模式和潜在的生物学机制。 什么是九象限图？ 九象限图通过将两...

文章 R语言基础入门—数组

...    8   11ROW3    5    9   12 访问数组元素 有关如何访问数组元素，请参考以下代码实现 - # Create two vectors of different lengths.vector1 <- c(2,3,5)vector2 <- c(7,8,9,11,11,12)column.names <- c("COL1","COL2","COL3")row.names <-...

文章 Perl 子程序(函数)

...是一个 if, while, for, foreach, eval字符串。 以下实例演示了如何声明一个或多个私有变量： sub somefunc {     my $variable;    # $variable 在方法 somefunc() 外不可见     my($another,@an_array,%a_hash);    # 同时声明多个变量 } 实例#!/usr/b...

问题 误: 无法分配大小为7.4 Mb的矢量 Killed after 9 m

...直接退出去了，请问老师该怎么解决，如果优化代码，该如何优化，希望老师解惑，这个问题一直困扰无法进行下一步。 > # 加载R包 > library(TCGAbiolinks) > library(SummarizedExperiment) 载入需要的程辑包：GenomicRanges 载入需要...

文章 R语言基础入门—数据结构（1）

...言之一，经常被用于进行生物数据统计分析和绘图。之前小编给大家介绍了R语言下载安装和一些基础概念，今天继续介绍R语言的数据结构。 R语言数据结构包括向量，矩阵和数据框，数组， 列表，因子等，主要是线性代数中的...

问题 Blast2go本地化过程中，运行官方文件b2g4pipe_v2.5.zip中“runPipeExample.sh“报错“The host did not accept the connection within timeout of 60000 ms;”

... host did not accept the connection within timeout of 60000 ms;”，请问如何解决，希望详细点。 Prepare data for GoSlim. 8 Sequences send to preform GoSlim: goslim_generic.obo Error while generating GoSlim results: Error: The host did not accept the connection within timeout of 60000 m...

文章 空间转录组数据读取

...直接提供或者从网络上下载到的原始数据,fq文件,那我们如何使用r来分析这些数据呢?很多同学做单细胞,对于矩阵的读取没啥问题,但是空间转录组多了一个图片,那如何处理呢 fq数据 fq数据直接用肯定不行,需要借助软件spacerange...

文章 TCGA临床数据下载—TCGAbiolinks

前面我们介绍了TCGAbiolinks下载数据，这里详细介绍一下如何下载临床数据： TCGA中三种临床数据类型： TCGAbiolinks中临床数据有以下三种类型，以及他们的区别如下： In GDC database the clinical data can be retrieved from different sources: ...

问题 关于使用nohup vcftools过滤vcf文件的问题

...过滤，并试验了使用nohup和不使用nohup后得到的文件结果比较，使用nohup得到的vcf文件结果有异常不能进行后续分析，具体如下： 1）不使用nohup时的代码 vcftools --gzvcf rice.raw.vcf.gz --recode --recode-INFO-all \ --stdout --maf 0.05 --max-missin...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...下载无疑是繁琐而又痛苦的，若不巧再碰上网站不稳定，小圆圈转半天就是不出来，此刻的人生必定是绝望的。 对此，小编深有体会，只70多个基因，就用了三四个小时来下载，费时又费力。还好，昨天Boss安利了一个python...

文章 perl中的列表与数组

...不存在的数组元素，则结果为NULL，但如果给超出数组大小的元素赋值，则数组自动增长，原来没有的元素值为NULL。如：     @array = (1, 2, 3, 4);    $scalar = $array[0];    $array[3] = 5; # now @array is (1,2,3,5)    $scalar = $array[4]; # now $...

文章 轻松搞定iTOL注释文件

...制进化树： 绘一棵超酷炫的系统发育树  和  进化树中如何体现分组。不会使用iTOL的同学可以去看一下这两篇文章，这能够让你很快的学会iTOL基本的使用方法。但是iTOL使用真正的难点在于注释文件的准备，基本都需要手动准...