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文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

....cbrc.jp/，编译后将 lastal 和 lastdb 添加到PATH中。 jcvi安装比较简单，在命令行直接运行下列命令： pip install jcvi 2. 数据下载 运行MCscan需要序列以及坐标文件，分别是fasta格式以及BED格式的，例如，可以从Phytozome下载cds的序...

文章 Scrum与OKR融合实践经验分享

...则，这些规则决定什么是目标O，什么是关键结果KR，以及如何把二者结合起来衡量目标的实现。   和Scrum一样，OKR有时间表——季度和年度，这比为期两周的sprint要长得多。设定OKR首先要做的是公司领导决定需要实现何种目标...

文章 蛋白质表达系统的类型及其优缺点

...相对耗时耗力。诱导表达系统是指目的基因的转录受外源小分子诱导后才得以开放。采用异源启动子、增强子和可扩增的遗传标记，可提高蛋白产量。   哺乳动物细胞表达系统常用的宿主细胞有CHO、COS、BHK、SP2/0、NIH/3T3等，不...

文章 单细胞转录组测序简介

...肠GEO数据挖掘案例解读-植物篇（拟南芥重金属）GEO数据如何挖掘？案例解析！胃癌免疫浸润预后Signature数据挖掘-糖酵解IF:8.8|TCGA+ceRNA+肝癌文献解析IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路（GWAS Catalog）

文章 基因家族鉴定分析操作手册：

...拟南芥WRKY基因家族为例）： 2.1 hmmer 搜索鉴定基因家族 如何知道自己要研究的基因家族的pfam号：https://www.omicsclass.com/question/268 WRKY基因家族：Pfam 隐马尔科夫模型下载：https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF03106/ HSP20基因家族：Pfa...

文章 提取miRNA前后500bp序列

在提取miRNA前后500bp序列时，若没有其位置信息，提取会比较麻烦，可用以下方法提取： 1.首先利用blast软件将miRNA的前体序列与基因组比对，获取前体序列的位置信息，比对方法： makeblastdb -in Donkey_Hic_genome.20180408.fa -dbtype nucl -t...

文章 基因家族进化分析 发10分文章

...介绍一下基因家族的复制方式，以及复制之后家族成员是如何进化的。 植物基因组中存在古老的复制事件和高保留率导致植物基因组中存在大量重复基因。这些重复基因有助于进化出新功能的基因，例如花结构的产生、增强抗...

文章 打破部门壁垒，提升跨部门协作效率，让沟通更加有效

...己的个人目标努力，而忽视了公司的总体目标。 三、如何做好跨部门协作 一个企业无论规模大小，内部必然需要成立相互独立的部门，通过合理分工，才能实现每个部门单元有效运作，实现企业目标和组织绩效。所以，...

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...肠GEO数据挖掘案例解读-植物篇（拟南芥重金属）GEO数据如何挖掘？案例解析！胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解IF:8.8|TCGA+ceRNA+肝癌文献解析IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路（GWAS Catalog）

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...是很好看呢？其实这种图我们也是可以画出来的。 在 如何绘制SNP密度图 文章中，我们利用R中的 CMplot 包绘制了SNP密度图，其实 CMplot 包还可以绘制曼哈顿图哦！这里就来说说具体怎么操作吧。 CMplot 包链接：https://github.co...

文章 如何处理矫正GEO数据批次效应（batch effect）

...成为干扰实验结果的因素，这个效应就是batch effect。 如何检测是否存在这种效应呢 最简单的就是记录实验中时间这个变量，然后对差异表达的基因进行聚类，看是否都和时间相关，如果相关就证明存在batch effect。 同样，如...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...图是一篇文献中展多分组差异分析的结果图，今天教大家如何使用R语言绘制一张类似的图。 加载需要的包 # 1.安装CRAN来源常用包 #设置镜像， local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repo...

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用，而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新，导致注释关系不明确的问题，该怎么解决

...ing.gff3文件正常生成了，请问warning对结果有影响吗，应该如何解决？谢谢！ agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute gene_biotype --value protein_coding -t '!' -o ga_protein_coding.gff3 Indeed we changed the ID for this L1 feature to be unique ...

文章 IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路（GWAS Catalog）

...肠GEO数据挖掘案例解读-植物篇（拟南芥重金属）GEO数据如何挖掘？案例解析！胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-糖酵解IF=6.58|铁死亡相关lncRNA预测头颈部鳞状细胞癌预后文献解析

文章 单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

...据所有细胞的相似性进行树状图聚类。 这里介绍几个比较重要的参数会影响结果： group_by_cluster参数，以下是官方说明 If group_by_cluster=FALSE, the dendrogram on the left is a hierarchical clustering of all non-reference cells. The first color column indi...